基因组重复序列检测:RepeatMasker的安装及使用

更新时间:2023-07-31 19:24:04 阅读: 评论:0

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厨房油烟处理如果提⽰有perl模块未配置好,通过cpan命令安装相应的perl模块即可。
马马虎虎如果反复提⽰以下关于“Text::Soundex module”模块的错误(即便你这个perl模块确实安装好了),建议将perl环境更改为/usr/bin下的perl(对,不建议使⽤conda中的perl),并sudo cpan重新安装该模块后,再重新安装RepeatMasker(安装时指定系统/usr/bin下的perl),就解决了。
4、数据库⽂件(Repba)
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Repba,是遗传信息研究所发布的重复DNA数据库,收录了⾮常多的物种基因组的重复序列信息。
在这⾥,我们将通过它对⾃⼰的物种基因组的重复序列进⾏检测。
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当然如果你懒得注册等待,随便在⽹上⼀搜,现成的Repba资源也有很多可直接下载,基本上都是个⼈分享的。缺点就是这些资源的时间可能⽐较久远,版本较⽼数据库不如现在的版本全是肯定的。
在RepeatMasker安装完毕后,将Repba库解压放置到RepeatMasker安装路径下的“Libraries”中就可以了。
RepeatMasker使⽤:
接下来,我们使⽤某真菌基因组(真核⽣物,且基因组⼩,⽅便演⽰),测试RepeatMasker使⽤。
基因组获取⾃NCBI,Asmbly:GCA_900382705.2,物种Fusarium tricinctum。
⾸先确定数据库中是否收录了⽬标物种
做幸福女人(⼀)Repba配置好后,直接通过安装⽬录中的“RepeatMasker/util/queryRepeatDataba.pl”,即可查看当前库中已存在的物种。
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标签:安装   基因组   数据库   资源   模块   序列   物种   环境
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