Salmon进⾏转录本定量
Salmon 是转录本定量软件，使⽤转录本定量主要优点⼀是更准确，⽐如不同样本同⼀基因使⽤不同 isoform 此时基因长度并不相等，直接基因定量⽆法顾及；⼆是⽅便进⾏可变剪切分析。Salmon 提供2种运⾏模式，⼀是直接读取 reads ⽂件(姑且称为 fastq 模式)；⼆是读取⽐对好⽂件 sam/bam (姑且称为⽐对模式)。
在⽂章《StringTie + DESeq2 进⾏ RNA-q 差异基因分析》和《featureCounts 计算基因 reads 数⽬》我介绍了⼀个基本的 RNA-q 差异基因分析流程，Salmon 能⽤来替代这⾥的 StringTie 和 featureCounts, DESeq2 也专门有导⼊ Salmon 数据的函数。这篇⽂章我⽤⼈种RNA-q 数据演⽰⼀遍 Salmon 流程，下篇⽂章将⽤ Salmon 数据进⾏可变剪切分析。
Reads 乱序
Salmon 要求 reads 是⽆序的，如果你的⽂件将 reads 排序过，⽤ Salmon 前要先重新乱序。
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线程数
fastq 模式差不多使⽤线程越多运⾏越快，不过实际操作也没必要给整个⼏⼗个线程去跑；⽐对模式线程到达⼀定数⽬后，总体速度就不怎么加快了，设置 8-12 线程是相对合适的。
⽂库类型(library type, LIBTYPE)
RNA-q 有多种多样⽂库类型，使⽤ Salmon 应设置好这个参数，因为 Salmon ⾃动检测也许会出现错误。下⾯图⽰是 Salmon 定义的⽂库类型分类。我国民族分布特点
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Salmon ⽂库类型谥法解
所以 LIBTYPE 设定包含了三个部分，⼀是 reads 的相对⽅向，分别⽤ I/O/M 表⽰；⼆是⽂库有⽆链特异性，分别⽤ S/U 表⽰；三是，假如⽂库有链特异性，指明链⽅向，分别⽤ F/R 表⽰。如果第⼆部分是 U 就不需要设置这⾥。下⾯是这些字母代表的全称。以小见大的写作手法
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Overview – Salmon: Fast, accurate and bias-aware transcript quantification from RNA-q data Bowtie 2: fast and nsitive read alignment
