R语言ggplot2绘制箱线图
欢迎来到医科研，这里是白介素2的读书笔记，跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO数据挖掘。
差异基因与基因交集
if(T){r e q uir e(t id y v e r s e)A S_g e ne<-r e a d.t a b le("F:/B io inf o r_p r o je c t/B r e a s t/A S_r e s e a r c h/A S/r e s ult/B R C A_m a r ke r_c o x_s ing le_a ll.t x t",he a d e r=T,s e p="\t")A S_g e ne[1:5,1:5]f 清洗数据-进一步探索
if(T){r e q uir e(d p ly r)##提取已标准化的数据m R N A_e x p<-r e a d.c s v(f ile="F:/B io inf o r_p r o je c t/B r e a s t/A S_r e s e a r c h/A S/r e s ult/T N B C_m R N A_e x p_lo g.c s v",he a d e r=T,r o w.na m e s=前d p ly r::s e le c t(I D,g r o up,e v e r y t hing())g r o up=f a c t o r(c(r e p(1,115),r e p(0,113)))he a d(d a t a)#s a v e(d a t a,f ile="F:/B io inf o r_p r o je c t/B r e a s t/A S_r e s e a r c h/A S/r e s ult/hub g e ne.R
载入数据
数据清洗-gat he r-spre ad
lo a d(f ile="F:/B io inf o r_p r o je c t/B r e a s t/A S_r e s e a r c h/A S/r e s ult/hub g e ne.R d a t a")he a d(d a t a)###A t ib b le: 6x22##I D g r o up C C L14H B A1 C C L16T U B B3PA M50O s_调整清洗数据至想要的格式
r e q uir e(t id y v e r s e)r e q uir e(g g p lo t2)r e q uir e(g g s c i)##L o a d ing r e q uir e d p a c ka g e: g g s c im y d a t a<-d a t a%>% ##基因表达数据g a t he r,g a t he r的范围应调
整g a t he r(ke y="g e ne",v a lue="E x p r e s s io n",C C L14:T U B B3)%>% ##d p ly r::s e le c t(I D,g e ne,E x p r e s s io n,e v e r y t hing())he a d(m y d a t a)###A t ib b le: 6x20##I D g e ne 绘制简单箱线图
P<-m y d a t a%>% ##确定x,y g g p lo t(a e s(x=g e ne,y=E x p r e s s io n,f ill =g r o up))+g e o m_b o x p lo t(a lp ha=0.7)+s c a le_y_c o nt inuo us(na m e="E x p r e s s io n")+ ggsci调色
调用s c a l e_f i l l_l a n c e t，调色l a n c e t配色
p2<-P+s c a le_f ill_la nc e t()p2#g g s a v e(p2,f ile na m e="hub_g e ne_b o x p lo t.p d f",w id t h =5,he ig ht=5)
分面图形
f a c e t_w r a p()
P<-m y d a t a%>% ##确定x,y g g p lo t(a e s(x=g r o up,y=E x p r e s s io n,f ill =g r o up))+g e o m_b o x p lo t(a lp ha=0.7)+s c a le_y_c o nt inuo us(na m e="E x p r e s s io n")+
p3<-P+s c a le_f ill_la nc e t()+f a c e t_w r a p(~g e ne)p3#g g s a v e(p3,f ile na m e="hub_g e ne_b o x p lo t_f a c e t.p d f",w id t h =5,he ig ht=5)
加入其它变量并分面-PA M50
p<-m y d a t a%>% ##筛选数据，选定x,y f ilt e r(g r o up=="T N B C"&PA M50!="N A")%>% g g p lo t(a e s(x=PA M50,y=E x p r e s s io n,f ill =PA M50))+g e o m_b o x p lo t(a lp ha=0
f o r循环实现批量绘图
f o r循环：命名空对象l i s t配合d o.c a l l函数
f o r循环：命名空对象l i s t配合d o.c a l l函数
lib r a r y(g r id E x t r a)####A t t a c hing p a c ka g e: 'g r id E x t r a'##T he f o llo w ing o b je c t is
m a s ke d f r o m'p a c ka g e:d p ly r':####c o m b ine lib r a r y(g g p lo t2)p<-lis t()g e ne na m e<-hu
