黄心乌菜

转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因

王明霞;田红梅;江海坤;贾利;王艳;方凌

【期刊名称】《中国蔬菜》

【年(卷),期】2018(0)12

【摘要】乌塌菜是白菜亚种的一个变土豆粉最简单的做法 种黑头剑蛇 ,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜

亚种的一个典型特征.采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)

和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75Gbcleandata,各样品clean

data均达到4.00Gb,Q30碱基百分比在90.53％以上.将测序数据进行denovo

拼接后得到127988条转录本和46950条unigene,平均长度分别为1327.71bp

和856.26bp.以FDR(faldiscoveryrate)<0.01且差异倍数FC(fold

change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1296个差

异表达基因.对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1156个差异表达基因

被注释,其中1150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到

GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路.

【总页数】6页(P23-28)

【作者】王明霞;田红梅;江海坤;贾利;王艳;方凌

【作者单位】安徽省农业科学院园艺研究所,安徽合肥230031;园艺作物种质创新

与生理生态安徽省重点实验室,安徽合肥230031;安徽省农业科学院园艺研究所,安

徽合肥230031;园艺作物种质创新与生理生态安徽省重点实验室,安徽合肥

230031;安徽省农业科学院园艺研究所,安徽合肥230031;园艺作物种质创新与生

理生态安徽省重点实验室,安徽合肥230031;安徽省农业科学院园艺研究所,安徽合

肥230031;园艺作物种质创新与生理生态安徽省重点实验室,安徽合肥230031;安

徽省农业科学院园艺研究所,安徽合肥230031;园艺作物种质创新与生理三国董卓 生态安徽

省重点实验室,安徽合肥230031;安徽省农业科学院园艺研究所,安徽合肥230031;

园艺作物种质创新与生理生态安徽省重点实验室,安徽合肥230031

【正文语种】中文

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