生孩子报喜朋友圈【派森诺基因云】5分钟带您看懂QIIME2云分析之曼哈顿图分析
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对于QIIME 2云分析，我们悉⼼整理了各个分析模块中的热点分析内容，推出了“5分钟⼩课堂系列”。今天我们将继续对“物种差异与标志物种分析”中的MetagenomeSeq分析这⼀差异分析神器来进⾏讲解。
样本（组）间的群落结构差异并不是意味着所有物种组分的差异，⽽往往是⼀部分组分的差异分布。⽽这些差异的组分，⼜具体表现在不同的分类⽔平上。⼀般⽽⾔，对于本⾝环境类型迥异或是时空分布距离极⼤的样本（组），它们可能在门、纲等⽔平就已经体现出了显著的差异；⽽对于本⾝环境类型相同、时空分布相近的样本（组），它们之间的组成差异可能就仅限于ASV/OTU⽔平或是种、属⽔平，⽽在门、纲等分类⽔平上不具有或少有显著的差异性。
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这时，我们就可以通过MetagenomeSeq分析，⾸先尝试寻找样本（组）间在统计上具有显著差异的ASV/OTU，再尝试找出这些差异ASV/OTU在不同分类⽔平上是否具有富集的趋势。
素描动漫MetagenomeSeq能对样本组进⾏两两⽐较，该⽅法避免了数据稀疏（Rarefaction）过程对结果准确性的影响，特别适⽤于具有稀疏性的微⽣物组成数据。我们进⼀步通过曼哈顿图（Manhattan plot）展⽰MetagenomeSeq的分析结果。使⽤曼哈顿图展⽰差异ASV/OTU并结合分类学注释，相⽐于其他⽅式，
不仅可以展⽰数据全貌，⼜能快速找到⽬标ASV/OTU，同时⼜可以获知⽬标的具体分类位置和显著程度，并尝试发掘差异物种的分类学特征或规律。
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hxsMetagenomeSeq能对样本组进⾏两两⽐较，通过设置“上调组”和“对照组”，可以确定⽐较分析的组别。以出现频次⼤于等于0.3（默认值）作为条件，对MetagenomeSeq分析得到的差异ASV/OTU进⾏过滤。图中，横坐标为ASV/OTU按照其英⽂分类学信息名称（从门到种的信息）的排序；纵坐标为-log10(adj-Pvalue) 值，Y轴位置越⾼，差异越显著。坐标系内的彩⾊实⼼圆点和空⼼圆环均代表ASV/OTU，⼤⼩代表每个ASV/OTU的相对丰度，圆点/圆环越⼤，对应的ASV/OTU的丰度越⾼；虚线分隔了显著差异（虚线以上）与不显著的ASV/OTU，显著差异的ASV/OTU⽤彩⾊实⼼圆点或圆环标志，不显著的⽤灰⾊圆环表⽰，该分组内显著上调的⽤实⼼圆点显⽰。彩⾊实⼼圆点的颜⾊标识该
ASV/OTU所属的门⽔平名称，并标注于图底部（默认展⽰显著上调的圆点数前5的门）；对显著上调的圆点数排在前10的属，添加灰度背景，且该属的名称标注于图顶部。
总之，通过曼哈顿图，我们可以找出各分组显著上调的ASV/OTU，以及显著上调的ASV/OTU较多的门和⽬。
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（点击查看⼤图）
近年来，曼哈顿图在多样性组成谱和宏基因组研究等领域，开始受到⼴泛关注。⼀般⽽⾔，这种展现形式更适合于物种组成复杂的样本，如⼟壤、底泥等。
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