stringtiemerge与gene_id
1.不进⾏merge的pipeline
stringtie官⽅说明⽂档中说明
如果对新的异构体不感兴趣，可以使⽤下⾯简单的pipeline进⾏定量，⽽不进⾏merge
迷醉DE_pipeline_refonly.png
设置无线路由器也就是说如果只对已知的转录本感兴趣就可以不进⾏merge option粉字成语
投票作弊
如果要merge则利⽤下⾯的pipeline
DE_pipeline.png
引导文件2.进⾏merge 之后的geneid问题
莲藕炖猪蹄merge之后得到f，再⽤它作为参考注释⽂件进⾏转录本重新组装，为了后续⽅便输⼊DEq2，利⽤官⽅的prepDE.py提取矩阵。得到两个矩阵。gene_count_matrix.csv,trancript_count_matrix.csv。这两个矩阵的gene_id和transcript_id有很多是stringtie内部根据新异构体命名如STRG.XXXX和MSTRG.XXXX，单纯只看stringtie的结果⽂件不太能很好区分这些异构体来⾃哪个基因，则需要利⽤gffcomepare对merge后的f进⾏分析，来确定已注释的转录本和有多少新的转录本（以及这些转录本所对应的基因）
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