全外显子组检测技术参数要求

更新时间:2023-05-06 01:05:59 阅读: 评论:0

附件:全外显子组检测技术参数要求
样本量:500个样本
一、公司资质:
1.拥有先进的高通量二代测序平台和高性能计算平台;
2.具有短期处理大量样本,进行全外显子组和全基因组测序的经验;
3.实验室具有国内或国外权威机构的资质认证;
4.*应标的公司必须通过医学遗传中心选送的样本测试(三个以上生物学重复),并且需交
付原始下机数据,以中心提供的标准化流程统一进行质量评估。
二、技术参数:
1)污染防控
具有独立的实验方法进行样本身份鉴定,可追溯样本间发生的错误
2)测序质量
1.Q20平均比例在90%以上。
2.Q30平均比例在85%以上。
3.GC content 分布无明显偏移。
3)测序深度、覆盖度统计
下文涉及的数据均为经过去接头、比对、排序和去重后的有效数据。数据统计涉及的相关软件除特别说明外,应使用默认参数。
1.数据质量要求:
1)Mapped unique reads相对总reads的比例(PCT_PF_UQ_READS_ALIGNED)不得低于
99%
2)有效数据总量(PF_UQ_BASES_ALIGNED)不得低于10G
3)On targeted bas相对总bas的比例(PCT_USABLE_BASES_ON_BAIT)不得低于50%
4)On and near targeted bas相对总bas的比例(PCT_SELECTED_BASES)不得低于
80%
5)全外显子碱基10X覆盖率(PCT_TARGET_BASES_10X)不得低于95%
6)全外显子碱基30X覆盖率(PCT_TARGET_BASES_30X)不得低于80%
7)全外显子组各区域覆盖的一致性统计要求:80%以上的target region的normalized
coverage值不得低于0.3

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