NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦
注:在本文中的叙述中,所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介
PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, National Institues of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, National Center for Biotechnology Information)提供,可通过NCBI网站的Entrez检索系统(Entrez retrieval system)进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上
资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。其文献内容的提供方式,由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。如果该出版商有网站,则NCBI会提供相应的网络出口。MEDLINE及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括
基于互联网WWW的MEDLINE及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
提供MEDLINE、PreMEDLINE与其他相关数据库接入服务,如NCBI的其它数据库DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线,及NCBI外的其它数据库。
提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据等等。
PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆(U.S.National Library of Medicine)最重要的书目文摘数据库,内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽
医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊,现有书目文摘条目1000万余条,时间起自1966年。
随着国内互联网的普及,网络已逐步地成为一名医务工作者获取多种信息的有效渠道。网络已成为医学研究者追踪国际研究进展,了解世界先进水平的一个重要手段。
传统的医学文献检索(MEDLINE)尽管在本地局域网提供的情况下,具有高速的特点。但与互联网所提供的免费MEDLINE检索无法相比。
网上免费MEDLINE检索的主要优势包括:
更新速度快,能最快地了解世界各地的研究进展。
PubMed与MEDLINE的异同
MEDLINE是NLM最重要的索引期刊引文数据库和摘要(indexed journal citations),内容涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学,其内容已覆盖了美国及其它70多个国家和地区的4,500余种期刊。MEDLINE所提供的引文索引内容是世界范围内
的,但其中大部分为英语语种期刊,或者是有英文摘要的期刊。MEDLINE检索内容可起始于1966年,引文条目已超过一千万条,但MEDLINE所提供的在线检索内容只起始于1976年,而早于60年代中期(1966)的引文条目,则可在NLM所提供的OLDMEDLINE服务在线检索。所有在MEDLINE数据库中的文献均已加上了主题词和发表类型。MEDLINE数据库内容是NLM PubMed的最主要检索内容。
PubMed除了MEDLINE数据库的内容外,还包括:
与MEDLINE生命科学有关的其它研究领域(如天文技术)的文献资料
在期刊内容还未列入MEDLINE之前的文献资料
一些递交了全文到PubMed中心(PubMedCentral),并经NLM评述了的其它生命科学期刊文献资料
由上可见,通过PubMed检索的医学文献资料比单纯地检索MEDLINE所获得的信息内容更多,更广泛,可检索到与生命科学有关的其它学科(如天文技术)在生命科学的应用。当然,如果检索者需要特定地检索MEDLINE数据库内容,可在检索页面点击“Limit”并从“Sub
ts”中选择MEDLINE,可达到对MEDLINE数据库的专一限制性检索。关于PubMed与MEDLINE的具体异同,读者也可参阅NLM提供的在线资料(见后附录)。
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据,可为用户提供基本的文献条目和文摘,其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。
自动术语匹配
自动术语匹配(automatic term mapping)是指PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校地,将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则,依次为主题词表(MeSH (Medical Subject Headings) Translation Table),期刊表(Journals Translation Table),短词表(pra List),作者索引(Author Index)。
2.期刊匹配表(Journal Translation Table)
该表包含了期刊的全名(Full name of journals),MEDLINE期刊缩写(MEDLINE abbreviations),以及期刊的ISSN号(ISSN numbers for journals)。作用在于将检索框中的检索词自动地与期刊名称匹配,如检索<new england journal of medicine>,PubMed
三年级学生评语会自动地将其翻译为<"N Engl J Med"[Journal]>。
3.短词表(Phra 孩子打父母List)
短词表源自MeSH,UMLS和Supplementary Concept Substance Names,如<cold compresss>。
4.作者索引(Author Index)
如果以上均未找到匹配项,且在检索词后还有一个或两个字母,PubMed将会自动地进行作者名称匹配。
都不行?
PubMed将短语打散后,再进行匹配,直到有匹配项为止。若还找不到,则将单个术语用<AND>进行组合,在所有检索标签中查找<[All Fields]>
自由词检索特点
自由词检索即指在对检索词无任何(检索标签)修饰的情况下进行文献检索,如欲检索“小儿哮喘药物治疗”,只需在PubMed提供的检索框中输入<drug therapy asthma children>即可,PubMed会自动地根据“术语自动匹配”(automatic term mapping)原则智能化地在可能有关联的检索词之间匹配一个布尔什操作符号(Boolean operators)AND。
word文档合并最常用的检索条目
最常用的检索条目包括作者
作者
治疗肺结核的药物
检索格式:<"姓(last name, 全称),名(initials,单字母缩写)"[au]>。
如检索“smith ja”或“jones k”。以此格式进行名字的检索,PubMed会自动地将其识别为作者名(author field)检索。如果只输入“名(last name)”
1)将作者姓名用双引号,并加上检索标签(arch tag)<[au]>
动物头饰图片大全读懂PubMed网页内容
在检索文献时,如果检索者比较细心的话,会发现每一个检索条目中,在PMID后,会标记下述三个标签之一。这三个标签是什么意思呢?且看下面的详细解释。
[PubMed - indexed for MEDLINE]:已经加入的MeSH,发表类型,GenBank索取号及其它可索引数据资料的文献
[PubMed - in process]:已递交到PubMed数据库,但尚未加入MeSH等索引数据资料的文献
[PubMed - as supplied by publisher]:特指由出版商提供的,未加入MEDLINE数据库的文献
从上面,又可再次的窥探PubMed与MEDLINE的异同,以及为何检索PubMed时,会比仅检索MEDLINE的文献条目要多!
日期及日期范围限定
格式:<YYYY/MM/DD hh:mm [data field]>(即:年/月/日 小时:分钟,且年、月、日、小
时、分钟的数字位数必须写足其标准格式,即分别为4、2、2、2、2位数,当不足两位数时,补上数字零,如<2002/01/19 22:01 [dp]>。上述格式中,除“年”外,其它均是可选项,如<1997/10/06 [edat]>、躬身自省<1998/03/15 [dp]>、<1997 [edat]>、<1997/03 [dp]>滕王阁序经典名句等。
日期范围限定检索格式:<YYYY/MM/DD hh:mm : YYYY/MM/DD hh:mm [data field]>,即两个日期之间用冒号隔开,且两个时间段之间可精确到分钟,冒号与两个具体日期之间是否有空格并不影响检索结果。数字位数规则与前相同。如<1993 : 1995 [edat]>、<1997/01 : 1997/06 [dp]>、<1997/01/01 12:00 : 1998 [mhda]>等。
Limiting by Date(日期限定)使用Entrez下拉式菜单,可以把你的搜索范围设定在30天到10年,出版日期下拉菜单有Publication Date 与Entrez Date两项,以确定使用那种日期记法来设定搜索范围。使用From、To框输入一个时间段;以YYYY/MM/DD的格式输入日期(月和日可不填)
常用的检索标签
AB (Abstact):文献摘要
AD (Affiliation):第一作者的研究单位与地址,及资助号
AU (Author):作者
CY (Contry):期刊发表的国家