(完整)转录组RNAq术语解释
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RNA—Seq名词解释
1.index
测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。
2.碱基质量值
乞丐变王子 电视剧(Quality Score或Q-score)是碱基识别（Ba Calling)出错的概率的整数映射。碱基质量值越高表明碱基识别越可靠，碱基测错的可能性越小。
3.Q30
碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99。9%。
4。FPKM（Fragments Per Kiloba of transcript per Million fragments mapped)每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的fragment个数。计算公式为
excellent>sun valley
公式中，cDNA Fragments 表示比对到某一转录本上的片段数目，即双端Reads数目；Mapped Reads（Millions）表示Mapped Reads总数，以10为单位;Transcript Length（kb）：转录本长度，以kb个碱基为单位。
5.FC（Fold Change）
即差异表达倍数。
6。FDR(Fal Discovery Rate）
即错误发现率，定义为在多重假设检验过程中，错误拒绝(拒绝真的原(零）假设）的个数占所有被拒绝的原假设个数的比例的期望值。通过控制FDR来决定P值的阈值。
7。P值（P—value）
即概率，反映某一事件发生的可能性大小。统计学根据显著性检验方法所得到的P 值，一般以P<0。05为显著，P〈0。01为非常显著，其含义是样本间的差异由抽样误差所致的概率小于0.05或0。01.祝你圣诞快乐英文
8。可变剪接(Alternative splicing）
有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接（或选择性剪接，alternative splicing).可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制，是导致真核生物基因和蛋白质数量较大差异的重要原因.在生物体内，主要存在7种可变剪接类型：A）Exon skipping；B）Intron retention；C） Alternative 5' splice site；D）Alternative 3' splice site;E) Alternative first exon；F） Alternativelast exon；G） Mutually exclusive exon.
9.外显子跳跃（Exon skipping）
外显子在前体mRNA剪接形成成熟mRNA过程中被跳过，最终没有出现在某些成熟mRNA上，这种剪接机制被称为外显子跳跃。
10. 内含子保留（Intron retention)
鹅的英文
前体mRNA在剪接形成成熟mRNA的过程中，部分内含子被保留下来，这种剪接机制被称为内含子保留。
11。 5'或3’端可变剪接
前体mRNA在剪接形成成熟mRNA的过程中，5'端或3’端边界发生不同方式的剪接，这种剪接机制被称
为5'或3'端可变剪接.
12。基因结构优化
由于使用的软件或数据本身的局限性，导致所选参考基因组的注释往往不够精确，需要对原有注释的基因结构进行修正，这一过程称为基因结构优化.
13. 基因间区（intergenic）
指基因与基因之间的间隔序列，不属于基因结构，不直接决定氨基酸，可能通过转录后调控影响性状的区域。
14。 UTR：（UntranslateRegions)
非翻译区域。是信使 RNA（mRNA）分子两端的非编码片段.5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至 AUG 起始密码子，3’—UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚 A 尾巴（Poly-A）的前端.
15。 ORF（open reading frame）
容颜的意思
开放阅读框或开放读码框。是结构基因的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子.
16. CDS(Coding quence）
是编码一段蛋白产物的序列，是结构基因组学术语。DNA转录成mRNA，mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质，所谓CDS就是与蛋白质序列一一对应的DNA序列，且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列，不考虑mRNA加工等过程中的序列变化，总之，就是与蛋白质的密码子完全对应。
17. 插入片段大小（inrt size)锐利的意思
通过检测双端序列在基因组上的起止位置，可以得到插入片段的实际长度，决定了测序的长度，是信息分析的重要参数.
18. 分子标记
是遗传标记的一种，直接在DNA分子上检测遗传变异。分子标记能对不同发育时期的个体、组织器官甚至细胞作检测，数量极多，遍及整个基因组，多态性高，遗传稳定，不受环境及基因表达与否的影响。目前常见分子标记主要有SNP、InDel、SSR 等.
19。 SNP（Single Nucleotide Polymorphism）
即单核苷酸多态性，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition)或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
20。 SSR(Simple Sequence Repeat，SSR）
即简单重复序列，又叫微卫星序列，指的是基因组中由1—6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下.
21. 转换(transition）
同类型（嘌呤和嘌呤，或嘧啶和嘧啶)碱基之间的相互替换称为转换。
22。颠换（transversion)
不同类型（嘌呤和嘧啶）碱基之间的相互替换称为颠换。
23。 RNA编辑（RNA editing）
是指在mRNA水平上改变遗传信息的过程.具体来说，指基因转录产生的mRNA分子中，由于核苷酸的
缺失，插入或置换，基因转录物的序列不与编码序列互补，使翻译生成的蛋白质的氨基酸组成，不同于基因序列中的编码信息现象。
24. 差异表达转录本(DifferentiallyExpresd Transcript,DET）
指表达水平存在显著差异的转录本。
25。差异表达基因（Differentially Expresd Gene，DEG)
指在两个不同条件(如对照与处理、野生型和突变型、不同时间点、不同组织等)下，表达水平存在显著差异的基因，称之为差异表达基因.
26。生物学重复（Biological Replicates)
the creeps
可以定义为使用来自不同抽提的RNA样本进行杂交，例如，同一来源独立制备的样本，或者不同来源的样本（不同组织或者一个细胞系的不同培养物）.
27。技术重复
使用同一个抽提的RNA进行实验称为技术重复。与生物学重复相比，技术重复不是完全独立的，取平均值不能去除共有的系统偏差。
28。皮尔逊相关系数r（Pearson's Correlation Coefficient)
用于度量两个变量X和Y之间的相关（线性相关），其值介于-1与1之间。其中，1表示变量完全正相关，0表示无关，—1表示完全负相关.在高通量测序中，将皮尔逊相关系数作为生物学重复相关性的评估指标。越接近1，说明两个重复样品相关性越强.
29。 Unigene
Unique Gene的英文缩写，意为广泛通用的基因数据库，通过电脑对相同基因座（Locus）的收集整理集合形成一个非冗余的基因数据库。
30. Contig
高通量测序中利用软件将具有一定长度overlap的reads连成更长的片段，这些通过reads overlap
关系得到的不含N的组装片段称之为Contig.
31. Scaffold
高通量测序中reads经过拼接获得Contigs，Contig经过确定先后顺序用N连接起来组成Scaffold。
32. Contig N50
Reads拼接后会得到长度不同的Contigs。将所有Contigs的长度相加后获得一个Contig的总长度。
之后将所有Contig按照序列长度由短到长进行排序，如获得Contig1，Contig2，Contig3……..。将
Contig按照这个顺序一次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即
为Contig N50。
33。 component
TRINITY 软件拼接过程中，由于contig的构造方法，使得各个contig之间不可能共享k个以上序列，因此这些 inchwormcontigs不能很好的表征各种可变剪切形式和同源基因等情况，软件中“chrysalis"这
一步骤将那些有重叠的contigs聚类，构成components。component就成为一组可变剪切isoform或同源
基因可能的表征的集合。
34。 de Bruijn graph
使用 TRINITY 软件拼接时，在“chrysalis”步骤中会将 component通过 overlap 关系构建成 de Bruijn图，便于获取可变剪切的序列。
35. 数字基因表达谱（DigitalGene Expression Profile,DGE）
利用新一代高通量测序技术和高性能的计算分析技术，能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组
织在特定状态下的基因表达情况。
方式状语36。 small RNA
对长度在18-40bp的短 RNA 进行序列、结构、表达、功能上的分析，主要进行miRNA,siRNA，piRNA
几种类型 sRNA 的分析；可与 mRNA 关联分析.
37。 ncRNA（non—coding RNA）
非编码RNA.指不编码蛋白质的RNA。其中包括 rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA和microRNA 等多种已知
功能的 RNA，及未知功能的 RNA。其共同特点是都能从基因组上转录而来，不需要翻译成蛋白即可在 RNA
水平上行使各自的生物学功能。
38。降解组测序（Degradome Sequencing)留学人员回国证明
利用高通量测序平台，针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序，从中筛选miRNA作用的靶基因，并结合生物信息学分析确定降解片段与miRNA的精确配对信息.该技术能从细胞或组织中准确高效的筛选出miRNA 的靶基因，为研究miRNA 与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。
39. lncRNA（long noncoding RNA）
