Alpha多样性Pielou均匀度指数问题：uarch计算出来的多样性指标中没有eveness指标，R⾥边可以算，但觉得应该会有现成的。
解决：vegan包
1 第⼀步输⼊数据整理成矩阵
data = read.table(“”, header = T, p = "\t", row.names = 1)
data=t(data)#如果格式不对的话需要转置
2 基于最⼩值进⾏重抽样标准，如果16数据通过single_rarefaction.py进⾏标化
dataR = rrarefy(data,min(rowSums(data)))
计算各Alpha多样性指数
library(vegan)
计算Shannon-Wiener指数
Shannon.wiener = diversity(dataR, "shannon")
计算Simpson指数
持续期
Simpson = diversity(divdata,"simpson")
计算Inver Simpson指数
Inver.Simpson = diversity(dataR, index = "inv")
计算物种累计数
S = specnumber(dataR)
计算Pielou均匀度指数
J = Shannon.Wiener / log(S)
计算chao1, ACE
ca = data.frame(estimateR(dataR))
排灌
数据保存，将上述数据保存为.csv⽂件干同学>苏州杭州
余映潮骨头汤的做法
write.table(J, "", append = FALSE, p="\t", quote=F) Simpson指数值越⼤，说明群落多样性越⾼；
苹果手机屏幕不亮Shannon指数越⼤，说明群落多样性越⾼
Chao1值越⼤代表物种总数越多
备注 python scikit包
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