matlab圆检测_ImageJ实⽤技巧——径向荧光平均值检测（定
量分析篇）
径向荧光平均值。后来看参考⽂献摸索，总结了⼀个⽐较粗糙这篇是为了解决某位同学的问题所写的，起初我也不懂怎么⽤ImageJ来检测径向荧光平均值
的⽅法，分享给⼤家。
ROI Manager的⽤法。
顺便给⼤家介绍⼀下ROI Manager
问题是这样的：对于⼀个圆形的细胞群落（colony），对不同的细胞Marker进⾏染⾊之后，怎么做出荧光随着半径分布的荧光强度图，例问题是这样的
如下图[1]：
左图为不同Marker的Merge图，右图为荧光强度统计
不同蛋⽩的荧光强度，随着圆形细胞群落的半径的变化⽽变化。通过检测荧光随着半径的荧光分布，可以得到群可以看出，这张图中不同蛋⽩的荧光强度，随着圆形细胞群落的半径的变化⽽变化。通过检测荧光随着半径的荧光分布，可以得到群落⽣长分化阶段的不同信息。
参考⽂献中使⽤了⾃⼰写的Matlab程序，其实ImageJ也能做到。
⾸先，ImageJ本⾝有⾃带有Plot Profile⼯具（位置：Analyze-Plot Profile）
Plot Profile⼯具（位置：Analyze-Plot Profile），⽤直线⼯具画⼀条线段，就可以得出灰度值沿着直线的变化，如下图所⽰：
在左图画线后，打开Plot Profile可得右图
应该计算同⼼圆环所包含的平均荧光强度。所以就有了⼀下但Plot Profile只能分析直线上的荧光强度
只能分析直线上的荧光强度，⽽对于圆形的荧光照⽚来说，应该计算同⼼圆环所包含的平均荧光强度。
七一五
的⽅法：
1、图⽚转化为8-bit
2、确定⼤致的圆⼼位置以及半径（⿏标移动到图像上即可在红框中显⽰坐标，例⼦中细胞群落的半径为0.05cm）
3、以选好的圆⼼，画⼀定步长的圆（Edit-Selection-Specify）技术措施
在初始化界⾯中设置圆的位置和⼤⼩
这⾥为了⽅便演⽰，利⽤cm的坐标尺，最⼩的步长为0.01cm，所以圆⼼可能偏移了⼀些。真正操作的时候建议使⽤pixel为单位，更为精确。
如果再画⼀个圆会发现，之前的圆会被覆盖掉，这时候就需要⽤到ROI Manager了。
点击ok，如果再画⼀个圆会发现，之前的圆会被覆盖掉，这时候就需要⽤到ROI Manager了。
4、利⽤ROI Manager记录和重命名同⼼圆（Analyze-Tools-ROI Manager）
ROI(Region of Interest) Manager，其实就是⼀个选定区域的管理器。ImageJ的设定是：如果不保存框选区域，再次框选就会覆盖掉上⼀次的区域。
ROI Manager可以将选中的区域保存起来，随时调⽤。
官⽹对ROI Manager的介绍
打开ROI Manager会出现以下界⾯：
ROI Manager界⾯是这样的
电脑开关
点击ROI Manager中的Add，就会发现出现了⼀个坐标，这个坐标就是圆的位置信息。
画好⼀个圆之后，点击ROI Manager中的Add
圆的位置被记录下来
点击ROI Manager中的Rename就可以把这个区域重命名，避免弄混。分数求导数的公式
因为第⼀个圆的半径为0.01cm，所以我将这个区域命名为0.01。以此类推，以0.01为步长画同⼼圆。如下图所⽰，⼀共画了10个圆，最⼤半径可以把整个荧光区域囊括起来。
补充⾃动⽣成圆环的代码：
macro "make_oval_ring" {
//Create a Dialog
Dialog.addNumber("x_center:", 524);
Dialog.addNumber("y_center:", 502);
Dialog.addNumber("diameter:", 913);
Dialog.addNumber("step:", 30);
Dialog.show();
x_center = Number();
y_center = Number();
diameter = Number();
step = Number();
radius = diameter/2;夕阳西下打一地名
num_oval = floor(radius/step)+1;//Decide the Number of Oval
//Create Oval
for (i = 0; i < num_oval; i++)
{
diameter_num = 2*step*(i+1);
radius = diameter_num/2;
makeOval(x_center-radius, y_center-radius, diameter_num, diameter_num); roiManager("Add");
孙膑是哪国人
roiManager("Select", i);
roiManager("Rename", i+1);
}
//Create Ring
for (j = 1; j <num_oval-1; j++) {
roiManager("Select", newArray(j,j+1));
roiManager("XOR");
什么地跑步roiManager("Add");
ring_number = num_oval+j-1;
roiManager("Select",ring_number);
roiManager("Rename", "ring"+j);
}
}
ijm⽂件可以在GitHub上下载：
ImageJ-Tutorial
5、检测多个同⼼圆环的平均荧光强度
关于平均荧光强度的概念可以参考这篇教程：
Treasure琛：ImageJ实⽤技巧——平均荧光强度检测(定量分析篇)z
菊花的样子描写
其实就是检测同⼼圆环的Mean gray Value（提前在Set Measurements中勾选）。
我们现在已经画出10个同⼼圆，现在要做的就是构建同⼼圆环了。
具体⽅法如下：
（1）按住Shift选中相邻两个圆，点击More-XOR（相当于进⾏了布尔运算）
需要点击Add才能记录选区（切记），重命名为ring-1，以此类推。（2）可见圆环选区，这时候需要点击Add才能记录选区（切记），
