stata基于cox回归制作临床决策曲线

更新时间:2023-07-09 18:05:13 阅读: 评论:0

stata基于cox回归制作临床决策曲线
DCA(Decision Curve Analysis)临床决策曲线是⼀种⽤于评价诊断模型诊断准确性的⽅法。上⼀节中我们介绍了使⽤dca包来进⾏logistic 回归的临床决策曲线,有不少朋友发信息说不会制作cox回归制作临床决策曲线,今天我们继续来介绍怎么使⽤stdca包是⽤来制作cox回归临床决策曲线,⾸先要安装stdca包,可以看我上⼀篇⽂章怎么安装。
继续使⽤我们的乳腺癌数据,既往我们已经使⽤R语⾔ggDCA包来制作cox回归临床决策曲线,等会我们使⽤stata制作会进⾏⽐较⼀下
先把乳腺癌数据导⼊
我们先来看看数据:
会议主持age表⽰年龄,pathsize表⽰病理肿瘤⼤⼩(厘⽶),lnpos表⽰腋窝淋巴结阳性,histgrad表⽰病理组织学等级,er表⽰雌激素受体状态,pr表⽰孕激素受体状态,status结局事件是否死亡,pathscat表⽰病理肿瘤⼤⼩类别(分组变量),ln_yesno表⽰是否有淋巴结肿⼤,time是⽣存时间,后⾯的agec是我们⾃⼰设定的,不⽤管它。
及成语这⾥我就不分建模和验证数据集了,简单点直接建模了。⾸先要设置结局变量和时间变量,可以菜单
和命令,我这⾥就直接上命令了,想看菜单的可以看我既往的⽂章构建模型,可以构建多个模型⽐较,我这⾥做个⽰范只建⼀个,basurv的意思是⽣成⼀个名字叫做surv_func的基线预测概率
接下来⽣成模型的预测概率pr1,xb是线性概率的意思stt time, failure (status )
i.histgrad i.pr age i.ln_yesno , basurv (surv_func )1predict pr1, xb
借给英语
1
假设我们想获得60个⽉的⽣存概率, _t这个指标是stata⾃⼰⽣成的,_t-t0就是⽣存时间,_t在这⾥其实就是指标time,sum是对surv_func这个指标进⾏⼀个累加及统计描述的意思
定义最低⽣存概率,local的意思是定义⼀个变量,但这个变量并不出现在数据⾥,这⾥我们是⽤local定义gmin等于r(min),如上图我们可知,r(min)=0.9274733,因此gmin为0.9274733。
对概率进⾏转换,这⾥注意⼀下,调佣出local定义的数据需要` gmin '这个符号,感觉很怪异,我们需要的是⽣存率,所以这⾥需要1-死亡率得出⽣存率
三角草⽣成图,这⾥图还可以做很多调整,有兴趣的可以⾃⼰摸索⼀下,timepoint是指你想看哪个时间点的决策曲线,我们想看5年的就选60个⽉sum  surv_func if  _t <= 60
河畔拼音
1local  gmin = r (min )
1g pr_failure60= 1 - ` gmin '^exp (pr1)你冷若冰霜
金秋板材1stdca pr_failure60, timepoint (60) xstop (0.5) smooth
湖南卫视变形记
1
同理可做出3年,10年的决策曲线,其实就是下⾯的代码换换数字3年
10年sum  surv_func if  _t <=36local  gmin = r (min )g pr_failure36= 1 - `gmin'^exp ( pr1 )stdca pr_failure36 , timepoint (36)  xstop (0.5) smooth
1
2
3
4
5sum  surv_func if  _t <=120local  gmin = r (min )g pr_failure120= 1 - `gmin'^exp ( pr1 )stdca pr_failure120 , timepoint (120)  xstop (0.5) smooth
1
2
3
4
5
在R和SAS中使⽤了loess平滑曲线,因此作图可能稍微和stata不同。Stata制作COX临床决策曲线⽐R复杂⼀点,但是给不会使⽤R的同学多了⼀种选择。

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标签:变量   曲线   数据   制作   概率   决策   临床   结局
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