gtf⽂件学习+读取
1.基本
GFF和GTF是两种最常⽤的数据库注释格式，基因注释⽂件。
GFF全称为general feature format，这种格式主要是⽤来注释基因组。
GTF全称为gene transfer format，主要是⽤来对基因进⾏注释，对染⾊体上的基因进⾏标注。
//我这⾥关注的主要是GTF⽂件。
2.格式
以tab键分割为9列：
q_id：染⾊质名称；
source：注释团队；
type: 注释信息的类型，⽐如{gene, transcript, exon, CDS, UTR, start_codon, stop_codon, Selenocysteine } start：该基因或转录本在参考序列上的起始位置
end: 该基因或转录本在参考序列上的终⽌位置
score: 得分，数字，是注释信息可能性的说明客服经理
蓝色搭配
农村基层组织建设strand: 该基因或转录本位于参考序列的正链(+)或负链(-)上;
3.读取gtf格式⽂件查看
罗非鱼
尝试⽤read.csv打开也失败：
桑苗
使⽤
install.packages("refGenome")
BiocManager::install("refGenome")
安装，均不可。
可能性2：gtf⽂件存在问题，所以重新下载。
并且尝试导⼊
library(rtracklayer)
报出以下错误：
沙丘之谋
之后就尝试在命令⾏⽽不是Rstudio上操作，先卸载了这个包，然后安装，虽然出现了这个问题：
Installation path not writeable, unable to update packages: codetools，但是尝试不更新n所有包，之后library居然可以了，⽽且可以正常读取。
之后我重启Rstudio
.rs.restartR()
就可以读取gtf⽂件了。
看来以后安装包的操作都应该在命令⾏进⾏，⽽不是Rstudio。
4.查看GTF⽂件内容
跆拳道比赛规则
上海市简介最新版的相较于之前有了很多新的描述信息，⽐如基因id，基因名称等等。共有26个特征。
附加的键值对信息：
gene_id : ENSG(Enmbl 基因ID)
gene_type：基因类型
gene_name：基因名称
level：feature 的注释⽔平 {1, 2, 3}：level1：验证的位点，level2：⼿动注释的位点，level3：⾃动注释的位点transcript_id ：ENST(Enmbl 转录本ID)
transcript_type：转录本类型
transcript_name：转录本名称
