Bowtie2使用方法与参数详细介绍 - Public Library of Bioinformatics
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Bowtie2 -q --phred33 --nsitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []刷梅林
用法：
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
必须参数：
-x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻，然后在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。 -1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB _2.fq". 测序文件中的reads的长度可以不一样。 -2 <m2> 双末端测寻对应的文件2. -U <r> 非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。
培训类型
测序文件中的reads的长度可以不一样。 -S <hit> 所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。
古婺窑火以下是可选参数：
输入参数
-q 输入的文件为FASTQ格式文件，此项为默认值。 -qq 输入的文件为QSEQ格式文件。 -f 输入的文件为FASTA格式文件。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。 -r 输入的文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，表示-- ignore-quals也被选择了。 -c 后直接为比对的reads序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时，表示—ignore-quals也被选择了。 -s/--skip <int> input的reads中，跳过前<int>个reads或者pairs。 -u/--qupto <int> 只比对前<int>个reads或者pairs（在跳过前<int>个reads或者 pairs后）。Default: no limit. -5/--trim5 <int> 剪掉5'端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0). -3/--trim3 <int> 剪掉3'端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0). --phred33 输入的碱基质量等于ASCII码值加上33. 在最近的illumina pipiline中得以运用。 --phred64 输入的碱基质量等于ASCII码值加上64. --solexa-quals 将Solexa的
碱基质量转换为Phred。在老的GA Pipeline版本中得以运用。Default: off. --int-quals 输入文件中的碱基质量为用“ ”分隔的数值，而不是ASCII码。比如 40 40 。Default: off.
–end-to-end模式下的预设参数
生日发多少红包--very-fast Same as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50 --fast Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50 --nsitive Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (default in --end-to-end mode) --very-nsitive Same as: -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
遏–loca模式下的预设参数
–loca模式下的预设参数 --very-fast-local Same as: -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00 --fast-local Same as: -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75 --nsitive-local Same as: -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (default in --local mode) --very-nsitive-local Same as: -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
比对参数：
-
N <int> 进行种子比对时允许的mismatch数. 可以设为0或者1. Default: 0. -L <int> 设定种子的长度. ************************************************************ 功能选项给bowtie的一些参数设定值的时候，使用一个计算公式代替，于是值的大小与比对序列的长度成一定关系。<func>有三部分组成: (a)计算方法, 包括常数(C),线性(L),平方根(S)和自然对数(G); (b)一个常数; (c)一个系数. 例如: <func> 为 L,-0.4,-0.6 则计算公式为: f(x) = -0.4 + -0.6 * x <func> 为G,1,5.4 则计算公式为: f(x) = 1.0 + 5.4 * ln(x) ************************************************************ -i <func> 设定两个相邻种子间所间距的碱基数。 ************************************************************ 例如：如果read的长度为30, 种子的长度为10, 相邻种子的间距为6,则提取出的种子如下所示： Read: TAGCTACGCTCTACGCTATCATGCATAAAC Seed 1 fw: TAGCTACGCT Seed 1 rc: AGCGTAGCTA Seed 2 fw: CGCTCTACGC Seed 2 rc: GCGTAGAGCG Seed 3 fw: ACGCTATCAT Seed 3 rc: ATGATAGCGT Seed 4 fw: TCATGCATAA Seed 4 rc: TTATGCATGA ************************************************************ 在--end-to-end模式中默认值为”-i S,1,1.15”.即表示f(x) = 1 + 1.15 * sqrt(x). 如果read长度为100, 则相邻种子的间距为12. --n-ceil <func> 设定read中允许含有不确定碱基(非GTAC,通常为N)的最大数目.
Default: L,0,0.15. 计算公式为: f(x) = 0 + 0.15 * x, 表示长度为100的read 最多运行存在15个不确定碱基. 一旦不确定碱基数超过15, 则该条read会被过滤掉. --dpad <int> Default: 15. --gbar <int> 在read头尾<int>个碱基内不允许gap. Default: 4. --ignore-quals 计算错配罚分的时候不考虑碱基质量. 当输入序列的模式为-f, -r 或者-c的时候, 该设置自动成为默认设置. --nofw/--norc –nofw设定read不和前导链(forward reference strand)进行比对; --norc设定不和后随链(rever-complement reference strand)进行比对. Default: both strands enabled. --end-to-end 比对是将整个read和参考序列进行比对. 该模式--ma的值为0. 该模式为默认模式, --local模式冲突. --local 该模式下对read进行局部比对, 从而, read两端的一些碱基不比对，从而使比对得分满足要求. 该模式下 –ma默认为2.
>江边柳
