Plus深读RNA编辑影响细胞周期及恶性肿瘤进展
ADAR1:
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adenosine deamina associated with RNA 1,腺苷脱氨酶,可以催化碱基编辑,即从Adenosine脱氨基形成Inosine,后续会被读成guanosine(A-to-I,A-G)。
信用卡还款技巧Chronic myeloid leukemia (CML):
慢性粒细胞白血病
Blast crisis (BC):
急性转化期
Chronic pha (CP) CML:
慢性期
1ADAR1促进HSPC细胞周期
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ADAR1过表达的脐血来源CD34+细胞增殖加快(Fig 1A-G)。通过表达谱测序和RT验证,证实ADAR1过表达后KEGG中调节细胞周期的相关基因发生变化(Fig 1H-J),且酶活突变的ADAR1则不会引起这些变化,证明需要A-to-I的RNA编辑功能。ADAR1敲降则会减缓细胞增殖速度(Fig 1N-P)。同时研究者发现CDKN1A的表达能被ADAR1抑制(Fig 1K-P)。
学校教育制度Figure 1
2ADAR1调节miRNA合成,控制细胞周期
接下来研究者分析了CDKN1A的A-to-I RNA编辑,却未发现任何差异。因此接下来分析了miRNA变化,同样发现调节细胞周期的miRNA被显著富集(Fig 2A)。ADAR1 WT和E912A过表达后分别可以影响112和32个miRNAs水平,证明ADAR1可能通过调节miRNA发挥调控细胞周期的功能(Fig 2B-D)。这些受调节的miRNAs中有许多已报道与肿瘤及关键调节因子相关。其中包括miR-26a-5p,已报道被MYC抑制,并再血液肿瘤中低表达(Fig 2C)。
过表达miR-26a能够抑制细胞增殖和自我更新、降低LIN28B水平(Fig 3A-E);抑制G0-G1(Fig 3F-G),促进CDKN1A的表达(Fig 3H)。有趣的是,ARAD1能够促进EZH2表达,且敲除ADAR1或者过表达miR-26a都能够抑制EZH2表达,证明CDKN1A和EZH2可能都是ADAR1和miR-26a的间接调控下游(Fig 3I-K)。
Figure 2
3ADAR1通过抑制DROSHA破坏miR-26a前体的合成
已知miRNA成熟需要先后经历pri-miR和pre-miR两步,分别由DROSHA和DICER执行切割,且也有报道切割过程需要A-to-I编辑(Fig 3L)。研究者发现miR-26a只有pri到pre的DROSHA切割过程中表现出对ADAR1的反应(Fig 3L)。测序发现ADAR1使约20.4%的pri-miR-26a在DROSHA位点发生了A-G的转变,活性突变的E912A则无此功能(Fig 3M)。人工突变此DROSHA位点(A-G),同样会造成成熟的miR-26a水平降低,G0期细胞减少(Fig 3N-P)。
Figure 3
4miR-26a过表达能够调节CML细胞自我更新
CML进展从CP到BC过程中miR-26a水平降低(Fig 4A),将过表达miR-26a的细胞转入小鼠体内,发现BM和spleen中GMPs相对更低(Fig 4B-G)。相应的miR-26a能够促进细胞G0-G1转化(Fig 4H)。分析原因,发现CML的BC转化过程中,CDKN1A水平急剧增加,而EZH2则在CP中高表达(Fig 4I)。miR-26a能够抑制LIN28B水平(Fig 4J)。在肿瘤发生发展过程中MYC能够通过抑制miR-26a水平促进EZH2的表达,研究者同样证实了CP中MYC表达较高,而进入BC后又回到低表达状态(Fig 4K)。
Figure 4
5MDM2 3‘UTR区域被ADAR1编辑,从而抑制miRNA结合并影响TP53转录
前人研究证明A-to-I修饰不仅仅能够影响miRNA成熟,同样能够出现在mRNA 3’UTR区域,从而影响其与miRNA的结合。研究者分析发现了与细胞周期相关的关键基因中,CHEK1、TP53、TFDP2等存在这种修饰(Fig 5A)。而比较CP-BC后,发现MDM2的3’ UTR编辑最为显著(Fig 5B)。筛选发现多个miRNAs结合位点与MDM2 3' UTR上A-to-I R
NA编辑区域重合,包括miR-200b/c、204/204b/211、155等(Fig 5C),且都能被ADAR1过表达抑制(Fig 5D)。其中BC中miR-155表达急剧下降,MDM2上升,TP53下降(Fig 5E-G)。进一步研究发现正常ADAR1过表达能够造成MDM2水平上升,且通过抑制miR-155实现(Fig 5H)。推测BC中以上基因/miRNAs的变化可能都来自于ADAR1的高表达水平。体外lucifera reporter实验也同样证明,经过A-G编辑的MDM2 3‘ UTR不再能被miR-155结合并降解(Fig 5I-J)。ADAR1敲低的BC CML细胞中MDM2水平也相应降低(Fig 5K)。
Figure 5
//本文小结//
本文从ADAR1出发,证明了基于其A-to-I RNA编辑的分子作用,发挥的多方面功能:
1)影响miRNAs成熟:以miR-26a为代表,ADAR1编辑pri上A-G,导致DROSHA无法切割,成熟miR-26a减少。
2)影响mRNA与miRNA结合:以MDM2为代表,ADAR1编辑其3’ UTR上的A-G,导致miR-
155不能结合,使MDM2稳定、水平上升。
3)间接影响CDKN2A/1A、EZH2等。
夜景说说最终引起在正常细胞、和高表达ADAR1的BC CML前体细胞中的不同作用:
1)ADAR1抑制miR-26a,间接促进EZH2表达,抑制CDKN1A,促进细胞增殖。
2)ADAR1抑制miR-155结合降解MDM2,下调TP53水平;同时通过抑制上游miRNAs,协同MYC水平的下降,共同抑制EZH2水平,导致CDKN1A水平上升,最终调节肿瘤细胞自我更新。
本文主要利用了转录组测序、miRNA组分析和筛选等,从全方面多角度的分析了ADAR1在不同细胞、不同状态下的功能,解释了其在正常细胞和CML肿瘤细胞中的不同作用,为CML治疗提供了靶点、以及可能的脱靶原因及机理。
本 文 来 自
一岁宝宝生日祝福语Qingfei Jiang et al. (2019). Hyper-Editing of Cell-Cycle Regulatory and Tumor Suppressor
RNA Promotes Malignant Progenitor Propagation. Cancer Cell 35, 1–14
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