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水稻OsENOD93b基因组织表达模式与生物信息学分析

更新时间:2024-03-09 18:29:19 阅读: 评论:0

2024年3月9日发(作者:教学环节有哪些)

水稻OsENOD93b基因组织表达模式与生物信息学分析

何雨航,杜易桓,郭 昊,等.水稻OsENOD93b基因组织表达模式与生物信息学分析[J].江苏农业科学,2021,49(7):67-71.

doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2021.07.011

—67—

水稻OsENOD93b基因组织表达模式与生物信息学分析

何雨航,杜易桓,郭 昊,赵 

󰀡

,马银花

(湖南人文科技学院农业与生物技术学院/农田杂草防控技术与应用协同创新中心,湖南娄底417000)

  摘要:主要探究OsENOD93b基因在水稻中的组织表达模式,并对其作生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR

技术分析OsENOD93b基因的表达模式。用ExPASy-Protparam、Protscale、CDD、SOPMA、Phyre2、Psort等在线工具对

OsENOD93b进行生物信息学分析。经组织表达模式分析可知,OsENOD93b基因在叶片中的含量最多,其次是茎,含量

最少的为根。通过ExPASy-Protparam分析发现,OsENOD93b分子量为16.42989ku,是一种具有亲水性的不稳定的

碱性蛋白。该蛋白属于ENOD93超级家族。通过SOPMA在线软件对OsENOD93b蛋白的二级结构进行分析预测,发

现其由无规则卷曲(41.56%)、螺旋(39.61%)、延伸链区(14.94%)和

β

-转角(3.90%)4种形式组成。此外,利

α

用不同在线工具对OsENOD93b蛋白的三级结构、保守区域、亚细胞定位进行生物信息学分析。结果表明,OsENOD93b

基因在进化过程中具有一定的保守性,并有多样的潜在功能待研究。研究结果为进一步探明OsENOD93b基因的生物

学功能提供了依据。

  关键词:水稻;ENOD;OsENOD93b;组织表达模式分析;生物信息学

  中图分类号:Q78  文献标志码:A  文章编号:1002-1302(2021)07-0067-04

  水稻(OryzasativaL.)是稻属谷类作物,这类经

济作物需要吸收氮素合成自身需要的营养物质,因

此对水稻结瘤固氮潜能进行研究具有重大的经济

1-2]

意义

。生物学上一般把宿主植物基因编码的根

AstragalussinicusL.)的As259、AsG2511、(

AsNODF32及百脉根(LotuscorniculatusLinn.)的

8-15]

LjCyp5等

。到目前为止,大豆早期结瘤素中研

究得最清楚的是N-75基因,晚期结瘤素中研究得

较清楚的是豆血红蛋白,它是豆科植物根瘤内的一

种血红蛋白,主要功能是运输氧、降低拟菌体周围

4]

的氧分压

瘤特异性蛋白统称为结瘤素,编码这些物质的基因

3]

称为结瘤素基因

。按照结瘤素基因出现的早晚

和功能不同,将其分为早期结瘤素基因、晚期结瘤

4-5]

。根据不同结瘤基因突变体对结瘤过程素基因

利用ENODZ的mRNA作探针进行研究发现,

在豌豆、菜豆及苜蓿中都有1段与ENODZ同源的

基因。另外有据报道显示,不同宿主植物内含有的

早期结瘤素基因的类型不同,但均含有Enod2、

[16-17]

Enod5、Enod12、Enod40。ENOD93就是一种早

的影响,将结瘤基因分为共同结瘤基因、寄主专一

6]

性基因、调节基因三大类

。早期结瘤素基因参与

根瘤菌的侵染和根瘤发育过程,而晚期结瘤素基因

7]

主要负责根瘤的功能

。早期结瘤素基因包括豌

豆(PisumsativumL.)中的PsSYM10、PsENOD5、

PsENOD12A,大豆[Glycinemax(Linn.)Merr.]中的

ENOD2B、蜡梅[Chimonanthuspraecox(Linn.)

Link.]中的CpNOD等。晚期结瘤素基因有紫云英

收稿日期:2020-08-25

基金项目:湖南省自然科学基金(编号:2019JJ50281);湖南省教育厅

项目(编号:18B455);国家级大学生创新创业训练计划平台项目

201910553027X)。(编号:

作者简介:何雨航(1999—),女,湖南邵阳人,主要从事水稻遗传及转

基因方面的研究。E-mail:1835147713@qq.com。

通信作者:马银花,博士,讲师,主要从事水稻遗传及转基因方面的研

mail:mayinhua1988@126.com。究。E-

期结瘤素,它在根瘤形成过程中的作用机制及在非

豆科植物中的功能并不明确,还有待进一步的研

4]

。此外,Sym(symbiotic)基因也属于早期结瘤

18]

。素基因,它是一类存在于豌豆中的共生基因

研究人员利用生物信息学方法证明,水稻基因

组有31个基因与结瘤素基因具有高度同源性,如水

稻基因CAC39050、S23543、BAB63833、BAB93352与

7]

结瘤素基因的同源性高达70%以上

。据报道,大

豆早期结瘤素基因Gmenod40和水稻早期结瘤素基

19-20]

因Osenod40的表达模式相似

。此外,已发表

的文献显示,豆科植物苜蓿的早期结瘤索基因

2,21]

Mrenod40在水稻、苜蓿中的表达方式相同

。水

—68—

稻结瘤素的研究对于提高水稻产量和经济价值有

着举足轻重的作用,发现更多具有特异性功能的结

瘤素家族成员也是目前研究的重要任务。

本试验以水稻为研究对象,对筛选出的

OsENOD93b(LOC_Os02g13380)进行理化性质分析

与亲水性疏水性、保守区域、蛋白二级、三级结构预

测,并进行亚细胞定位,以期为深入研究该基因提

供理论依据,丰富水稻结瘤素基因家族的种类。

1 材料与方法

1.1 OsENOD93b蛋白的生物信息学预测

OsENOD93b蛋白的理化性质使用线上工具

ExPASy-Protparam进行分析;亲水性、疏水性使用

Protscale线上软件进行分析;蛋白保守功能区通过

CDD软件进行在线分析;蛋白二级结构使用线上工

具SOPMA进行分析;蛋白三级结构通过Phyre2软

sort进件进行预测,蛋白亚细胞定位使用在线网站P

[22]

行分析。上述各软件的网址见表1。

1.2 OsENOD93b组织表达模式分析

首先进行水稻各组织器官总RNA的提取,其次,

将获得的RNA进行反转录形成cDNA,以此进行组织

23-24]

表达模式分析,具体步骤参考Ma等的方法

表1 分析软件的名称和网址

软件名称

ExPASy-Protparam

Protscale

CDD

SOPMA

Phyre2

Psort

https://web.expasy.org/protparam/

://web.expasy.org/protscale/https

://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgihttps

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html

http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index

://www.genscript.com/psort.htmlhttps

网址

2 结果与分析

2.1 OsENOD93b蛋白理化性质分析与亲水性预测

ExPASy-Protparam线上软件的分析结果表明,

OsENOD93b是1个由154个氨基酸构成、分子式为

CHNOS、相对分子量为16.42989ku、理

71111812272105

theoreticalpI)为11.42的蛋白质。该蛋论等电点(

白质富含强碱性氨基酸[包括精氨酸(Arg)、赖氨酸

(Lys)等,共计23个],且含有大量强酸性氨基酸

[包括天冬氨酸(Asp)、谷氨酸(Glu),共计9个]。

OsENOD93b蛋白的不稳定指数为67.09,表现出不

1.88。表2关于氨基酸组稳定性,其脂肪系数为8

成的分析结果显示,丙氨酸(Ala)、精氨酸、丝氨酸

(Ser)、亮氨酸(Leu)、脯氨酸(Pro)、甘氨酸(Gly)、

缬氨酸(Val)所占比例较高,分别为14.9%、

104%、9.1%、7.1%、7.1%、6.5%、6.5%,色氨酸

(Trp)、酪氨酸(Tyr)所占比例较低,都为0.6%。用

Protscale线上工具对OsENOD93b蛋白的亲水性进

行预测,发现OsENOD93b蛋白的氨基酸组成中既

),其中主要包有亲水氨基酸,又有疏水氨基酸(图1

含亲水性氨基酸,因此判断该蛋白为亲水性蛋白。

综上,OsENOD93b蛋白是1个具有亲水性的不稳定

的碱性蛋白。

表2 OsENOD93b蛋白不同氨基酸所占比例

氨基酸含量

Ala,A)丙氨酸(

精氨酸(Arg,R)

天冬酰胺(Asn,N)

天冬氨酸(Asp,D)

半胱氨酸(Cys,C)

谷氨酰胺(Gln,Q)

谷氨酸(Glu,E)

甘氨酸(Gly,G)

组氨酸(His,H)

异亮氨酸(Ile,I)

亮氨酸(Leu,L)

赖氨酸(Lys,K)

甲硫氨酸(Met,M)

苯丙氨酸(Phe,F)

脯氨酸(Pro,P)

丝氨酸(Ser,S)

苏氨酸(Thr,T)

色氨酸(Trp,W)

酪氨酸(Tyr,Y)

缬氨酸(Val,V)

数量

(个)

23

16

10

11

11

14

10

占比

(%)

14.9

10.4

5.2

2.6

1.3

3.2

3.2

6.5

1.3

5.2

7.1

4.5

1.9

2.6

7.1

9.1

5.8

0.6

0.6

6.5

2.2 OsENOD93b蛋白的保守域

用CDD在线软件对OsENOD93b蛋白的保守功

—69—

能域进行预测,由图2可知,OsENOD93b基因的特

定匹配(specifichits)和非特定匹配(non-specific

)都在ENOD93,且该蛋白属于ENOD93hits

superfamily(ENOD93超级家族)。

2.3 OsENOD93b蛋白的二级结构

利用线上工具SOPMA预测OsENOD93b蛋白

的二级结构。由图3可以看出,OsENOD93b蛋白的

二级结构主要由无规则卷曲(41.56%)、

α

-螺旋

(39.61%)、延伸链区(14.94%)和

β

-转角

(390%)组成。因此可知,该蛋白的空间构象可能

主要由无规则卷曲结构构成。

2.4 OsENOD93b蛋白的三级结构预测

利用线上工具Phyre2预测OsENOD93b蛋白的

三级结构。由图4可以看出,该蛋白只含有1条肽

链,没有三级结构,说明该蛋白空间构象较简单,且

不能折叠形成特异的空间构象。

2.5 OsENOD93b蛋白的亚细胞定位

通过线上工具Psort对OsENOD93b蛋白进行亚

细胞定位,结果(表3)表明,该蛋白定位在线粒体的

可能性为30.4%,定位在细胞质的可能性为

26.1%,定位在细胞核、内质网、高尔基体、液泡、分

泌系统囊泡、细胞外(包括细胞壁)等地方的可能性

分别为8.7%、8.7%、8.7%、8.7%、4.3%、4.3%。

OsENOD93b蛋白定位在线粒体根据上述数据推测,

的可能性最大,其次是细胞质,也可能是胞核、内质

网、高尔基体、液泡、分泌系统囊泡和细胞外(包括细

胞壁)。

2.6 OsENOD93b基因组织表达模式分析

首先,通过特定方法提取水稻根、茎、叶的

RNA,将其反转录成cDNA。其次,利用实时荧光定

量PCR的方法,检测OsENOD93b基因在不同组织

器官中的表达水平。研究结果显示,OsENOD93b基

—70—

表3 OsENOD93b蛋白定位在不同亚细胞结构中的可能性

亚细胞结构

线粒体

细胞质

细胞核

内质网

液泡

高尔基体

可能性

(%)

30.4

26.1

8.7

8.7

8.7

8.7

OsENOD93b在线粒体中的详细功能。后续将对

OsENOD93b进行功能性研究,以期发现对未来新型

水稻品种有利的功能。

4 结论

组织表达模式分析结果表明,OsNOD93b参与

各组织的表达,在叶中的表达明显。通过ExPASy-

Protparam在线软件预测可知,OsNOD93b是一个具

有亲水性、保守的、碱性的、不稳定的蛋白分子,亚

分泌系统囊泡4.3

细胞外(包括细胞壁)4.3

因的总体表达水平相对较高,在根、茎、叶器官中均

有表达,在叶中的表达量最高,其次是茎中,表达量

最少的为根中(图5)。上述结果表明,OsENOD93b

的功能在不同植物中可能具有一定的潜在多样性。

3 讨论

本研究发现,OsENOD93b在水稻根、茎、叶中有

不同水平的表达,在叶中的表达量最高,在根、茎中

的表达量相对较低。但是根据其在各组织中均有

表达,且相对表达量较高的情况来看,OsENOD93b

基因在水稻早期结瘤素家族中有着举足轻重的地

位。因此,对OsENOD93b表达的特异性进行详细研

究,有助于探明OsENOD93b蛋白功能的特异性。

生物信息学分析发现,OsENOD93b蛋白是一个

亲水的、不稳定的碱性蛋白,属于ENOD93

superfamily(ENOD93超级家族)。蛋白二级结构预

测发现,该蛋白晶体的空间构象可能是以无规则卷

曲结构构成的;OsENOD93b蛋白没有三级结构,由

1条链组成;此外,OsENOD93b蛋白定位预测结果

表明,它定位于线粒体的可能性最大,比定位在细

胞质的可能性更大。由此可见,OsENOD93b蛋白极

有可能在线粒体中表达其功能。但目前尚未发现

细胞定位预测结果显示,该蛋白可能在定位线粒体

中,以高水平、保守的方式调控水稻的重要生物学

功能及作用机制。

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杨滨娟,张颖睿,袁嘉欣,等.紫云英与氮肥配施对水稻氮素吸收利用的影响[J].江苏农业科学,2021,49(7):71-77.

doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2021.07.012

—71—

紫云英与氮肥配施对水稻氮素吸收利用的影响

杨滨娟,张颖睿,袁嘉欣,黄国勤

(江西农业大学农学院/江西农业大学生态科学研究中心,江西南昌330045)

  摘要:为了探明紫云英还田配施减量氮肥的作用机制,为南方稻田合理施肥提供理论指导和技术支撑。在“紫云

英-双季稻”复种型农作制度基础上,采用大田试验,设置3个梯度的紫云英还田量,并配施相应的减量氮肥,以常规

施肥作对照,分析不同紫云英与氮肥配施比例对水稻产量、干物质积累情况以及氮素积累的影响,并利用施氮量和水

22

稻产量建立纯N-紫云英-水稻产量的关系模型。研究表明:紫云英27000kg/hm+纯N120kg/hm有提高早稻产

222

量的趋势,紫云英45000kg/hm+纯N60kg/hm的晚稻产量最高,从全年产量来看,紫云英36000kg/hm+纯N

90kg/hm表现最佳。与常规施肥相比,翻压紫云英还田可以提高早稻中后期干物质积累比例,提高植株氮素积累量

和氮收获指数。紫云英替代系数的变化表明,在早稻供氮量充足的情况下,随着紫云英还田量在全部施肥量中比例的

增加,紫云英替代氮肥效应的能力逐渐减弱。

  关键词:水稻;施氮水平;紫云英;氮素吸收利用;关系模型

  中图分类号:S551;S344  文献标志码:A  文章编号:1002-1302(2021)07-0071-07

  长江中下游冬闲田、冬季光温水热等资源的合

1-2]

理开发利用一直是我国重点关注的农业问题

获后由于茬口紧、冬种作物品种少、经济效益低等

原因,90%以上的农户会选择撂荒,造成土地和光、

3-5]

温、水、热资源的严重浪费

。利用冬闲田种植紫

江西、湖南等省是我国双季稻主产区,但在晚稻收

收稿日期:2020-07-06

基金项目:国家重点研发计划(编号:2016YFD0300208);国家自然科

学基金(编号:41661070)。

作者简介:杨滨娟(1985—),女,山东淄博人,博士,助理研究员,主要

从事耕作制度与农业生态研究。E-mail:yangbinjuan@jxau.

edu.cn。

通信作者:黄国勤,博士,教授,主要从事作物学、生态学、农业发展与

区域农业、资源环境与可持续发展等研究。E-mail:hgqjxes@

sina.com。

云英、油菜等绿肥,可以美化农村环境,带动当地旅

6]

,还可以减少粉尘扬灰,降游产业的兴起和发展

7]

低雾霾指数,有利于改善空气质量

,能够防止水

8-9]

土流失,改善土壤肥力,维持稻田生态环境

。氮

10]

,但氮肥素是水稻生长必不可少的营养元素之一

的过量施用,不仅会导致水稻贪青晚熟、倒伏减产,

11]

降低氮肥利用效率

,还极易造成土壤中氮素盈

余,导致农业资源浪费、水体富营养化等环境问

櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄

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标签:基因   蛋白   水稻   研究   表达   分析
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