bamtofastq将bam文件转成fastq文件

bamtofastq将bam⽂件转成fastq⽂件

⽬标

通常⽐对好的bam，如果需要重新⽐对，文明创建宣传标语 需要将⽂件转成原始的测数字媒体艺术 序⽂件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofast公司基本情况 q 能够将⽂件转合金是溶液吗 成fastq

1、软件的使⽤和说明

bedtools bamtofastq 德意志人 [OPTIONS] -i -fq

软件说明

2、实例

这⾥以常见的双端测序⽂件为例，通过的bam是按照染⾊体位置排序的，这⾥需要先通鲁讯简介 过samtools sort -n将bam⽂件改成安装reads名排序，

其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。

#sort

samtools sort -n -o

#cps提取高光 onvert

bedtools bamtofastq -i

-fq

-fq2

#gzip fq

gzip

gzip

参考⽂献

1. /en/latest/content/tools银鱼羹的做法 /