从TCGA数据中提取lncRNA(这是一个找bug教程)

更新时间:2023-06-30 20:37:59 阅读: 评论:0

中国海岸线
广州积分入户条件type=="transcript" 说明我要的是转录本
gene_biotype="protein_coding" 说明基因类型要的是蛋⽩质编码基因
transcript_biotype %in% ncRNA 是要指定的⼏种ncRNA类型
这逻辑没⽑病
跑了之后,
翡翠白菜饺
标红处可以看出,蛋⽩质编码基因,对应着的转录本类型有且只有procesd_transcript
那pro c esd_tr a nsc ript⼜是什么呢?
百度肯定不会告诉我们答案,呵,百度,你对⼒量⼀⽆所知。
正确上⽹后
清朝多少年历史原⽹址:bl/info/about/gene_and_transcript_types.html
小丝巾的系法图解可见,procesd_transcript不含ORF,包含LncRNA, ncRNA和unclassified procesd transcript。由
于transcript_biotype中已经含有"n_overlapping", "lincRNA", "3prime_overlapping_ncRNA"等很多种,所以我推测, 此处的procesd_transcript就是未分类的转录本。
足球鞋钉
向日葵画因此果⼦⽼师的那句话是对的,⾄少GTF告诉我们,⼀个编码基因也有可能转录出⾮编码基因的。
由于我的分⼦⽣物学底⼦⾮常弱,还请各位前辈多多指教。虎鞭是什么
那么,如果想从TCGA⾥提lncRNA,不要蛋⽩质编码基因转录出来的该怎么写

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标签:基因   编码   转录   广州   海岸线   肯定
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