mirna测序文库长度154bp对吗
有点长，不知道你用的是哪个测序平台，illumina测序平台是miRNA大约22-24bp，加上接头和index长度约为80bp，所以文库长度应该在110bp左右。不同的测序平台，接头长度不同，所以如果你不是illumina测序平台，这个长度也是有可能的。
如何预测和鉴定miRNA的靶基因
免疫沉淀当然，确定miRNA与mRNA之间的互作，我们还有更直接的方法，那就是从实验上寻找物理相互作用。我们可以利用RNA诱导沉默复合物（RISC）中的Argonaut（AGO）蛋白的抗体进行免疫共沉淀（co-IP）。生物通 www.ebiotrade.com 目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物，然后开展深度测序以鉴定发现的RNA，这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（HITS-CLIP），或CLIP-q。利用这种方法来寻找miRNA的靶基因，能够明显降低miRNA结合位点的假阳性预测率，并且缩小miRNA结合位点的空间范围，可在全基因组范围内鉴定AGO蛋白与不同RNA上的结合。现在有多家公司提供CLIP-q服务，如锐博生物。 Clontech公司（Takara旗下）也推出了一种新工具，能协助鉴定细胞中的miRNA靶点。这一工具名为MirTrap系统。它利用RISC蛋白的显性失活突变体，允许miRNA与其目标结合，但限制进一步的加工。此亚基整合到内源的Argonaute/RISC复合物中，并“锁定”miRNA-目标mRNA。显性失活亚基上的DYKDDDDK（FLAG表位）标签有助于整个Ago/RISC复合物的捕获和分离。这样就能实现miRNA及其目标的免疫沉淀，从而通过新一代测序或定量PCR来鉴定或定量。生物通 整个过程大致如下： 1. 创建...
谁知道microRNA芯片、microRNA测序和基因表达谱芯片区别，具体些，谢谢
你好！
这三个概念都是不一样的，把miRNA
芯片与基因芯片都是用来筛选差异基因的，检测的小RNA都是固定有限的。MIRNA测序属于高通量测序范畴，用来得到研究物种的可以检测得到的所有micRNA。
希望对你有所帮助，望采纳。
谁知道microRNA芯片、microRNA测序和基因表达谱芯片区别，具体些，谢谢
microRNA芯片和基因表达谱芯片都是芯片。
芯片指样本荧光染色杂交到芯片上，通过各个点亮度差异来判断表达差异的方法。
区别是一个针对microRNA,微小RNA。另一个针对mRNA,信使RNA。
microRNA测序区别于芯片分析方法。直接测出小片段的序列然后用生物统计方法合并区段等最终计算出表达差异。
microRNA芯片与microRNA测序是用不同平台研究同样的问题。
如何筛选目的基因的miRNA
你指的是寻找miRNA的靶基因位点吗？
一般都是利用生物信息学软件进行预测，但这种预测都是有局限性的，比如miRNA可能会与靶基因之间产生错配，这样会丢失一些靶基因，另外预测的都未经过实验的验证，还需要进行实验的验证来去伪存真。
当然植物可以使用降解组测序的方法来进行靶基因预测，原理就是植物中miRNA与mRNA往往是碱基近乎完全匹配来结合后将mRNA降解，剪切位点通常位于miRNA的第十位或第十一位碱基，被剪切后的片段可以通过建库后进行测序，可以真实的得到miRNA在mRNA上的作用位点的序列。
动物的就不行了，动物中一般是miRNA结合在mRNA上对mRNA翻译进行抑制，无法像植物那样得到其降解后的小片段进行测序验证
miRNA测序比对，公司报价差异好大
市场价应该是6k左右，有的会低些。华大应该是最低了吧。你最好找你周围朋友，看做过的人，有没有推荐的。我这里给你推荐你也不敢信不是。还有最好是在哪里测的，就在哪里分析。这样的话连贯性好些，而且里边的猫腻较少。并且一定要QC，有些公司可能不给QC，你一定要问他们要，RNA的QC，建库的QC，还有测序原始数据的QC等等
