BulkRNA-q转录组分析甜辣椒
Reference :
我们⾃⼰测得的数据：
初代吸血鬼第二季>掖怎么读交代⼀下需要准备的数据：
⾸先要有双端测序的.fa.qz⽂件，要⽤⽹上下好的gene注释⽂件，hisat2需要⽤到，具体如何下载，见上⾯两个链接
注：也可以利⽤.fa⽂件⽣成对应的索引⽂件，命令如下：
$HISAT_HOME/hisat-build $HISAT_HOME/example/reference/22_20-21M.fa 22_20-21M_hisat
//构建索引的命令如上，跟bowtie⼀样我修改了⼀下
/home/jmzeng/hoston/RNA-soft/hisat-0.1.5-beta/hisat-build 22_20-21M.fa my_hisat_index
//连⽇志都跟bowtie⼀模⼀样，哈哈，可以看到我们的这个参考fasta⽂件 22_20-21M.fa 就变成索引⽂件啦，索引还是很多的！
1. 先对数据进⾏质控
/home/glab/Shanyr/software/FastQC/fastqc -o ./20200910-Liver-D4/neg/ ./20200910-Liver-D4/neg/neg_ ./20200910-Liver-D4/neg/neg_
2. 然后可以采⽤上⾯ref中的⽅法对数据进⾏质控，去掉认为是质量不好的reads
trim_galore：可以处理illumina，nextera3，smallRNA测序平台的双端和单端数据，包括去除adapter和低质量reads。
trim_galore的参数： trim_galore的参数在处理过程⽐较重要：
表示没有的字trim_galore -output_dir clean --paired --length 75 --quality 25 --stringency 5 q_ q_
看月亮爬上来
3. ⽐对，⽣成bam⽂件：“将RNA-q的测序reads使⽤hisat2⽐对对参考基因租组”
/home/glab/Shanyr/software/hisat2-2.1.0/hisat2 -p 16 -x ../../../bulk_rnaq/jky-z001/refdata-cellranger-hg19-3.0.0/genes/genome_tran -1 ../neg/neg_ -2 ../neg/neg_ -S ../neg/neg.sam
站场篮球运动鞋>学长寄语注： -1和-2分别表⽰双端测序的1个⽂件，后⾯跟的是⽂件路径，⼀定要注意 /data/RNAq/mm10/genome⽂件的⽬录，genome这个不是⽂件夹，是index⽂件的前缀，我的mm10⽂件下并没有这个⽂件，如果不加genome就会发⽣如下报错：
4. htq-count ⽣成计数矩阵
htq-count -f sam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_name neg.sam ../../../bulk_rnaq/jky-z001/refdata-cellranger-hg19-3.0.0/f >
