生物信息学培训教材
北京华大基因研究中心
目录
第1章 Unix/Linux操作系统介绍 (4)
1.1 文件和目录相关 (4)
1.2 压缩和解压缩 (4)
1.3 进程及其他 (5)
1.4 远程登陆 (6)
1.5 软件安装简介 (12)
第2章 数据的基本处理 (13)
2.1测序原理介绍 (13)
2.2峰图转化 Phred (13)
2.3 Phd2Fasta (20)
2.4载体屏蔽 Crossmatch (23)
2.5 序列聚类拼接 (29)
2.5.1 Phrap (29)
2.5.2 Cap3 (39)
2.6 Cond (43)
2.7 Primer3 (57)
第3章 序列的比对 (62)服务员的英文单词
3.1 全局比对 (62)
3.1.1 Clustalw (62)
3.1.2 MUSCLE (78)
3.1.3 HMMER (81)
3.2 局部比对 (85)
3.2.1 Blast (85)
3.2.2 blat (98)
3.2.3 blastz (104)
3.2.4 GeneWi (110)
3.2.5 Fasta (119)
3.2.6 Exonerate (127)
3.2.7 Sim4 (132)
第4章 基因组/基因的注释 (140)
4.1 重复序列分析 (140)
4.1.1 RepeatMasker (140)
4.1.2 Trf (151)
4.1.3 LTR_STRUC (155)
4.2 RNA分析 (158)
4.2.1 tRNAScan (158)
4.2.2 MicroRNA (163)
4.2.3 snoRNA (171)
4.2.4 rRNA（rfam） (175)
4.3 基因预测 (179)
4.3.1 Glimmer (179)
4.3.2 GlimmerM (184)
4.3.3 Genscan (188)
4.3.4 TwinScan (191)
4.3.5 BGF (193)
4.3.6 Fgenesh (196)
4.4 基因功能注释 (198)
4.4.1 InterproScan (198)
4.4.2 WEGO (203)
第5章 SNP分析 (209)
5.1 Polyphred (209)
5.2 SNPdetector (215)
5.3 CrossMatch (221)
第6章 进化分析专题 (224)
6.1 Phylip (224)
6.2 Paml (230)
6.3 KaKs_Calculator (237)
whether的用法6.4 FGF (244)
6.5 mega (257)
第7章 基因表达分析专题 (261)
7.1 EST(Expresd Sequence Tag)表达序列标签（EST）分析 (261)
7.1.1 EST基本介绍 (261)
7.1.2 EST分析流程介绍 (264)
7.1.3 EST的应用 (278)
7.1.4 实例 (279)
7.1.5 参考文献 (280)
7.2 生物芯片(Microarray)分析 (280)to me
看电视的利与弊7.2.1 背景介绍 (280)
7.2.2 芯片的数据分析 (283)
7.2.3 芯片Oligo设计 (298)
7.3 Motif预测 (300)
7.3.1 MEME/MAST系统 (300)
7.3.2 MDScan (315)
第8章蛋白质结构预测 (318)
burstout8.1 蛋白质结构知识介绍 (318)
8.2 蛋白质结构预测方法 (327)
8.3 蛋白质结构预测的Threading方法 (328)
8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍 (328)
第9章 公用数据库介绍 (341)
9.1 NCBI (341)
pfc
9.2 UCSC (351)
9.3 Enmbl (357)
第1章 Unix/Linux操作系统介绍
1.1 文件和目录相关
mkdir dirname 建立子目录. 注意：用户不能在一个不存在的目录中建立子目录。
mkdir data 在当前目录下建立子目录data
mkdir /usr/data 在/usr/目录下建立子目录data，此时/usr目录必须已经存在。
rmdir dirname 删除空目录，目录里面如有文件或目录则无法删除。
pwd 显示用户目前所在目录
cd dirname 切换目录。
"."表示当前目录
.
cd
".."表示上一层目录
..
cd
"/"表示根目录
cd
/
"~"表示宿主目录(用户登录时所在的目录)
cd
~
cd /usr/bin 切换到/usr/bin目录下
ls 查看文件信息，这是最基本的档案指令。 ls 的意义为 "list"，也就是将某一个目录或是某一个档案的内容显示出来。 ls命令可加参数很多，我们这里不一一列出，只给出较常用的几个，各参数可以混合使用。
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ls 不加任何信息，显示目前目录中所有文件。
ls [file] 显示特定的文件。如：% ls /home2/X11R5
ls –a 显示所有的文件和目录，若无此参数，句点开始的文件和目录不会显示出来，即以”.”开头的文件，如 tcsh的初设档 .tcshrc；如果我们要察看这类档案，则必须加上参数 -a ls -l 这个参数代表使用 ls 的长( long )格式，可以显示更多的信息，包括文件的权限、所有者、大小、最后更改日期等。如：
ls -l file1
-rwx--x--x 1 soft bgi Aug 8 05:08 file1
第一列表示文件得属性，linux下文件分三个属性：可读r，可写w，可执行x 第一个字符表示是目录(d)或链接文件(l)或单纯的文件(-)等
第2-4字符”rwx” 表示此文件属主soft对文件file1的权利为”可读、可写、可执行”；
第5-7字符”r-x” 表示此用户组bgi内的用户对文件file1的权利为：”可读、不可写、可执行”；
black cat
第8-10字符”r--” 表示其他用户对文件file1的权利为”可读、不可写、不可执行”
第二列表示文件个数，如果是文件则为1，如果是目录则表示里面的文件个数。
第三列别是此文件或目录的拥有者。
第四列表示文件所有者所属的组
第1章 Unix/Linux操作系统介绍2
第五列表示文件大小，用byte表示
第六列表示文件的修改日期
第七列表示文件或目录名称
ls –t 按文件最后更改时间排序文件
ls –F 在文件后面加上类型标识：如果是目录，则在后面加”/”，如果是可执行文件，则在后面加”*”，如果是个链接，则在后面加”@”
结果状语从句
more [file] 显示文件，按屏显示，空格键翻页，回车键每次只翻一行，敲入q/Q/:q/:Q/ZZ 等都可提前退出more命令。
less [file] 基本同more命令，可以使用方向键随意滚动文件。
less –S 分列显示
百度英语翻译
less –help 显示详细说明文档
cat [file] 显示文件内容，所有内容全部显示。
[file] 在显示内容前加上行号
cat
–n
cp 拷贝文件，可以将文件拷贝成另一个文件，或是拷贝到另一个目录中。可以使用通配符拷贝具有同一特征的所有文件。
cp file1 file2 将file1拷贝成file2
cp /usr/file2 ./ 将/usr目录下的文件file2拷到当前目录下
cp –i 覆盖相同名称文件前先询问用户
cp –R 递归拷贝，即拷贝时将所有目录一并拷贝
cp --help 查阅命令详细使用信息
mv 移走目录或者改文件名
mv file1 file2 将file1 改名为 file2
mv filename dirname/ 将文件移至某一目录下
mv –help 查阅命令详细使用信息
rm 删除文件或目录
rm file1 file2 file3 ….
rm * 删除当前目录下所有文件
rm –f 强制删除文件，删除时，不提出任何警告讯息。
rm –i 删除文件之前均会询问是否真要删除，y/n指示下一步。
rm –r 递回式的删除，即逐级删除目录下的子目录。
rm –help 查阅命令详细使用信息
chmod 更改文件或目录权限
chmod –r file 更改所有的权限，包括子目录及其内文件。
chmod nnn file(s) n从0到7，权限可相加。依次代表用户、组成员、其他人的权限。
