Olex2单晶的可视化结构解析与精修

更新时间:2023-07-08 05:59:09 阅读: 评论:0

单晶的可视化结构解析与精修
Olex2软件的使用
1.1 Olex2简介
1.2关于Olex2的安装、引用和更新
1.3 Olex2的图形化界面
1.4 文件的建立
2 晶体解析和精修
2.1 前言
2.2 打开结构
2.3 解粗结构
2.4 原子指认
2.5 各项异性精修
2.6 加氢
2.7 精修权重
2.8 历史记录   
2.9 结构整理原子重命名排序
2.10其他问题
3 无序处理
3.1 无序处理方法
3.2 无序类型及实例
4 结构验证及画图
4.1 完善CIF信息生成CIF文件
4.2 结构验证
4.3 生成图像
5 总论
5.1 空间群转换
5.2 如何用olex2画叠合图
小学生心理健康知识
5.3 解析的合理性
5.4 绝对构型的问题
5.5 解析实例
1Olex2介绍
1.1 Olex2简介
Olex2是由英国杜伦大学化学系Dolomanov教授开发的一款具有解析、精修、画图等多功能的可视化单晶解析软件。软件基于Python语言,现在已更新至1.2.7版本。
Olex2具有美观的图形界面,可以用鼠标操作,使用方便快捷。而Shelxtl大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕,且需要使用键盘输入命令,略繁琐。Olex2具有方便的数据回滚功能,当进行多次尝试时可以直接回滚,无需手动保存。
Olex2扩展性强,可以方便调用多种解析和精修软件,而且可以直接调用platonShelxtl只能使用自带的XSXL硬盘坏道怎么修复软件。
Olex2自带多种实用工具,如solvent masktwinning等。 Shelxtl所带的工具较少,仅有Xprep
Olex2是一个免费且不断更新的程序。本教程意在使大家熟悉Olex2视图画界面并使用该程序。
1.2关于Olex2的安装、引用和更新
1.2.1安装
首先需要到www.olexsys网站(这个网站现在需要注册)上下载Olex2的最新版本,推荐下载绿色版本,直接解压缩就可以使用,且32位系统下载32位版本,64位版本下载64位版本。然后将压缩包解压,放置在一个没有中文路径名的文件夹里,如D:\c\olex2-win64中。
不推荐使用其自带的解析和精修软件,你需要将Shelxtl软件包中的xl.exexs.exe(如果使用Shelxtl2013需要复制)复制到Olex2所在文件夹中,如下图1-1所示。配置完后就可以使用了。
1-1
如果需要使用Platon,需要去Platon下载platon.zippwt.zip,将platon.zip中的手工课
地面压旁腿check.def复制到Olex2暗算之看风文件夹中,再将pwt安装后的salflibc.dll复制到Olex2文件夹中即可。如下图1-2所示。
1-2
其他软件如SirjanaSuperFlip等均可被车险一般买哪些险种Olex2支持。如果它们已经安装在你的计算机上的话,那么直接打开Olex2就可以使用它们。如果只有一个文件的话,像一样直接复制到Olex2所在文件夹中就可以使用了。
1.2.2如何引用Olex2
O. V. Dolomanov, L. J. Bourhis, R. J. Gildea, J. A. K. Howard and H. Puschmann."OLEX2:
a complete structure solution, refinement and analysis program". J. Appl. Cryst. 2009,42, 339-341.
1.2.3 Olex2的更新
Olex2可以自动通过互联网更新。点击Help毕淑敏提醒幸福Update options(图1-3),可以在弹出菜单中选择自动寻找更新频率和关闭自动更新功能。
1-3
1.3 Olex2 图形化界面
Olex2 本身不是一个结构解析和精修程序。Olex2图形化界面分为以下四个部分:
File Menu
   
Graphics Window
Main 牵牛花的描写GUI Panel
Command Prompt
图示化主面板:该面板包含程序的主要特征,它分为四个级联面板对应相应的选项卡。

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