示例:利用HPA数据库搜索血液中不同免疫细胞PD1表达情况

更新时间:2023-07-30 14:20:03 阅读: 评论:0

⽰例:利⽤HPA数据库搜索⾎液中不同免疫细胞PD1表达情况
PD-1(程序性死亡分⼦1),有PDCD1基因编码,是⼀种重要的免疫抑制分⼦。之前我们对HPA数据库进⾏的简介,这⾥我们将利⽤HPA数据库⽰例,搜索⾎液中不同免疫细胞PD1基因表达情况。小学班级公约
梦见亲吻异性楚穆王进⼊HPA数据库,搜索检索词:PDCD1,在结果检索界⾯选择“Blood”。在该界⾯上,我们可以看到PDCD1的⼀般信息,以及⼈类蛋⽩表达图谱信息。我们发现PDCD1预测的部分主要为细胞内和细胞膜,在蛋⽩谱⾥可以看到该基因在哪个细胞系上富集。
继续下拉,我们可以看到在三个数据库中相关信息,分别是Conns datat,Monaco scaled datat和Schmiedel datat。我们可以看到Conns datat中描述了PDCD1在19种细胞中表达情况,Monaco scaled datat分类更细致,有30种,其中免疫细胞分了更过的亚群,最后在Schmiedel datat中,只描述了在⾎液免疫细胞中表达情况。
Conns datat:PDCD1主要在T细胞上表达,表达最⾼的是记忆CD8T细胞,其次记忆CD4T细胞,在GdT ,调节T,MAIT T也有⼀定程度表达,在Naive CD4和Navie CD8 表达很低,其余细胞⼏乎不表达。
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开心笑话大全爆笑Monaco scaled datat:同样显⽰PDCD1主要集中在T细胞上,其中Effector记忆CD8T表达最⾼,具体我们可以通过点击Expression去看表达顺序。
Schmiedel datat:显⽰PDCD1在T细胞表达⽐较⾼,但是区别前⾯两个数据库结果,这⾥表达最⾼的是记忆CD4T,因为我们发现细胞类别中没有记忆CD8T,因此我们了解到不同数据库选择细胞类型是有区分,我们根据我们具体需求选择相应数据。
另外我们可以通过图谱右上侧的Lineage,Expression和Alphabetical选择排序⽅式。
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婴儿体温计今天⽰例就简单介绍这⾥了,下次再见。
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