预后分析最佳cutoff值计算工具

更新时间:2023-07-07 05:19:35 阅读: 评论:0

高台对映月分明打一字预后分析最佳cutoff值计算⼯具
在⼤家进⾏科研⼯作的过程中,拿到⼀个基因,获取表达量后,总要先与预后来⼀波分析。分析过程中势必会涉及到分组,说到分组,肯定是⽼⽣常谈的以中位值,平均值,抑或是3分位数来进⾏。但是如果这样分组后预后依旧没有意义呢?就能说这个基因的表达与预后就真的没有关系嘛?
善女
当然不能。那么有没有⼀种⽅法,能获取预后的最佳cut-off值,继⽽能够很好的区分呢?当然有,今天⼩编就给⼤家介绍⼀个软件:X-Tile。是耶鲁⼤学开发的⼀个⼩⼯具,不⽤复杂的代码,只需点点点⼏步,即可快速实现寻找截断值。⽽原理⾮常简单,就是“枚举法”,即以不同的值作为截断值分组进⾏统计检验。
根据官⽹,打开,下载该软件
具体得下载安装就不多介绍啦,这个想必⼤家都会,下⾯我们直接从操作开始进⾏介绍。
右下腹部隐痛
双击打开X-tile软件,点击Analy,进⼊。
根据下图所⽰顺序,点击file-Open,依次打开,导⼊分析数据。
注:这⾥导⼊txt格式,主要包含3个变量:基因表达,⽣存状态及⽣存时间。当我们想查看多个基因的表
达的最佳cut-off值时,不必分批次上次,都写在⼀个⽂本⽂档就⾏,下⾯我们就以2个基因进⾏简要展⽰。
数据导⼊后,如下图所⽰。点击左侧任⼀变量,在中间可显⽰变量的具体数值。将⽣存时间及状态依次放⼊右侧框(点击Load),选择要分析的geneA,放⼊Marker1,Marker2空着即可。(当要分析geneB时,加载到Marker1的位置即可)
gif搞笑点击左上⾓的Do,Kaplan-Meier,Marker1。
邵世平
进⼊以下结果页⾯。
香辣茄子⿏标置于直⽅图的不同位置,上⾯表中即可以⿏标所在位置为截断点分成两组,进⾏log-rank检验。右上⽅为P值,右⽅为⽣存曲线图。企业升级
我们可以发现,出来的图⽚挺丑,不过我们可以利⽤这个软件找到最佳cut-off值,然后再通过其他绘图软件来进⾏更好的展⽰。
>学国学

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标签:分析   分组   点击   基因   软件   截断值   表达   过程
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