上机练习
1． 使用SRS对Swiss-Prot进行查询。
搜索人的caveolin 蛋白，这是一类重要的膜蛋白,与转运，凋亡等多种生物功能相关。
进入Swiss-Prot站点，点击SRS, Start a new SRS ssion, 可以选择多个输入条件。默认为AllText即在数据库所有领域内搜索，也可选择特定领域如基因描述、组织特异性、序列长度等等。在第一个选择框Alltext中输入 “caveolin” ，“organism”输入 “homo”。
点击 “ Do Query ”, 获得七条记录。 一定要点击“Do Query”,否则无结果返回。默认每页显示5条记录（图中红框位置，用户可自行调节）
选取第一条序列，紫苏田螺CAV1_HUMAN （人Caveolin 蛋白 1），点击进入察看。Reference部分为该序列相关的参考文献, Comments 为对该序列的一个综合描述，Cross-references 为其它数据库储存的与该序列相关的信息。推荐察看GeneCards(内中有详细的基因注释信息，如与表达谱相关的e-Northern), SOURCE (来自基因芯片试验的表达信息卡通猴) ，HOVERGEN （脊椎动物相似基因数据库，可以查找属于同一个家族的基因）博士专家推荐信DIP 蛋白相互作用数据库。每一个数据库都可以点击察看。Feature-table中记录了该序列不同区段的结构域与功能位点，突变位点等信息。
这里介绍一个数据库 DIP 数据库，点击对应链接，
显示DIP 数据库中对应记录编号为 DIP:5960N
点击该编号
记录的详细信息
点击右上角的“graph”连接,可以看到相互作用的蛋白图
红色蛋白（图中用椭圆框显示）为我们提交的蛋白，与之直接相连的蛋白为直接作用的蛋白，其它蛋白为间接作用，可点击每个点察看聚体信息。用户可以直接访问DIP网站dip.doe-mbi.ucla.edu/i ，可以采用多种方式查询，可以输入名称，可以提交自己的序列使用blast搜索DIP数据库中存储的与你的序列相似的蛋白序列，还可以输入你的序列中含有的PROSITE pattern 的ID进行查询。
翻刺床✧ 其它蛋白相互作用数据库可参看 ac.uk/GenomeWeb/prot-interaction.html
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1. Caveolin 蛋白模式分析
回到上次Swiss-Prot查询结果， 页面最下方蛋白序列旁边，选择夏季防晒fasta 初中地理教学设计格式
得到蛋白序列
>sp|Q03135|CAV1_HUMAN Caveolin-1 - Homo sapiens (Human).
MSGGKYVDSEGHLYTVPIREQGNIYKPNNKAMADELSEKQVYDAHTKEIDLVNRDPKHLN
DDVVKIDFEDVIAEPEGTHSFDGIWKASFTTFTVTKYWFYRLLSALFGIPMALIWGIYFA
ILSFLHIWAVVPCIKSFLIEIQCISRVYSIYVHTVCDPLFEAVGKIFSNVRINLQKEI
把序列提交到ScanProsite 或是MotifScan （ ）中，查
看结果。可能结果会较慢。
分析结果显示：
>PDOC00001 PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site [pattern] [Warning: pattern with a high probability of occurrence].
35 - 38 NMSG
>PDOC00005 PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kina C phosphorylation site [pattern] [Warning: pattern with a high probability of occurrence].
72 - 74 SeK
>PDOC00006 PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Cain kina II phosphorylation site [pattern] [Warning: pattern with a high probability of occurrence].
189 - 192 TvcD
>PDOC00008 PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site [pattern] [Warning: pattern with a high probability of occurrence].
118 - 123 GIwkAS
143 - 148 GIpmAL
151 - 156 GIyfAI
>PDOC00930 PS01210 CAVEOLIN Caveolins signature [pattern].
103 - 110 FEDVIAEP
显示该蛋白含有磷酸化位点和肉豆寇酰化位点，但是同时由于这些pattern较短所以给出警告酌金馔玉 “with a high probability of occurrence”, 即在蛋白质中出现概率很高，要谨慎对待。最后一项给出caveolin 蛋白特有的模式，可靠性高。
用户也可以尝试自己把序列提交到InterPro (www.ebi.ac.uk/InterProScan/), 或是NCBI 的CD-SEARCH
3．Caveolin 蛋白的一级序列性质分析
1) 使用ProtParam tool （ ）计算Caveolin 的 pI, Mw，消光系数，氨基酸组成等数据
2) 使用PeptideCutter（ ）查看Caveolin 的酶切位点
3) 使用ProtScale ( )查看caveolin各氨基酸的疏水性变化
4．使用TMHMM （www.cbs.dtu.dk/rvices/TMHMM-2.0/ ）进行跨膜预测
5．使用PSORT 作细胞内定位预测
k = 9/23
39.1 %: mitochondrial
30.4 %: cytoplasmic
8.7 %: Golgi
8.7 %: endoplasmic reticulum
4.3 %: extracellular, including cell wall
4.3 %: vesicles of cretory system
4.3 %: nuclear
给出的预测结果仅供参考，在此例中与实际不太符合。
6．模拟构建caveolin pattern 汽车挂档的过程
首先查询caveolin 蛋白的模式，在PROSITE 主页面，查询caveolin。
该模式pattern 为 F-E-D-[LV]-I-A-[DE]-[PA]，PROSITE 编号为PS01210,可以用此号去DIP
查询。
使用该Pattern 去查询Swiss-Prot 含有该Pattern 的蛋白。数据库选择Swiss-Prot
高级选项选择retrieve complete quences, 共得到14条蛋白。可以对这14条蛋白作多序列比对( www.ebi.ac.uk/clustalw )，找出保守位点，结果如下：
CLUSTAL W (1.82) multiple quence alignment
P79132 MSGGKYVDS--EGHLYTVPIREQGNIYKPNNKAMA-EEMNEKQVYDAHTKEIDLVNRDPK 57
P33724 MSGGKYVDS--EGHLYTVPIREQGNIYKPNNKAMA-EEMSEKQVYDAHTKEIDLVNRDPK 57
Q03135 MSGGKYVDS--EGHLYTVPIREQGNIYKPNNKAMA-DELSEKQVYDAHTKEIDLVNRDPK 57
P49817 MSGGKYVDS--EGHLYTVPIREQGNIYKPNNKAMA-DEVTEKQVYDAHTKEIDLVNRDPK 57
P41350 MSGGKYVDS--EGHLYTVPIREQGNIYKPNNKAMA-DEVNEKQVYDAHTKEIDLVNRDPK 57
P35431 MSGTKYVDS--EGFLYAAPVREQGNIYKPNNKMMA-DELSEKAVHDVDTKEIDLVNRDPK 57
Q9YGM8 MTGGLRDGEKEEEFLHSPFIRKQGNIYKPYNKDMDYDILNEKSMEDVHTKEIDLVNRDPT 60
P51637 ------------------MMTEEH------------TDLEARIIKDIHCKEIDLVNRDPK 30
P51638 ------------------MMTEEH------------TDLEARIIKDIHCKEIDLVNRDPK 30
P56539 ------------------MMAEEH------------TDLEAQIVKDIHCKEIDLVNRDPK 30
P51636 -----------------MGLETEKADVQLFMDDDSYSHHSGLEYADPEKFADSDQDRDPH 43
Q9WVC3 -----------------MGLETEKADVQLFMADDAYSHHSGVDYADPEKYVDSSHDRDPH 43
O46550 -----------------MGLETEKADVQLCMDDDAYSHHSAVDFGDLEQLADSGSDRDPR 43
Q9YGM9 -----------------MGLEKEKLECSIIMDEDEFNRSIEPILSKKARLYSSAPDRDPH 43
