Bowtie2用法祥解
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对参考序列构建index
$ bowtie2-build genome.fasta index
尝试使用前10000个reads进行比对
$ bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam
使用8个线程进行比对
$ bowtie2 -p 8 -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam
比对的samcache是什么意思结果中添加了read group信息
$ bowtie2 -p 8 --rg-id sample01 --rg "PL:ILLUMINA" --rg "SM:sample01" -x index -1 reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam
常用的参数进行比对，可以更改其中的参数获得更好的结果
$ bowtie2 -q --phred33 --nsitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x <bt2-idx> {-1 <m1gt; -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
用法：
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
bowtie2-build用法
bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。
$ bowtie2-build <fasta文件> <要生存的索引文件前缀名>
必须参数：
-x脱产班是什么意思 <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻，然后
在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。
-1 <m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2
<m2>中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB
_2.fq".测序文件中的reads的长度可以不一样。worth的用法
驯服读音
-2 <m2>双末端测寻对应的文件2.
-U <r>非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。测序文件中的reads的
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长度可以不一样。
-S <hit>所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。
以下是可选参数：
输入参数
-q输入的文件为though的用法FASTQ格式文件，此项为默认值。
-qq输入的文件为QSEQ格式文件。
-f输入的文件为FASTA格式文件。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。
-r输入的文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，表示--
ignore-quals也被选择了。
-c后直接为比对的reads序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时，
表示—ignore-quals也被选择了。
-s/--skip <int>2020六级成绩身份证查询入口 input的reads中，跳过前<int>个reads或者pairs。
-u/--qupto <int>只比对前<int>个reads或者pairs（在跳过前<int>个reads或者
pairs后）。Default: no limit.
-5/--trim5 <int>剪掉5'端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0).
-3/--trim3 <int>剪掉3'端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0).
--phred33输入的碱基质量等于ASCII码值加上33.在最近的illumina pipiline中
得以运用。最低碱基质量是“#”。
--phred64输入的碱基质量等于ASCII码值加上64.最低碱基质量是“B”。
--solexa-qualshurricane sandy将ontopSolexa的碱基质量转换为Phred。在老的GA Pipeline版本中得以
运用。青色 英文Default: off.
--int-quals输入文件中的碱基质量为用“ ”分隔的数值，而不是ASCII码。比如40 40
。Default: off.
–end-to-end模式下的预设参数
--very-fast Same as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--fast Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--nsitive Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (default in --end-to-endmode)
--very-nsitive Same as: -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
–loca模式下的预设参数
--very-fast-local Same as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00
--fast-local Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75
--nsitive-local Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (default in --local mode)
--very-nsitive-local Same as: -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
比对参数：
-N <int>进行种子比对时允许的mismatch数.可以设为0或者1.Default: 0.
-L <int>设定种子的长度.
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