2023年4月16日发(作者：牛缺遇盗)推荐⼀个蛋⽩亲疏⽔性分析⼯具
氨基酸的疏⽔性（Hydrophobicity）反映蛋⽩质的折叠情况，在过新年歌曲
潜在的跨膜区怎么提离职
域会出现疏⽔区，并且在保持蛋⽩质的学生怎么画
三
级结构上（⽐如维持⽣物膜的结构）起重要作⽤。蛋⽩的亲疏⽔性（Hydropathicity/ Hydrophobicity）图谱可为蛋⽩跨
膜区域的鉴定提供参考。下⾯为⼤家介绍⼀个绘制蛋⽩亲疏⽔性图谱的在线⼯具：ProtScale。
⽹址：
序列输⼊
它的⾸页是这样⼦的：
接下来，以AQP1蛋⽩序列为例看下如何⽤它分析蛋⽩的疏⽔性，只需要提供UniProt的登录号或序列ID即可，可直接点
页⾯中的链接到Uniport数据库查找，如下图。关于Uniprot的使⽤⽅法可参考《听说画好看的进化树需要知道这2个数据
库》⼀⽂，当然你也可以直接把蛋⽩序列粘贴到序列框中。
参数设置
Amino acid scale选择默认的Hphob. / Kyte & Doolittle，滑窗⼤⼩为9，线性加权模型，如下图。
ProtScale可计算和展⽰所选蛋⽩的50多种氨基酸标度（Amino acid scale）的图谱，氨基酸寒露节气
标度是给每种豆腐脑怎么做
氨基酸指定的
数值，⽐如Molecular weight（分⼦质量）、Number of codon（密码⼦数）、Bulkiness（膨胀度）等等。最常⽤的标
度是疏⽔性标度，主要来源于多肽在⾮极性和极性溶剂中的分配实验数据。
如果你对所选标度感兴趣可点击标度名称可进⼊详情页⾯，查看具体的氨基牛顿简介
酸的标度数值和参考⽂献，如下图，这⾥正
值的氨基酸具有更⼤的疏⽔性，负值越⼩的氨基酸则更加亲⽔。
点击Submit按钮后，会给出蛋⽩的结构注释信息，你可通过单击蓝⾊数字选择分析区域，如下图。
若不选则默认是对整个序列进⾏分析，当然你也可以⾃定义区域，因为滑窗的⼤⼩为9个氨基酸，下图输⼊的16-124，
⽽点SUBMIT得到是20-120这个区域的结果。
结果分析
在结果页⾯⾸先给出蛋⽩序列信息和所选区域的氨基酸序列长度、滑窗的⼤⼩等，如下。
下⾯是最终的结果，图形的⾼峰值（正值）的区域表⽰疏⽔的区域，⽽负值的“低⾕”区域是亲⽔区域。你可点下⾯的链
接下载gif和PDF（会⾃动转换）图⽚和作图数据。
数据的保存⽅法是在相应⽹页（如下图）右键，另存为txt⽂件。中国建筑风格
这⾥的数据是⽤空格分隔的，可⽤⽂本编辑期的查找替换功能将空格替换为制表符“t”，这样就可以直接粘贴到Orgin或
Excel中⾃定义作图了，注意，结果中minimal版的数据更⽅便于作图。
下图是对整个蛋⽩序列进⾏分析，滑窗⼤⼩分别选9和19的分析结果。对导出的数据⽤Origin作图更好看⼀点，滑窗选
择19时杂峰较少，可明显看出整个序列有6个⾼峰（疏⽔区）。
为了进⼀步确认更精确的区域，你也可以结合TMHMM 对跨膜区域的预测结果进⾏分析，⼀般来说，蛋⽩的跨膜区域为
疏⽔区，⽽膜外的部分为亲⽔区。TMHMM的使⽤教程参见《如何预测蛋⽩的跨膜螺旋？》⼀⽂，为了便于⽐较预测的
结果这⾥⽤Origin的“堆叠”图展⽰，如下图，表明TMHMM和ProtScale的预测结果⾮常⼀致。
参考⽂献
Kyte J,Doolittle R F. A simple method for displaying the hydropathic character of aprotein.[J]. Journal of Molecular
Biology, 1982, 157(1):105-132.
