⼀⽂献⼀技术路线：再来“免疫浸润”
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今天要和⼤家分享的是今年发表在Oncology reports期刊详情关于免疫微环境与肿瘤预后的⽂章Tumor‑infiltrating M2 macrophages driven by specific genomic alterationsare associated with prognosis in bladder cance.
这篇⽂章主要研究肿瘤免疫微环境对膀胱癌的影响机制，作者应⽤⽣物信息学⽅法分析免疫浸润情况，发现M2巨噬细胞浸润⽔平与膀胱癌的组织学分级、病理分期、⽣存期等有关。推断膀胱癌特异性基因组改变，如基因突变和拷贝数改变，可能是M2巨噬细胞浸润的重要驱动因素。
让我们来看下⽂章都⽤到了哪些数据：
1)来⾃TCGA的膀胱癌样本的基因表达数据
2)来⾃TCGA,GEA，以及EBIArrayExpress的临床数据
3)来⾃TCGA的突变以及拷贝数数据
接下来给⼤家展⽰下⽂章⽤到的主要⽅法
1.基于ssGSEA评分的免疫浸润分析
2.基于CIBERSORT⽅法的免疫浸润分析
3.RNA-q分析
4.免疫组化分析
热门行业5.⽣存分析
长话短说，让我们来看下⽂章的主要内容和结果吧
1. 免疫景观与膀胱癌组织病理学特征相关唱古诗
图1
图2
为了探索免疫细胞对于膀胱癌的影响，作者在TCGA数据集中对低、⾼组织学分级膀胱癌样本中⼤多数类型免疫细胞的标记基因进⾏了评估。如图1A所⽰，结果表明，B细胞、巨噬细胞和M2巨噬细胞在⾼级别膀胱癌中富集。接下来使⽤ssGSEA⽅法，可以看出如图1B所⽰多种免疫细胞富集在⾼级别的膀胱癌中。利⽤CIBERSORT对TCGA数据集中不同级别膀胱癌样本中免疫细胞亚群的相对⽐例进⾏统计估计。在图1C中可以看出M2巨噬细胞在22个肿瘤浸润免疫细胞亚群中所占⽐例最⼤，揭⽰它们可能在膀胱癌的进展中起关键作⽤。⽽图1D表⽰使⽤GSE32894数据集进⾏验证。图2A-C探讨膀胱癌不同病理阶段的免疫细胞浸润情况。进⼀步，验证数据集数据分析证实，巨噬细胞和M2巨噬细胞浸润⽔平
C探讨膀胱癌不同病理阶段的免疫细胞浸润情况。进⼀步，验证数据集数据分析证实，巨噬细胞和M2巨噬细胞浸润⽔平与膀胱癌病理分期呈正相关（图2D,E）。
2. M2巨噬细胞浸润与膀胱癌预后的关系
图3
刘小蕙在这⼀部分作者使⽤⽣存分析以及ssGSEA进⼀步探索M2巨噬细胞对膀胱癌的影响。图3A揭⽰在TCGA数据中M2巨噬细胞浸润⾼的预后更差，⽽总体巨噬细胞浸润对⽣存影响不显著。图3B,C揭⽰了在两个验证集中验证这⼀结果。
3. 膀胱癌中巨噬细胞和M2巨噬细胞浸润验证
图4
成职表1
为了研究华东地区膀胱癌患者肿瘤组织中巨噬细胞和M2巨噬细胞的浸润情况，作者计算了10例新收集的膀胱癌样本的肿瘤浸润得分，如图4A所⽰，⾼级别的膀胱癌有更⾼的肿瘤浸润⽔平。接下来使⽤免疫组化分析这10例样本中巨噬细胞以及M2巨噬细胞的浸润情况（图4B）。图4C对免疫组化得分与ssGSEA得分进⾏了分析，发现在相同样本中具有⼀致性。IHC进⼀步分析48个肿瘤组织中巨噬细胞和M2巨噬细胞的浸润情况发现，巨噬细胞和M2巨噬细胞与膀胱癌的分级和侵袭性/分期有关，⽽与年龄和性别⽆关(表I)。
4. M2巨噬细胞浸润在MIBC中因分⼦亚型⽽异白化鲸鲨
图5
不准吸烟在这⼀部分作者进⼀步当研究是否M2巨噬细胞浸润与MIBC的转录分⼦亚型有关，图5A中，TCGA数据库的RNA‑q数据与ssGSEA评分的相关性分析显⽰，巨噬细胞和M2巨噬细胞之间的浸润程度在不同MIBC亚型存在显著差异。此外，在验证数据集E - MTAB - 1803的基底样亚型中，巨噬细胞和M2巨
噬细胞浸润显著增⾼(图5B)。图5C展⽰了在GEO验证数据的情况。
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5. M2巨噬细胞浸润与膀胱癌的特异性突变有关
图6
巨噬细胞的浸润，尤其是M2巨噬细胞的浸润与膀胱癌的恶性进展和MIBC的分⼦亚型相关，这揭⽰特异性的内在基因组学可能影响M2巨噬细胞的浸润。因此，探究M2巨噬细胞浸润⽔平在不同基因突变类型间的差异。利⽤TCGA数据集使⽤ssGSEA算法对⼤量突变基因进⾏分析，发现多个突变基因间M2巨噬细胞浸润⽔平存在差异，结果如图6A所⽰。⽽图6B,C则揭⽰了验证集中的情况。
6. M2巨噬细胞浸润与膀胱癌特异性拷贝数变化相关
图7
作者在这⼀部分进⼀步探讨M2巨噬细胞浸润在不同膀胱癌特异性拷贝数变化中是否存在差异，结果表明，M2巨噬细胞浸润受拷贝数特异性扩增类型的影响。图7给出了TCGA数据集中ssGSEA算法的结果。
7. M2巨噬细胞浸润与膀胱癌中差异表达的miRNA有关
图8
作者在最后⼀部分研究了M2巨噬细胞的浸润与miRNA的关系，在所有突变基因中均未发现特异性miRNA⼀致表达差异。由于先前报道PIK3CA突变与巨噬细胞浸润有关，作者选择了野⽣型和突变型PIK3CA之间表达差异(P<0.1)的mirna。依次分析这些mirna在其余突变基因中的差异表达，最终识别出七个miRNA如图8所⽰。
这篇⽂章的主要内容就介绍到这⾥，总结⼀下，作者从多个⾓度研究了膀胱癌中巨噬细胞浸润，特别是M2巨噬细胞，联系了肿瘤微环境与基因组改变，研究的⾓度⽅法值得借鉴，感兴趣的⼩伙伴可以仔细研读。
⽣信解读掠影：
事业顺利
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师兄嘱托：
浙江⼤学硕博创建科研组织
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