imagej细胞计数步骤
自动细胞计数
-壹-
导入图像
打开想要处理的图像，这里我们以一张DAPI免疫荧光染色的照片为例进行说明。如下图。
点击File>Open>打开准备好的图像，也可将图片直接拖动到菜单栏，即可打开。如下图。
-贰-
将图像转为8-bit
首先需要将图片转为黑白灰的图像，方便后续识别细胞。
点击Image>Type>8-bit，此时图片即已被去色。
-叁-
调整阈值，去除背景，选中细胞
①点击Image>Adjust>Threshold对阈值进行调整，主要是为了选择细胞区域；
②因为利刃君这里选择的是B&W（Black and White），所以图像中黑色的区域就是已经选中的区域，这里可以进行更改，如若改为red，则红色区域为选中的区域；
③另外我们发现Threshold窗口中有两个调节框，我们可以通过左右拖动调节框中的滑块对选择的区域进行调整。原则是尽可能的包含所有的细胞同时去除背景中的杂质。
④拖动完成后点击Apply，这样阈值就设置好了。
-肆-
填补细胞核的空隙
在调节阈值减少背景的同时，可能细胞的一些不均匀部分也被减弱了，这时就需要进行空隙填补，使得细胞变成实心球形来使自动细胞计数的结果更加可靠。
点击Process>Binary>Fill Holes即可，如果没有出现细胞有空隙的情况，则这一步就不需要进行。
-伍-
打断细胞核的重叠部分
细胞密度比较大时，通常会有细胞重叠或者贴近的情况。就会导致软件识别时将两个粘连在一起的细胞识别为一个，这时我们就需要利用Watershed自动识别重叠部分，随后再将两个细胞分离开来。
点击Process>Binary>Watershed，此时可以看到粘连在一起的细胞已经被分开。
-陆-
自动分析、计数颗粒
点击Analyze>Analyze Particles，出现Analyze Particles界面，根据处理图像的不同，设置不同的参数。
Size：0.05-Infinity——指分析颗粒尺寸大于0.05（一定注意这里的单位是inch），一直到无穷大的颗粒。（根据细胞大小，以及结果好坏来更改）一般可以通过选框工具选择最小的细胞，点击Analyze>Measure来看一下其大小，如我们这里显示Area为104，我们就可以设置Size大小为90-Infinity。
Circularity：0.00-1.00——指圆度，可以根据细胞形状，调整需要的圆度，1.00为标准圆，一般情况下只根据Size进行限制就可以了。
Show：Overlay——指原本图片上会展示出分析结果的外框。
Exclude on edges——处于边缘的颗粒不计入。
设置完成后，点击OK，即出现以下结果，Results窗口中显示了统计出的细胞的数目，并且显示了每个细胞的面积，一共为162个细胞。
ImageJ——共标细胞计数
参考这篇 基本操作都差不多~
工具：Fiji（包含更多插件的ImageJ） 个人感觉比普通的ImageJ好用
思路：统计几张图片中相同的ROI 即为共标细胞
但是可能会与手数有一些偏差 我只是想定性 如果想要非常准确的结果可能不可以这样
这个时候细胞已经被打散，可以先计数一下
按图中勾选 size那里可以规定最小的细胞
这个表示有202个细胞
ImageJ 中文教程（细胞计数）
File->open，或者快捷键ctrl+o，打开所要编辑的图片
Image->Type->8-bit，灰度变换
Edit->Invert
Image->Adjust->Threshold，灰度阈值设定，拖动完成后点击Apply
Process->Binary-Fill Holes填补细胞核的空隙
Process->Binary-Watershed打断细胞核的重叠部分
Process->Noi->Despekle，去除离群点
Process->Smooth，图像平滑
Analyze->Analyze Particles，计数
ImageJ-如何对特定范围的细胞进行面积和计数统计
上图所示的石蜡切片中，包含多种细胞类型，但我只想框定一个范围对特定细胞类型（导管）进行统计分析，在ImageJ中怎么操作：
1. 将图片拖拽到ImageJ界面打开
2. 将图片转为灰度图
这样就可以只筛选框定范围内的特定的导管细胞的面积，和个数。
Results 中展示统计的细胞数目，面积信息，一次设置不好，可以叉掉 Results ，返回步骤5进行重新调整参数。
整理记录一下，希望可以帮助到更多的人
另外，ImageJ在操作过程中怎么撤销上一步的操作呢？一直没有找到撤销的快捷键或者方法。。。。。。
怎么计数免疫荧光镜下的细胞数
我是这样理解的：阳性细胞计数为单位面积下阳性细胞数，你所说的是平均个数，还要计算面积（如1个高倍视野面积是多少平方），个/平方毫米，这样数据才有可比性。imagej可以计数，不过我不大会用，如果数量不多可以数，多了还是得用软件。imagej很强大，很有用，希望大家共同学习，共同提高。
