简单无序及SQUEEZE操作步骤
苹果手机格式化本教程采用的精修平台为Olex2 [1]。由于版权问题,本教程中结构只展示无序部分结构。
如上图所示,各向异性精修后,C5和C6的椭球图明显呈现拉长的状态,并且程序也给出了C5和C6需要做劈裂的建议。增加Q峰,从C5和C6周围寻找合适的Q峰,并固定为C原子,作为劈裂部分。
通常劈裂的原子在没有归入PART之前会程序交叉连接情况,如上右图红色方框所示,当然,这并不绝对。将该两个Q峰分别命名为C5A和C6A(读者也可以采用其他命名方法,比如C5’和C6’)。申请qq
在界面右侧菜单栏Tools下有个Disorder,将其展开,如下图红色方框所示:
选中C5和C6,并将其归为PART 1,如下图所示,先在红色方框1处设置PART部分,然后点击红色方框2的“Assign lection to Part”:
依照上述方法将C5A和C6A归入PART 2:
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C5、C6和C5A、C6A分别归入PART 1和PART 2之后,其交叉相连的键即消失:
选中C5、C6和C5A、C6A,点击如下右图红色箭头所示的按钮:
即可打开被选中原子的原子列表ins文件编辑框:
在FV AR第一个自由变量(全局变量)后面输入无序部分要绑定的自由变量初始值0.50(也可以设为0.60,精修后程序会自动分配比例系数),将PART 1中的原子的占有率改为21,PART 2中的原子的占有率改为-21:
必要的情况下,还可以输入限制命令:
SADI C4 C5 C4 C5A(使C4和C5之间的距离(键长)与使C4A和C5A之间的距离(键长)相等,下同) SADI
梁启超后人C5 C6 C5A C6A
SADI C7 C6 C7 C6A
万达奴SADI C22 C6 C22 C6A
上述命令也可以用如下命令代替:
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青春舞曲舞蹈DFIX 1.54 0.02C4 C5 C4 C5A C5 C6 C5A C6A C7 C6 C7 C6A C22 C6 C22 C6A
上述命令是使DFIX后每一对原子之间的键长趋近于碳碳单键的理想键长1.54Å,0.02是标准偏差,一行命令的字符数不要超过80字符。
祝福教案Olex2中Part 2后通常没有Part 0作为结束语,在这里可以补上,也可以不用管,Olex2可以自动识别。加氢精修至收敛后,无序处理后的各个原子的椭球比较正常了。
此时的checkcif报告显示结构中包含了溶剂:
当溶剂无序比较厉害而导致难以找出时,可以使用PLATON [2]中的SQUEEZE [3]程序将其去掉。点击如下图红色箭头所指的按钮打开platon:
在打开的PLATON点击“VOIDS FLIP”列的第一个选项“Calc Solv”: