TCGA数据挖掘⼊门---什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？
1. 什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？车水马龙
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TCGA的全称是The Cancer Genome Atlas, 这个项⽬始于2005年，它旨在使⽤基因测序和⽣物信息学编⽬与癌症有关的基因突变。TCGA通过利⽤⾼通量基因组分析技术，来帮助我们更好地理解癌症的遗传学基础，从⽽提升我们对于癌症的诊断能⼒和对癌症的治疗、预防。
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TCGA受美国癌症研究所(National Cancer Institute)下的癌症基因组中⼼和美国⼈类基因组研究所监管。
TCGA包括主要进⾏测序的基因组表征中⼼(genome characterization centers, GCCs)和负责测序数据分析的基因组数据分析中⼼(genome data analysis centers, GDACs)，到⽬前为⽌TCGA共有39种癌症的相关测序数据，涉及29种癌症器官，1万多个肿瘤样本，27万多份⽂件。
2. 那么可以从TCGA中下载到哪些类型的数据呢？
TCGA的数据类型主要有以下⼏种：
(1) Clinical: 包括病⼈的⼀般情况、诊治情况、TNM分期、肿瘤病理、⽣存情况等。
(2) mRNA表达数据: 通过mRNA芯⽚或者RNAq测得的mRNA表达量
(3)microRNA: microRNA芯⽚或者microRNA-Seq测得的microRNA表达量
(4) Copy number variation: SNP芯⽚得到的肿瘤组织⽐对正常组织的染⾊体上各⽚段的⽐值
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(5) Mutation: 肿瘤组织测序结果相对参考基因组的核苷酸突变，包括插⼊和缺失等变化
(6) Protein: 蛋⽩芯⽚测序得到的约200种常见癌症相关蛋⽩的表达量
(7) Mythelation: 甲基化芯⽚测得的DNA甲基化数据，主要为27和450两种芯⽚的数据
其中mRNA-Seq，miRNA-Seq以及Methylation Array被⼴泛使⽤。
3.mRNA-Seq数据分为3种：
而知之作文HTSeq-Counts；HTSeq-FPKM；HTSeq-FPKM-UQ。
4.TCGA数据等级：
level1：原始数据
睡不着发朋友圈配图level2：处理过的数据
level3：经过分割、解释的数据
level4：感兴趣的区域或概要
总⽽⾔之，前⾯2个层级的数据⼀般是拿不到的，需要权限，⼀般也只有国外的PI才能申请到（听说的），我们⼀般拿到的open数据就属于那种已经标准化后的数据。
5.TCGA样本分类：
除了要知道数据等级外，我们还需要了解TCGA的样本分类，⽐如哪个是正常样本，哪个是肿瘤样本
⼀般我们可以看到样品名称如：TCGA-19-2619-10A，我们需要关注的是最后⼀位10A，⼀般来说01代表癌症样本，11代表癌旁样本。其实从01-09是tumor，癌症样本；10-29是normal，癌旁样本。只是其中分的⽐较细。具体可参考官⽹
参考⽂章
如何下载TCGA数据/TCGA数据下载⼩教程铁离子符号
