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隐形符号

更新时间:2023-03-26 21:57:37 阅读: 评论:0

张家界风景区图片-勤奋学习演讲稿

隐形符号
2023年3月26日发(作者:牛肉丸子的家常做法)

⽣物学常⽤符号书写规范

⽣物学常⽤符号书写规范

1、物种名称:

瑞典分类学家林奈的“双名法”(属名+种名+定名⼈),要求对物种学名属以上⽤拉丁⽂正体表⽰,属以下(包括属)⽤拉丁⽂

斜体表⽰;属以上学名⾸字母⼤写,种名及亚种、变种名全⼩写。病毒的英⽂通⽤名称⽤正体⼤⼩写表⽰[1]。

2、雌雄性符号:

性别是⽣命的基本属性之⼀。雌雄性符号“♀”早就见于⽂献书刊,其出处已难于查考。中国遗传学奠基⼈李汝祺在《发

⽣遗传学》⼀书中曾提到其来源,是以古希腊神话中⼥神Venus的镜⼦“♀”作双子和水瓶 为雌性的标志,以战神Mars的⽭和盾“♂”作

为雄个人职业愿景 性的标志。必须注意的是,雄性符号的那个箭头是指向右上⽅⽽不是正上⽅,但⽬前⼀些编辑排版软件的符号库⾥

只有箭头向正上⽅的符号,这是错误的,从继承⼈类⽂化遗产的⾓度,建议排版软件及各类字库、符号22英语 库的设计者们注

意这⼀问题,不要随意改动这⼀世界通⽤的传统符号。

3、氨基酸的缩写:

⾃然界有20种常见氨基酸,其三字母符号为其英⽂名称前三个字母,⾸字母⼤写;单字母符号除两种酸性氨基酸(天冬

酸D、⾕氨酸E)、两种酰胺(天冬酰胺N、⾕氨酰胺O)、两种碱性氨基酸(赖氨酸K、精氨酸R)和三种芳⾹族氨基酸(苯丙氨

酸F、酪氨酸Y和⾊氨酸W)外,其余均为其英⽂单词⾸字母的⼤写。

4、核苷酸碱基缩写:

A(腺嘌呤)、G(鸟嘌呤)、C(胞嘧啶)、T(胸腺嘧啶)、U(尿嘧啶)。

5、免疫球蛋⽩:

免疫球蛋⽩(immunoglobulin,Ig)的缩写有IgA、IgD、IgE、IgG、IgH、IgM、IgY等。

6、⾎红蛋⽩:

⾎红蛋⽩(hemoglobin)的缩写有HbA、HbH、HbF、HbCS、MHb等。

7、细胞⾊素:

细胞⾊素a、b、c、d以英⽂⼩写字母表⽰。细胞⾊素P2450系列,如P12450、P2450c、P2450、P32450等,⼀般将

其中的“P”排为⼤写,“450”与“P”平排,⽤对开连接线连接(另请注意其中要排成下⾓标的地⽅)。建议以此统⼀。

8、维⽣素:

以英⽂⼤写字母A、B、C、D、E等表⽰,其族内编码以阿拉伯数字下⾓标(如B1、B2、B12等)表⽰。

9、基因在染⾊体上的定位:

例如编码Wilms瘤的WT-1基因定位于⼈11号染⾊体短臂1区3带,以平排的11p13表⽰;编码肝癌的RA-1基因定位于16

号染⾊体长臂2区2带1亚带⾄2区3带2亚带,以16q22.1~q23.2表⽰,建议不要误排为16q22.1~q23.2。

10、基因与其表(现)型产物符号:

基因(核酸)与其表(现)型产物(蛋⽩质)在遗传学上是完全不同的两种概念。基因符号⽤斜体、表型产物符号⽤正体的表⽰

法⾸先于50年代初由⼀位南斯拉夫细菌遗传学家提倡,很快被学术界所接受,并推⼴到所有物种。不同物种的基因符号

⼀律斜体,其表型、产物符号⼀律正体,这不是什么会议和机构的强制规定,⽽是半个世纪以来国际学术界已经约定俗

成的通⽤写法。由于⾃然界物种繁多,基因类型繁杂,⼜逐渐形成了以⼤⼩写字母的变换、前后缀、上下⾓标等标记来

区别物种属性、基因所代表特定表型的突变如显陷性、抗性、对环境条件的敏感性等特征的约定,并通过国际上后来陆

区别物种属性、基因所代表特定表型的突变如显陷性、抗性、对环境条件的敏感性等特征的约定,并通过国际上后来陆

续建⽴的有关各物种遗传符号命名委员会的确认与公布,这样,物种的基因符号和表型产物符号也就同时包含了其所属

物种和基因功能特征的信息。这些含义丰富的符号对于简化⽂字叙述起了很好的作⽤。

现依据著名分⼦⽣物学杂志TrendsinGenetics1995年3⽉归纳发表的“遗传符号命名指导细则(TIGnomenclature

guide)”,以及我们过去翻译过的n&Company、ColdSpringHarborLaboratoryPress、JohnWiley&

Sons,Inc.等的书刊,将基因及其表型产物符号的⽤法举例列表如下,供参考。

物种的基因及其表型产物的符号书写:

注释:编辑审稿时,凭借⼀定的⽣物学知识,应能对符号是代表基因还是代表其表型产物进⾏判断。⽐如,遇到(代

表符号)“编码某蛋⽩”、“的转录”、“的外显⼦/内含⼦”、“cDNA”、“的产物”、“翻译产物”、“所含

核苷酸…”之类的⽂字,⼀般可判断该符号代表基因,应排斜体;若是见到“素”、“酶”、“因⼦”、“含…氨基

酸/…肽”、“的分⼦量”、“复合物”、“亚单位”、“⼆聚体”、“转录因⼦”、“介导的…”等等,则⼀般可

断定该符号代表产物,应排正体。遇到“的表达”、“蛋⽩”、“基因”这类模棱两可的⽂字,若根据上下⽂难以判

断,建议向作者问清楚。由于各物种的基因符号是在学科发展的具体历史中形成的,缺乏齐整的划⼀性。例如,上⾓

标“r”在某些真菌和质粒基因符号上是抗性标记,⽽在果蝇基因符号上就成为相对于显性“D”的隐形突变标记,⽽“rv”则为

回复突变标记,等等。基因符号的复杂性要求编辑必须做好编前⼯作,最好要求作者⾃⼰将符号的正斜体、前后缀、上

下⾓标(及其正斜体)书写标注清楚。⾄于审稿时作某些质疑,也是编辑责⽆旁贷的协助作者定稿的⼯作之⼀。

表⽰突变型基因的符号,应该在座位符号右上⾓加上“+”或“-”来表⽰。例如hisA-表⽰组氨酸缺陷型基因,hisA+表⽰

相应的野⽣型基因,与链霉素抗药型有关的基因座位称为strR(或str-r),敏感的野⽣型基因是strS(或str-s)。另外还有

⼀些常见的基因符号代表特定的意义,譬如,inc代表不亲和性,rep代表复制,tra代表转移,fin代表致育抑制,ori代表

复制起点,Dam代表DNA腺嘌呤甲基化酶等等[2]。

10.1酵母:

裂殖酵母(Schizosaccharomycespombe):基因符号由3个⼩写斜体字母与1个阿拉伯数字组成,如arg1、leu2、

cdc25、rad21。同⼀基因座上的不同等位基因,在基因座符号后⽤连字符加上等位基因特异的后缀来命名,如ade6-

M26、ade6-469。特定基因的野⽣型等位基因⽤上标“+”表⽰,如arg1+。蛋⽩质⽤相应基因的基因符号表⽰,正体且

⾸字母⼤写,如Arg1、Leu2、Cdc25、Rad21。

酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae):基因符号由3个斜体字母与1个阿拉伯数字组成,其中,字母⼩写表⽰隐性,⼤

写表⽰显性,如ade5、cdc28、CUP1、SPC105,等位基因的名称包括基因符号、连字符和1个斜体书写的数字,如

act1-606、his2-1。蛋⽩质⽤相应的基因符号命名,正体⾸字母⼤写且加上后缀“p”,如Ade5p、Cdc28p、Cup1p、

Spc105p。

10.2植物:

莱哈⾐藻(Chlamydomonasreinhardtii):基因符号由3个⼤写斜体字母组成。具有相同名称的不同基因座其后加阿拉伯

数字以⽰区别,如TSB1、TUD1、TUB2、ARG7,野⽣型等位基因⽤⼤写斜体字母和阿拉伯数字(不⽤“+”上标)表⽰,

如TSB1。突变型等位基因⽤⼩写斜体字母表⽰,同⼀基因座的不同突变型等位基因⽤连字符将序号与基因名分开,如

maa1-1。蛋⽩质⽤相应的基因名称表⽰,正体⼤写,如TSB1、TUD1、TUB2、ARG7。

⽟⽶:基因符号由3个⼩写斜体字母和1个阿拉伯数字组成,如dek1、dek12、adh1,由于⽟⽶是⼀种⾼度多态性的物

种,有许多特别的突变体和⾮突变体等位基因,因此⽟⽶的每个等位基因⼏乎都有1个后缀,后缀与基因符号间⽤连字

符隔开。其中隐性等位基因⼩写,显性与共显性等位基因⾸字母⼤写美国流行音乐 ,如dek12-4567、Dek12-W23。蛋⽩质的符金佛山旅游攻略 号与

相对应的基因相同,但为正体⼤写,如DEK1、DEK12、ADH1。

豌⾖:基因通常由3个斜体字母组成,如⾸字母⼤写,其余2个字母⼩写表⽰显性突变的基因,隐性突变基因的3个字母

皆为⼩写,如Gty、bot、lam,但早期的基因符号变化较⼤,1~4个字母不等,如a、b、aerc、coch,显性等位基因⾸

字母⼤写,⽽隐性等位基因字母全部⼩写。如Np、Sym4、cry、d。蛋⽩质⽤相应的基因名称命名,正体⼤写,如

UNI。

拟南芥(Arabidopsisthaliana):野⽣型基因符号由3个斜体的⼤写字母组成,可⽤不同的编号区分具有相同字母符号的

不同基因座,如EMB1。突变体基因符号⽤相应的基因座名称的3个⼩写斜体字母命名,如det1,相同基因座的不同等位

基因的命名在基因名后加1个连字符和1个数字表⽰,如det-1、det-2(如果仅知道1个等位基因,则可以不加连字符,例

如只知道1个等位基因时,abc3=abc3-1),显性和隐性等位基因不需要特别地区分,也允许在某个等位基因名称的后⾯

如只知道1个等位基因时,abc3=abc3-1),显性和隐性等位基因不需要特别地区分,也允许在某个等位基因名称的后⾯

加1个D表⽰显性,如abc5突变体等位基因2在杂交中对野⽣型是业性的,可以⽤abc5-2D表⽰。蛋⽩质常⽤相应的霜桑叶的功效与作用 基因

符号命名,且正体⼤写,如EMB1、EMB2、DET1、DET2。

10.3动物:

秀丽新⼩杆线⾍(Caenorhabditilegans):基因符号由3个⼩写斜体字母、1个连字符和1个阿拉伯数字组成,如dpy-

5、dfy-2、let-3、mlc-31、unc-13,野⽣型等位基因在基因名后的括号内⽤1个加号表⽰,如dpy-5(+)、let-37(+),突

变体等位基因在括号内⽤1个表明突变体的编号和所来源的实验室的后缀,即等位基因要加1个实验室专⼀的符号,如e

表⽰英国剑桥⼤学MRC实验室,mn表⽰Minnesota州⽴⼤学的实验室,如dpy-5(e61)、let-31(mn138)。等

位基因隐性和显性(以及其他)特性可以⽤1个正体后缀表⽰(如dm表⽰显性,ts表⽰温度敏感),如unc-1(e1598dm)、fem-

(1hc17ts)。蛋⽩质⽤相应的基因名称命名,以正体⼤写字母表⽰,如DPY25、DFY22、LET237、MLC23、

UNC213。

果蝇(Drosophilamelanogaster):基因符号通常采⽤基因名的缩写,斜体书写,⼩写表⽰隐性突变基因,⾸字母⼤写表

⽰显性突变基因,或采⽤蛋⽩质名来命名的基因,如v、al、mal、ftz、Dfd、Sos、Ace,等位基因⽤上标符号(最好

不超过3个字符)加以区别,上标字符可从a~z、A~Z、0~9~+~-等中选⽤,如sc1、mejp、mysts1。蛋⽩质⽤相应

的基因符号来命名,正体⼤写,如SEV、FTZ、AL、MAL、DFD、SOS、ACE、SU(WA)。

斑马鱼(Zebrafish):基因符号⽤3个⼩写斜体字母表⽰,中间⽆连字符,同⼀基因家族中的不同基因成员则按顺序编

号,如cyc、brs、eng1、eng2、ntl,等位基因分别⽤上标的“+”号或“-”号表⽰野⽣型或突变型。如cyc+、brs+、

eng1+、eng2-、ntl-。蛋⽩质符号与基因符号相同,但为正体且⾸字母⼤写,如Cyc、BRS、Eng1、Eng2、Ntl。

鸡(Chick):基因符号仅由斜体⼤写的字母和阿拉伯数字组成,⽆任何标点或上下标,如H5、BMP1,等位基因由斜体⼤

写的字母和阿拉伯数字组成,⽤星号将基因符号与特异的等位基因符号隔开,如H5*1、BMP1*A(注意*并⾮上标)。蛋⽩

质的命名与基因相同,但为正体,如H5、BMP1[3]。

11、转座⼦符号:

依据前述国外⽂献,不同物种的表⽰⽅式略有差异。细菌的转座⼦是符号正体,编码斜体,如:IS3、Tn9等;⽟⽶的转

座⼦则全部斜体,如Ac、Ds、Ma1等。

12、基因⼯程⼯具:

12.1限制性内切核酸酶:

近20年来,较为正规的出版物均按下述规范书写,即前三字母是酶源物种学名部分的简写,斜体;后⾯的字母和编码全

部正体平排。例如:EcoRⅠ、HindⅢ、BamHⅠ、SalⅠ、BglⅡ、AvaⅠ、HinfⅠ、MboⅡ、AsuⅠ、HphⅠ、TaqⅠ等。

核酸限制性内切酶的命名⾸先是由Smith和Nathams于1973年提出的,1980年Roberts在此基础上进⾏了系统分类,总

规则是以内切酶来源的微⽣物学名进⾏命名。Ⅱ型核酸限制性内切酶是基因⼯程中最常⽤的⼯具酶之⼀,它的命名要点

有:

限制酶的名称由3个字母组成,第1个字母采⽤细菌属名的第1个斜体⼤写字母,第2和第3个字母采⽤细菌种名的前2个

字母,需阿斯哈图石林 斜体⼩写。如⼤肠杆菌(Escherichiacoli)⽤Eco表⽰,流感嗜⾎菌(Hacmophilusinflucnzac)⽤Hin表⽰。第4个

字母表⽰菌株的类型,⽤正体,如Hind中的d代表流感嗜⾎菌d株。从同⼀种微⽣物中发现多种限制酶,则依照发现和分

离的先后顺序⽤罗马数字表⽰,罗马数字⽤正体。如流感嗜⾎菌d株有多种限制酶,则分别表⽰为HindⅠ、HindⅡ、

HindⅢ等。

根据以上命名要点,从淀粉液化芽孢杆菌(Bacillsamyloliquefaciens)H株中分离的第1种限制性内切酶,命名为

BamHⅠ[2]。

12.2重组基因载体:

(1)病毒缩写⼀般为正体,其交通安全教育 编码在较多出版物为平排。如:T4、T7、Ch30、SV40、M13、Ch1、X174等。

(2)质粒⼀律正体,⼀般⾸字母为⼩写p,后⾯的字母和数码平排。如:pBR322、pMC9、pDF41、ColEⅠ(pVH51)、

pUC119等;粘粒有pJC720、pJB138、pTL5、pHS262,以及MuA23、MuA210等。

pUC119等;粘粒有pJC720、pJB138、pTL5、pHS262,以及MuA23、MuA210等。

新发现或改金门之战 造的质粒命名第1个⼩写字母p表⽰质粒(plasmid),后⾯2个或3个⼤写字母表⽰构建该质粒的研究⼈员的姓

名或实验室名称,最后的数字表⽰构建的⼀系列质粒的编号。如pUC118,p代表质粒,UC代表研究⼈员姓名的英⽂缩

写,118代表该质粒的编号。

对于天然存在的质粒仍然使⽤原有的命名,如:ColE1、F、SCP1等。

质粒中的缺失和其他类型重排的命名与细菌基因组中的缺失和重排的命名相同。譬如:缺失了基因cad与asa的质粒命名

为pI258(cad-asa7)。

质粒载体抗药性的符号规定⽤⼤写字母表⽰表型,⽤相同的3个⼩写字母表⽰基因型,例如四环素抗药性的表型⽤TcR

表⽰,基因型⽤tet表⽰。氨苄西蜓的组词 林抗药性的表型符号⽤ApR表⽰,基因型⽤amp表⽰(是ampicillin的前3个字母)或bla(-

内酰胺酶,是Lactama的前3个字母)表⽰[2]。

(3)噬菌体的命名:

噬菌体基因的命名⽤其表型或基因产物单词的1~3个斜体的字母,⼤写或⼩写均可,如:N、cI、int等。当⼏个基因突

变产⽣类似表型时,可加上罗马数字编号区分,如cⅠ、cⅡ、cⅢ,其基因产物可⽤gp加上基因名称表⽰,如gp43,或是

在基因名称后加上“蛋⽩”两字,如cI蛋⽩。

表型与基因产物的命名不⽤斜体,但第1个字母要⼤写,如N、Int。

溶源性噬菌体在细菌染⾊体中的附着部位通常命名为att位点,其后是所对应噬菌体的命名,如att、attP4、attHK022

等[2]。

13、细胞株缩写:

有的有惯⽤缩写,例如:HeLa细胞株已约定俗成,不应写作Hela细胞株。

14、计量单位:

除⼀般法定的计量单位之外,⽣命科学中还有⼀些专⽤计量单位如:碱基对bp、核苷酸数nt、分⼦量Da(道尔顿)、基因

图距cM(厘摩尔根)、每分钟转数r/min、每分钟计数cpm、沉降系数S、离⼼机重⼒加速度(⽤斜体g),以及压强Pa、摩尔

浓度mol/L等。

15、有关统计学和数学符号:

代表⼀系列变量的符号⼀般⽤斜体表⽰,如样本含量N或n、总体参数(平均差,标准差,⽅差2或V)、样本统计量

(平均数,标准差S,⽅差S2)、变异系数(CV)、t值、F值、卡⽅值2、概率值P、平⽅和SS、乘积和SP、均⽅MS、相

关系数r、回归系数b、通径系数p、函数f(x)、偏导数、矩阵和向量(⿊体的X、Y)等等。代表⾮变量的符号,如微分符号

d、协⽅差Cov或Var等⽤正体。⼀些标注性符号和常数也⽤正体,如量⼤值max、最⼩值min、极限lim、⾃然对数ln、

常⽤对数log(以10为底的对数lg)、正弦sin、余弦cos、正切tg,以及常数e和等等。在书写公式时,请注意不要将变量

符号与基因符(代)号相混淆。

参考⽂献:

[1]刘安,马学海,丁海珈,姚坚毅。谈谈⽣命科学出版物中符号使⽤的规范化。⽣物技术通讯,1999,10(1):73-

76。

[2]肖业⾂,魏剑波。基因⼯程中常⽤术语的命名规则。⽣物学通报,2002,37(10):11。

[3]张冰。科技期刊中基因及蛋⽩质的规范表达。学报编辑论丛,2007,81-86

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