DNA定序
DNA测序(DNA quencing,或译DNA定序)是指分析特定DNA片段的碱基序列,也就是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤的(G)排列方式。RNA测序则通常将RNA提取后,反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。目前应用最广泛的是由Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法(Chain Termination Method)。新的测序方法,例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法。
Sanger测序法
Sanger(桑格)双脱氧链终止法是Sanger于1975年发明的。测序过程需要先做一个PCR反应。PCR过程中,双脱氧核糖核酸可能随机的被加入到正在合成中的DNA片段里。由于双脱氧核糖核酸多脱了一个氧原子,一旦它被加入到DNA链上,这个DNA链就不能继续增加长度。最终的结果是获得所有可能获得的、不同长度的DNA片段。目前最普遍最先进的方法,是将双脱氧核糖核酸进行不同荧光标记。将PCR反应获得的总DNA通过毛细管电泳分离,跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下发出荧光。由于ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP(4种双脱氧核糖核酸)荧光标记不同,计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A,T,
G,C中的哪一个。
454生物科学和焦磷酸测序法
454测序法由454生物科学发明,是一个类似焦磷酸测序法的新方法。2003年向GenBank提交了一个腺病毒全序列,使得他们的技术成为Sanger测序法后第一个被用来测生物基因组全序列的新方法。454使用类似于焦磷酸测序的方法,有着相当高的读取速度,大约为5小时可以测两千万碱基对。
已测序的生物指其基因组已经被完全测序的生物。其中部分生物的DNA序列已经被完全注释,功能性的片段(如基因等)已作图。
借助於基因组研究及高通量处理等技术,越来越多的生物的全部基因被人们获得。自从1995年以来已经有150muchmoremen个基因组被解密,将近每个星期有新的物种添加进来。
已测序的生物列表
下表是目前爲止已经被相当完全测序的生物。
古菌
∙ Aeropyrum perni' - Archaea aus japanischen Thermalquellen
∙ Archaeoglobus fulgidublastfurnace>广州卡耐基' - Schwefel-Archaea
∙ Halobacterium spec' - Archaea aus Salzen
∙ Methanobacterium thermoautotrophicu' - Methanproduzierender Archaea
∙ Methanococcoides burtoni' - k?ltetolerante und aerobe Archaea aus dem Ace Lake, Antarktis
∙ Methanococcus jannaschi' - Tiefearchaea an Black Smokern
∙ Methanococcus maripalud' - Archaea aus Salzen in Georgia
∙ Methanogenium frigidu' - k?ltetolerante und aerobe Archaea aus dem Ace Lake, Antarktis
∙ Methanopyrus kandler' - Tiefearchaea an Black Smokern
∙ Methanosarcina acetivoran' - Archaea aus ?lquellen, Kuhm?gen u. a.
∙ Methanosarcina maze' - Archaea mit der F?higkeit Acetat u. a. abzubauen
∙ [equitans' - Archaea an hei?en Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen
∙ Pyrobaculum aerophilu' - Archaea aus hei?en Quellen
∙ Pyrococcus abyss' - Tiefearchaea an Black Smokern
∙ Pyrococcus furiosu' - Tiefearchaea an Black Smokern
∙ Pyrococcus horikoshi' - Tiefearchaea an Black Smokern
∙ Pyrolobus fumari' - Tiefearchaea an Black Smokern
∙ Sulfolobus solfataricu' - Archaea aus hei?en Schwefelquellen
∙ Sulfolobus tokodai' - Archaea aus hei?en Schwefelquellen disappointing
∙ Thermoplasma acidophilu' - hr s?ureliebender Archaea, reinigt Bergwerkshalden u. a.
∙ Thermoplasma volcaniu' - w?rmeliebender Archaea
细菌
∙ [tumefaciens' - Pflanzenpathogenes Bakterium, tumorbildend
∙ Aquifex aeolicu' - Hyperthermophiles Meeresbakterium
∙ [anthracis' - Anthrax-Erreger
∙ [cereus' - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
∙ Bacillus haloduran' - Enzymproduzierendes Bakterium (Industriell genutzt)
∙ [subtilis' - Enzymproduzierendes Bakterium (Industriell genutzt)
∙ Bacteroides thetaiotaomicro' - Darmbakterium
∙ Bifidobacterium longu' - Darmbakterium
signal
∙ Blochmannia floridanu' - Bakterium in Symbio mit Ernteamein
∙ [bronchiptica' - Erreger chronischer Infektionen der Atemwege
∙ 2013上海高考英语[parapertussis' - Erreger von mildem Keuchhusten
∙ [pertussis' - Erreger von Keuchhusten
∙ Borrelia burgdorfer' - Borrelio-Erreger
∙ Bradyrhizobium japonicu' - Kn?llchenbakterium der Sojabohne
∙ [melitensis' - Erreger des Maltafiebers
∙ Brucella sui粗拙' - potentielle Biowaffe der USA, wirkt abtreibend
∙ Buchnera aphidicol' - Bakterium in Symbio mit Blattl?un
∙ Burkholderia malle' - Erreger des Rotzes bei Huftieren, auch humanpathogen (Einsatz als Biowaffe)
星期二英文∙ Burkholderia pudomalle' - Erreger der Melioido, vor allem in Südostasien
∙ [jejuni' - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
∙ Caulobacter crescentu' - Sü?wasrbakterium
∙ Chlamydia muridaru' - Atemwegsinfektionen bei Maus und Meerschweinchen
∙ Chlamydophila cavia' - Augenentzündungen bei Meerschweinchen
∙ Chlamydia trachomati' - Erreger der Harnr?hrenentzündung
∙ [pneumoniae' - Erreger einer Bronchitis
∙ Chlorobium tepidu' - Grünes Schwefelbakterium
∙ Chromobacterium violaceu' - humanpathogenes Bakterium (Diarrhoe und andere Erkrankungen)
∙ Clostridium acetobutylicu' - Aceton- und Butanol-produzierendes Bakterium
∙ [perfringens' - Erreger Diarrhoe etc.
∙ [tetani' - Tetanus-Erreger
∙ [diphtheriae' - Erreger der Diphtherie
∙ [jeikeium' - nosokomial pathogener Hautbewohner
by chance∙ Corynebacterium efficien' - Bakterium zur Produktion von Aminos?uren u. a.
∙ [burnetti' - Erreger des Q-Fieber
∙ Deinococcus radioduran' - extrem strahlungstolerantes Bakterium
∙ Desulfotalea psychrophil' - extrem k?ltetolerantes Bakterium des arktischen Eismeeres