检测晶体常出现的错误

更新时间:2023-07-09 06:01:23 阅读: 评论:0

_diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......    0.93 采集数据的完成度偏低,通常要在 0.97 以上。最好是重新收集数据。 解决方法omit 0 50
问题:
No su's on H-atoms, but refinement reported as .    mixed
报告中显示对 H 原子的修正方法是混合模式但没有列出 H 原子相关的偏差。 解决方法:把.CIF 中的 "mixed" 改成 "constr就可以了。
问题:
CIF Contains no X-H Bonds ......................    ?
CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........    ?
解决方法 ins  文件中将 Bond 改为 Bond $命令,再在 XL 中精一下就可以
问题:
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.37 修正轮数不够多 Maximum Shift/Error 值应该接近于 0,至少要在 0.02 以下。 解决方法:增加修正轮数L.S后的数值改
山东泰山乔迁之喜祝福语四个字问题:
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.95 Ratio PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.78 Ratio 这二条是指原子有较大的非正定,说明没有修正好。 解决方法可以考虑将这个有较大无序的 O 进行分(如占位率 0.50.5再修。 如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果,那只有重新采集数据了。
问题:
DENSX01_ALERT_1_A The ratio of the calculated to measured crystal density lies outside the range 0.80 <> 安全事故心得1.20
Calculated density =    1.753
Measured density    =    0.000
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .    mixed 解决方法:在 cif 里将_exptl_crystal_density_meas    0 改为:_exptl_crystal_density_meas    ?
_refine_ls_hydrogen_treatment    mixed
改为:_refine_ls_hydrogen_treatment    constr

PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3    is NPD .....................    ? 解决方:原非正,无序者空群错 数据好。个原子如果 在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表 。用 ISOR 命令各 向同性,应该可以解决。
问题:
Hirshfeld Test Diff for    C1    -    C2    ..    7.53 su
解决方法ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2
delu    限制所指定的原子具有接近指定范围内的位移参数)
问题:
PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..        ? PLAT057_ALERT_3_C Correction for Absorption Required    RT(exp) ...    1.11 解决方法主要注意 cif 文件中的以下这几行_exptl_absorpt_correction_type春饼怎么和面 一项只要做了 xcif 就一般会自动填 'Multi-scan',你也可根据自己校正方法来 填。
一般可能出的问题就是这几行填得串了行 T_min  T_max 反了仔细 检查
问题:
PLAT220_ALERT_2_B    Large
Non-Solvent    C    Ueq(max)/Ueq(min) ...    3.83 Ratio
解决方法simu 0.01 0.02 3.8 $c
simu    限制在一定范围内的原子具有相同的位移参数)
问题:
    check    cif        A        No    s.u.    Given    for    Flack
P原画场景arameter ..............    ? 不知道如何解决 解决方法:你这个结构是否有手性?
1.  如果有手性且有重原子,那在修正中加入 Flack 指令,修正重新产生 CIF
2.  如果没有手性,或有手性但用 Mo 靶做 Si 元素的结构,则可在 CIF 的原 子信息这一栏的最后面添加一句话,如下所示:
_chemical_formula_sum    'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_moiety    'C10 H18 O5 '
_chemical_formula_weight    218.25

_chemical_melting_point    ?
_chemical_absolute_configuration    ' unk '
这样就可以了
问题:
一个 B 类错误:Merging of Friedel Pairs is STRONGLY Indicated
解决方法:在 ins 文件中加入 MERG 3 重新精修一轮即可。
问题:
ABSTM02_ALERT_3_A    Test not performed as the _exptl_absorpt_correction_type has not been identified. See test ABSTY_01.
解决方法The absorption correction should be one of the following
*    none
*    analytical
*    integration
*    numerical
*    gaussian
*    empirical
*    psi-scan
*    multi-scan
*    refdelf
*    sphere
*    cylinder
问题:
Alert level A
PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ......    0.00
Sigma
Alert level B
PLAT232_AL怏怏不乐ERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn    -- O1    ..    21.64 su
PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn    -- O2    ..    12.23 su 解决方法:第一个问题在 INS 文件中把 EXTI 这行命令删掉再修就可以了 后两个 B 类错误可以-lst 文件中 BOND 一行使用如写命令,然后精修:
ELMU Zn 为善最乐O1 Zn O2
SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2

附:
关于 CIF 现的 A,B 等类错的说明
一般分为 8 类,分别为:
# _0xx - general
# _1xx - cell/symmetry
# _2xx - adp-related
# _3xx - intra geometry
# _4xx - inter geometry
# _5xx - coordination geometry
# _6xx - void tests
# _7xx – various test
下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家,希望能对您有所帮助!
_201  检测子结构主体中各同性非氢子,各同性通常精修中并不 常用,只是在处理无序是才用到。
_202  检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_21检测体分 NPD  ADP's 。检测主体分子中相异性参数中负值部分
NPD is non-positive displacement 
_212  检测溶剂或阴离子分子的 NPD ADP'检测溶剂或阴离子分子中各相异性 参数中负值部
_213  主体分子中 ADP maximum/minimum  例检测较大的值意味着无序没有 处理。
_214  溶剂或阴离子中 ADP maximum/minimu比例检测较大的值意味着无序 没有处理。
_220  检测主体结构非氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围对比平常之大的比值发出 警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)
_221  检测非主体结构非氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围对比平常之大的比值发 出警报
_222  检测主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围对比平常之大的比值发出警

_223  检测非主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围对比平常之大的比值发出 警报
_230, _233 金钱树的养殖方法和注意事项: Hirschfield  刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各 相异性参数无序或过度精修可能会导致大小不一原子的错误判定也会有这样 的结果DELREF (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数通常对含重 原子的键有较大的 DEL
_241, _242  检测相对于相邻原子过高或过低的 U(eq)原子的 U(eq) 值会被拿 去与所有非氢原子的平均 U(eq)去比较,如值太大,可能是原子定错了。
_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020 : R(int)R(int)最好小 0.1是基于非常有限数量平均数据
R(int) 没什么意义
_021  :  检查 观测衍数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单 元中的数目对于中心对称的结构期望币值为小于或等于 1.0;对于非中心对称 结构则小于 2超过这些数据可能是对称性消光没有从观测数据中消除或采用 过多的数据进行精修

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标签:原子   数据   检测   方法
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