2021.04.09⼁使⽤featurecount进⾏定量处理
摘要
接到⼀个个性化分析，客户发了⼀个⽂档，明确了分析流程以及使⽤⼯具。其中定量环节要求使⽤featurecount⼯具。平时我都是使⽤htq-count进⾏定量，因此，在这⾥记录⼀下新⼯具的使⽤步骤和遇到的⼀些⼩问题。
软件版本
featureCounts(subread) v2.0.1女生说不合适
使⽤说明
安装featureCounts
电脑蓝屏代码大全该⼯具属于Subread软件中的定量⼯具，另外subread还可以进⾏⽐对和寻找SNP位点，在这⾥就不详述了。我们要做的就是安装Subread
conda install subread
阅读分享会ppt
安装成功后即可使⽤featureCounts命令进⾏定量，关于featurecount⼯具的参数说明，这⾥推荐⼀⽂，讲得⾮常详细了。我这⾥主要说两个重点参数。
-t：指定feature的类型，默认是exon，当然熟悉gtf格式的⼩伙伴知道⼀般还有gene、CDS或者直接以feature命名的分类⽅式。
-f：该参数设置后统计的是feature层⾯（默认就是exon）的参数，如果不设置则是直接统计meta-feature参数（及⼀个gene中的多个exon）
为了让⼤家理解更透彻，我做了三种统计⽅式（由于参考基因组和注释⽂件不是⼀个版本，因此count都是0，⼤家可以忽略不计）
第⼀种：-t exon -f
这种设置将⼀个基因的每个exon单独列出
第⼆种：-t exon
共同抗疫
此时仍然按exon分类进⾏统计，但是由于没有设置-f，在同⼀个gene内的exon会被统计成⼀个meta-feature，但是每个exon仍然会被显⽰出来，遇到⼀个gene有多个exon的时候看着就很乱（这⾥选择的5个以内exon的gene进⾏截图）
我在使⽤htq-count时，根据默认算法，会将exon直接合并到gene中进⾏统计。前两种统计格式其实不太⽅便我们进⾏后续的差异分析。因此，我直接将-t参数修改了
第三种：-t gene -f
这样就看着⽅便多了。
批量处理使⽤代码（单端测序）家风家训是什么
for i in `ls *.bam`
反应反映do衣服英语
i=${i%.bam}
featureCounts -T 16 -f -t gene -g gene_id -a ../path/f -o ${i}.count ${i}.bam
done
望野总结
第⼀次使⽤这个⼯具，肯定还是有很多参数需要摸索的，根据不同的项⽬，参数也要进⾏适当的调整。之后会和htq-count打得算法再做⼀个对⽐。
