check-cif常见错误解决

更新时间:2023-07-09 06:11:32 阅读: 评论:0

Check cif
1 吸收校正问题
Info on Absorption Correction Method Missing ...          ?
解决:将cif文件中的_exptl_absorpt_correction_type    ?问号改为multi-scan(一般是改为这个)
同时,将cif文件中的_exptl_absorpt_process_details    ?问号改为 SADABS
水利工程论文只改第一项,会出现这样的错误提示:
An _exptl_absorpt_correction_type has been given without    a literature citation. This should be contained in the  exptl_absorpt_process_details field.  Absorption correction given as multi-scan
2 空间群问题
No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........          ?
解决:在ins或是res中找,titl一栏就是  空间群名称,一般没有做过空间群的转换,这里就是了。最保险的方法是在生成的check cif页面上就有,例如
梦见自己离婚
Space group
C 2/m
这个绝对不会搞错
3 No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed   
报告中显示对H原子的修正方法是混合模式但没有列出H原子相关的偏差。 
解决:将mixed改为constr
如果H只是通过Hadd加到C上,而没有H加到游离的氧原子上,则
Refine-ls-hydrogen-treatment    constr(而不是填写mixed)
4
Ratio of Maximum / Minimum Residual Density ....      2.72
正负残留峰的双值应该接近1,出现这样的错误表明精修不到位,可能还有残余峰。
 
糖醋鸡5  ADDSYM Detects (Pudo) Centre of Symmetry ....  95 PerFi
解决:有95个伪对称,可能是空间群错了,解析完用palton升一下空间群应该就可以了。(出现上述错误时是由于电脑自动默认的非心空间群,此时CFOM=0.026,现在我人为改为有心空间群,CFOM=0.15)
6 Low Bond Precision on C-C Bonds (x 1000) Ang ...
    Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............
解决:
1在ins中加入  damp  5000  (500~8000之间的数,具体可尝试,ZGM-h用5000,该问题解决,但同时出现问题11)
2在ins中加入shel  999 0.83  (没试过)
3删除一些坏点(该方法有待验证)
Large Non-Solvent  N  Ueq(max)/Ueq(min) ...孩子学习成绩差  3.76 Ratio 
解决:N原子无序,可能指认原子错误,也有可能需要进一步精修无序
8
9
PLAT053_ALERT_1_B Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT054_ALERT_1_B Medium  Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
PLAT055_ALERT_1_B Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ...          ?
解决:这是涉及晶体的(长、宽、高)尺寸,在晶体信息文件里面有的,或者在pcf文件中有.如果没有,可以根据目测填写就行.
(老师建议的范围是0.0X(最小0.02,即薄片状)——0.2X,大块状0.X也可)
数据的大小不影响任何计算结果及cif文件的检查。但对于懂晶体的,下载你的cif文件的人来说,数据要合理,比如,立方体,三边应尽量相等;片状,则应有一边很长,此外还要注意菱形,三角锥形都应该什么数据合理等等)
直接在ins文件中的PLAN20下输入  size xx xx xx,保存并XL一次,则在cif 文件中就会出现。
10
_diffrn_measured_fraction_theta_full Low    0.93
解决:采集数据的完成度偏低,通常要在0.97以上。最好是重新收集数据。
在生成的cif文件中可以找到如下内容:
          _diffrn_reflns_theta_min          2.00
_diffrn_reflns_theta_max      30.99(收集的最低角度与最高角度)
_diffrn_measured_fraction_theta_max    0.870(数据的完成度)
可以通过忽略衍射点方法提高数据的完成度。具体做法是:
ins文件中输入  omit  -1(或-2-3,代表波动范围) 6058,56···例60,代表忽略undefinedundefined30度的所有衍射点)
具体数值或具体组合可以通过xl之后根据goof等值的变化,及新生成的cif中数据完成度值的变化进行调整及最后确定。
经验证,该方法还比较有效。
忽略完点以后,goof值会升高,这时应再次修改权重,以降低goof值。
另一种使用omit的情况(经验证,不改变角度及数据完成度,goof值虽有所下降,但R1wR2值上升)
lst文件中,每次精修一轮都会生成50个坏点。如
Most Disagreeable Reflections (* if suppresd or ud for Rfree)
H  k  l    Fo^2        Fc^2  Delta(F^2)/esd  Fc/Fc(max)  Resolution(A)
0  -6  1        -1.82        412.48      6.44      0.224      1.27
0  2  -6        -2.01        337.77      6.43      0.202      1.37
0  5  -2        -1.61        584.10      6.43      0.266      1.38
抗疫   
将这些数据拷到word中处理成只剩下h,k,l对应的数据(将所有空格处用逗号替换,插入表格-----将文字转换成表格,将生成的表格删除相应的列即可,拷到ins中,表格自动消失)在ins中输入
omit  0  -6  1
omit  0  2  -6
``````    (omit后一定要有数字,第二行的数字一定与上行数字对齐)
保存insxl之后,数值也会变得好一点,但出现了上面说的问题。
推荐书目
即使将又生成的坏点在这样处理一遍,结果不变。所以没必要再进行omit 50个坏点了。
11
Hirshfeld Test Diff for    N10    --  N11    ..        9.0 su 
Hirshfeld Test Diff for    C1    --  C2      ..        8.0su
(两个原子取向不一致)
解决: 1  ins 中加入 delu  0.02  c1  c2  精修后仍有该类错误,但数值由8.0将为7.5
      2  ins中加入  delu  0.01  0.005  c1  c2 问题解决 181年
      或者将数值改为0.005试试(从目前经验看,0.02-0.01-0.005数值越小,错误中提示的值越小,或消失)
         
属相排名12
Short Intra XH3 .. XHn    H7A    ..  H26A    ..      1.79 Ang.
解决:在ins中加入 dfix  2.35  0.01  h7a  h26a
      尝试添加比1.79 大的数值  但精修后goof稍变大,checkcif时问题解决
13
Low      Ueq as Compared to Neighbors for .....        N8
解决:1)用isor  0.001  列出该原子及其相邻的原子
        (尝试后goof值变大)
      2)用 simu  0.01  0.02  N8 N9 N10  尝试后有的消失,有的仍然存在 (0.02  0.04) 

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标签:数据   原子   空间   方法
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