技术单细胞转录组测序之10xGenomics进出口贸易流程
10X Genomics platform
10X Genomics 是⼀个综合的单细胞测序技术平台，可以应⽤于多种单细胞测序上，包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC。这篇⽂章将主要简述
10X Genomics在单细胞基因表达检测⽅⾯，也就是scRNA-q上的应⽤。
人类学考研10X Genomics ⼀次测序可以捕捉100-80,000个细胞，具有极⾼的细胞通量。单细胞的测序通量平均也在50,000 reads/per cell 左右，⽽如果使⽤细胞核进⾏测序则平均通量为25,000 reads/per nuclei。⽐起使⽤FACS进⾏细胞分选的单细胞测序技术⽽⾔，10X Genomics的细胞通量有显著的提⾼。
10X Genomics Workflow
圣诞语10X Genomics Workflow
1. 将样品组织/细胞分散成单细胞悬液饮食治疗
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Cells sorting in 10X Genomics
10X Genomics运⽤微流控系统进⾏细胞分选，带有Barcode的Gel Beads 匀速地从左⽅进⼊，待分选的细胞和酶从下⽅以⼀定时间间隔进⼊，并与Gel Beads结合，进⼊油相中形成GEMs(Gel Bead in emulsion)
丰胸的方法GEMs
⼀般⽽⾔，每个GEMs会形成如上图⼀般的结构，即⼀个细胞⼀个gel beads。但有时候也会出现⼀个GEM⾥有0或多个细胞(empty droplet or doublet)，对于这种GEMs则需要通过我们在后续分析中识别出来并进⾏排除。
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Library construction
形成GEMs后，细胞裂解后经过反转录(RT) —— cDNA generation 便形成cDNA⽂库。这⼀系列建库过程都在GEMs中发⽣，因此GEMs的存在相当于⼀个物理隔离，保证每个单细胞都在独特的“⼩室”中
rfid的应用发⽣。另外，由于GEMs是在油相中形成了⼀种乳浊液(emulsion) 的形态 ，⽽乳浊液中会形成上万个微液滴，每⼀个微液滴就是⼀个GEMs，这也解释了为何10X Geonmics细胞通量如此之⾼的原因。
最后，测序完成后，现在的10X Genomics测序仪会同时进⾏⼀些简单的数据分析，包括每个样品的数据量，mapping rate，data filtering ，每细胞reads等等。当然，我们也可以⾃⼰拿数据跑Cell Ranger，随后可以⽤urat包等进⾏后续的个性化分析也是没有问题的。
细胞通量⾼，可达到80,000 cells/per run
可以进⾏单细胞和单细胞核测序
单细胞测序覆盖度⾼，平均为50,000 reads/per cell
存在⼀定doublet or empty droplet 的情况，导致部分数据不可⽤。
2. 构建出3' cDNA⽂库，⼀⽅⾯存在3' bias。另⼀⽅⾯检测不到转录剪接等转录后加⼯事件。以上就是对10X Genomics平台的简单介绍。
完。
参考⽂章：
