《中国农业菌种目录大全》收录的农业微生物菌株，根据资源筛选评价，对一些菌株的应用功能特性进行了描述，以利于使用者检索使用。《中国农业菌种目录大全》虽然根据微生物的最新的分类学进展和ACCC的复核鉴定结果，对一些微生物菌种名称进行了修订更新，但考虑到一些菌株使用的广泛性和通用性，并没有对全部微生物菌株进行名称的更新，本目录中收录的所有农业微生物资源，为了共享与保藏的便捷性，分为ACCC编号菌株和BGC编号（丛枝菌根真菌）两部分，但从菌种的来源和原始编号可进行资源溯源。