看完这篇，荧光共定位分析就没问题了！
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⽼司机带你解锁荧光共定位分析
激光扫描共聚焦显微镜在⽣命医学研究中⼴泛应⽤，通过共聚焦显微镜获取的图⽚可进⾏共定位分析。⽣物学上荧光共定位（Colocalization）指两个或多个不同分⼦位于细胞中的同⼀结构，常⽤来研究两个荧光分⼦在组织或者细胞中的位置关系以及可能存在的相互作⽤。
欲望姐妹们
在荧光共定位分析前先给⼤家分享共定位分析的前期准备⼯作：
1. 图像获取
图像应以顺序扫描⽅式获取以消除荧光的交叉⼲扰和确保共定位的可靠定量，并以Tiff格式进⾏保存防⽌信息丢失。
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2. 背景校正
考虑多种因素，包括免疫荧光的强度和共聚焦⽤于获取图像的模式；为了获得定量结果具有可⽐性，同⼀研究中的所有图⽚应该保持⼀致。有报道称背景校正的图像可能会导致⾼达30%的共定位过⾼估计。
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ScatterJ插件下载与安装
ScatterJ是⼀款基于Java的免费、专业多图像处理ImageJ插件，该插件可⽤于各种不同的⼆维（2D）和三维（3D）图⽚分析。对于共聚焦图像分析⽽⾔，ScatterJ集成了许多强⼤和实⽤的辅助功能，可以简单快捷地实现共聚焦散点图绘制、相关性分析等。
下载解压后，将ScatterJ_.class⽂件移动到ImageJ安装⽬录的Plugins⽂件夹中，重启ImageJ即可在Plugins下拉菜单中找到ScatterJ。下图为ScatterJ的基本操作界⾯：
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荧光共定位分析
1. ⽂献中出现最多的共定位分析⽅法
下图是SCI⽂献中出现最多也是最基本的荧光共定位分析⽅法：
我们可以使⽤ImageJ的Plot Profile⼯具实现上述分析。
步骤：
（1）File -＞ Open打开需要分析的荧光图⽚
（2）对于RGB图⽚，可通过Image -＞ Color -＞ Split channels将各通道分开。如果在拍摄时涉及红绿蓝以外的通道，推荐将各通道分开保存。因为⽆论图像原本有多少通道，ImageJ也只能拆分出红绿蓝三通道。
（3）Image -＞ Stacks -＞ Images to stack，将多幅图像变成图像栈。图拼音
（4）选择⼯具栏中的直线⼯具（Line）或矩形⼯具（Rectangluar），选定图像栈中感兴趣的区域，Analyze＞Plot profile，弹出的图像中，横轴代表线上各像素点，纵轴为各点对应的灰度值；因此图像代表了灰度的变化趋势。点击live使结果图与图像栈中的图像相对应。对⽐各通道结果图可以⼤致了解共定位情况，根据需要可以将数据导出Excel重新绘图。
（5）通过Plot Profile分析的⼀个好处是可以直观地看到图像拍摄的曝光情况。当图像过曝时，灰度值的峰会超过最⼤值灰度值255，导致图像顶端变成平的。过曝会导致原本可能存在差异的灰度信息丢失。如果离最⼤灰度值较远说明曝光过浅，过浅也可能导致信息的丢失。
Plot Profile进⾏共定位分析的缺点是不能对共定位进⾏定量描述，因此需要进⾏进⼀步的定量分析。
2. 荧光共定位定量分析⽅法
写物作文500字（1）Colocalization Finder插件分析共定位
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步骤：
（1.1）打开待分析图⽚：
山衔落日浸寒漪（1.2）Image -＞ Color -＞ Split channels拆分荧光通道：
（1.3）Plugins -＞ Colocalization Finder分析红绿通道共定位情况：
得到共定位散点图，散点图越接对⾓线共定位程度越⾼：
