SPM12核磁数据预处理傻⽠攻略
总体的分析逻辑
1. Dicom转Nifti，去掉前10个由于机器因素不稳定的时间点，⼿动将结构像的图像的original定位到AC（前联合），并且如果结构像的
⽅向旋转地太厉害也需要⼈⼯调整⼀下，使⽤的是SPM中的Display⼯具，先t orient再reorient。
2. Temporal preprocessing：Slice Timing时间层校正
3. Spatial preprocessing：
1. Realign头动校正，会⽣成rp开头的头动参数⽂件，头动过⼤标准为2mm和2°。
2. Coregister配准（将结构像与功能像位置对准）
3. Segment分割（将与功能像配准的结构像分割成灰质，⽩质，脑脊液），在这⼀步的Deformation fields中选择Forward就会
把分割的⽂件normali到MNI空间（这⼀点跟VBM分析中使⽤DARTEL的Normali
to MNI是不同的，VBM中使⽤的是原始的结构像⽂件⽽不是与功能像配准后的结构像⽂件）。Deformation
field⽣成的是y开头的nii⽂件。
4. Normali归⼀化，将头动校正后的功能像⽂件与归⼀化到MNI空间，这⼀步就需要⽤到上⼀步的y开头的⽂件。
5. Normali归⼀化，再做⼀次归⼀化是为了将bia corrected的结构像（在Segment阶段⽣成的m开头⽂件）也归⼀化到MNI空
间，这样你就可以把归⼀化后的功能像w开头⽂件superimpod到归⼀化后的结构像w开头的⽂件上。
6. Smooth平滑，Smooth是⼀种空间上的滤波，⽽之后的去线性趋势和低通滤波是时间上的滤波，其作⽤如下图（图⽚来⾃
于）：
4. 下⾯两步是SPM的预处理过程中没有的，但是⼀般也需要做，我之后应该会⽤DPARSF或者REST来做这两步吧，现在这⾥写出来，
避免有⼈觉得只做到Smooth就结束了
Detrend去线性趋势，也就是⾼通滤波（让⾼频的信号留下来，⽽把低频的信号去掉就叫做⾼通滤波，反之就叫做低通滤波），在SPM 的1-st level分析中包括了这⼀步，所以如果处理的是任务态的功能像数据就可以只使⽤SPM了。
Filter低频滤波（0.01~0.08Hz）和去除协变量，这⼀步多⽤在静息态的数据处理中。
与时间上的滤波相关的问题：
步骤1：安装好Matlab
（要⽤SPM12这个版本的话要是Matlab2012以后的版本，我之前装的2016b按道理是可以的，但是后来legend函数更新失败，导致realignment部分报错，在运⾏batch的时候会出现问题，所以安装的时候最好是能装新的就装新的版本。）
ps：注意matlab的安装路径，以及之后⼯作的路径都不要有中⽂，虽然matlab⽀持中⽂，但是很多时候还是会出现这样那样的问题。
步骤2：下载SPM12
，然后把它解压到Matlab的安装地址下的toolbox⽂件夹中，最后的样⼦就是下图这样：
步骤3：设置SPM的路径
打开matlab，在设置路径（下⾯第⼀幅图）中，选择“添加并包含⼦⽂件夹”，找到toolbox中的spm12⽂件夹，然后点击保存，最后关闭（看下⾯第⼆幅图）。现在你就可以开始使⽤SPM12了。
步骤4：整理核磁数据⽂件
把你的核磁数据都转成nii的格式，这⼀步可以使⽤SPM中的Dicom Import，也可以选⽤其它的⽅法。总之，最后你需要把⽂件的格式整理成下图的形式：
然后，强烈建议整个data⽂件夹先备份⼀份。接着删除每个ssion的前10个时间点（也就是前⼗个nii⽂件，这⾥不⼀定是10个，按照需要可以删掉8~12个）。
⼿动将结构像的图像的original定位到AC（前联合），并且如果结构像的⽅向旋转地太厉害也需要⼈⼯调整⼀下，使⽤的是SPM中的Display⼯具，先t orient再reorient。
步骤5：把Matlab的⼯作路径改成data⽂件夹的地址
（如图），在Matlab的命令⾏窗⼝输⼊：spm fmri 然后回车，这样就会打开SPM12分析核磁数据的窗⼝了。如果你只输⼊spm，然后回车的话就会出现⼏个选项，其中有fmri，点击那个按钮也可以打开
分析核磁数据的窗⼝。
步骤6：开始分析
点击Menu窗⼝中的Batch，打开了⼀个Batch editor界⾯，然后在其中的SPM中分别选择 ① SPM-Temporal-Slice Timing（下⾯第⼆张图，其它选择⽅法类似） ② SPM-Spatial-Realign-Realign：Estimate & Reslice③ SPM-Spatial-Coregister-Coregister：Estimate ④ SPM-Spatial-Segment⑤ SPM-Spatial-Normali-Normali：Write⑥ SPM-Spatial-Normali-Normali：Write⑦ SPM-Spatial-Smooth。最后的界⾯就如下⾯第三张图⽚所⽰。
注意：Normali：Write要选两次，然后这些modules的顺序不要搞乱了！
步骤7： Slice Timing
选中Slice Timing这个module，然后设置参数如下：
双击Data建⽴新的ssion，然后双击ssion后的<-X打开⼀个界⾯，添加单个ssion⽂件夹中的所有原始功能像.nii⽂件（如图⼀）。
Number of Slices是nii⽂件的扫描时的层数，我这⾥是35层。
TR为Time of Repetition，可以通过matlab中的dicominfo(‘XXX’)命令来查看，其中XXX为dicom⽂件的全写，最好包括⽂件的绝对地址，注意要加单引号。我这⾥的TR为3（单位是秒）。
TA=TR-TR/(Number of Slices)，所以在这⾥是3-3/35（如图⼆）。
Slice order为[1:2:number_of_slices 2:2:number_of_slices]，所以这⾥填⼊1:2:35 2:2:35（如图三）
Reference Slice设置为中间时间扫描的那⼀层，我们注意到在Slice order部分最后⽣产的矩阵为[1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21
23 25 27 29 31 33 35 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34]，所以中间时刻扫描的层是第35层，所以
Reference Slice设为35。
最后所有Slice Timing的参数都设置好了，最终如下⾯第四张图所⽰
