黄金莲
-q 数字 表⽰最低质量值，在去接头前先将低于此数值的bas去除。如果只设置⼀个数值则从3'末端去除，如果⽤逗号分割两个数值则先去5'末端后去3'末端。⼀般设为30。
-q [5'CUTOFF,]3'CUTOFF, --quality-cutoff=[5'CUTOFF,]3'CUTOFF
Trim low-quality bas from 5' and/or 3' ends of each read before adapter removal. Applied to both reads if data is paired. If one value is given, only the 3' end is trimmed. If two comma-parated cutoffs are given, the 5' end is trimmed with the first cutoff, the 3' end with the cond.
-m 数字 表⽰trim后最短bp低于此数的reads被抛弃，⼀般设为20。
普通话三分钟30篇例文-M 数字 表⽰长于此数字的reads被抛弃，默认值不限制。
--max-n=COUNT 抛弃有太多N的reads。COUNT如果设置为整数，就是按N的绝对个数来处理；如果设置为⼩数（0到1之间），就按每条reads中N的百分⽐来处理。
菟丝子的作用与功效
-O 数字 表⽰adapt和序列⽐对最少overlap的值，⾼于此值就认为是接头并修剪，默认是3，个⼈设置⾄少到5。
-o ⽬录 Read1的输出路径
-p ⽬录 Read2的输出路径
根据fastqc的报告，如果是RNA数据尾巴较多的情况，最好再去⼀次PolyA尾巴，少就不⽤了。中哈原油管道
Tr im Ga lo r e!
Trim Galore 合并了FastQC和Cutadapt到⼀个程序中。它的优势在于它可以根据FastQC分析的个体质量对每个reads进⾏修剪。同时可以设置程序对剪切后的序列⽤FastQC⽣成⼀个统计信息。对双端序列⽀持也很好。
出生五行选项
--phred33 使⽤ASCII+33质量得分作为Phred得分标准。默认选项
--fastqc 当剪切结束后⽤默认选项对结果⽂件进⾏fastqc分析
--fastqc_args "<ARGS>" 对fastQC设置参数。
--paired 设置双端序列
胆囊炎偏方--dont_gzip 输出⽂件不压缩励志英文电影
--gzip 压缩输出⽂件，如果输⼊⽂件是压缩⽂件则⾃动压缩。
--length <INT> 设置低于数值长度的reads就抛弃掉，默认值20.
-q/--quality <INT> 切除质量得分低于设置值的序列。默认值20.
-a/--adapter <STRING> -a参数后为切除的接头序列
-a2/--adapter2 <STRING> 双端序列中read2所切除的接头序列，需配合'--paired'参数。
--rrbs 这是Trim Galore最独特的功能，也是我⼀开始找到使⽤这个软件的原因：特异性处理MspI所处理的RRBS样本数据(识别位点：培训目的怎么写
