单细胞数据信噪比(Signal-to-noiratio,SNR)

更新时间:2023-07-19 12:39:20 阅读: 评论:0

单细胞数据信噪⽐(Signal-to-noiratio,SNR)
什么是信噪⽐?
能说会道的近义词送钱穆父信噪⽐,英⽂名称叫做SNR或S/N(SIGNAL-NOISE RATIO),⼜称为讯噪⽐。是指⼀个电⼦设备或者电⼦系统中信号与噪声的⽐例。这⾥⾯的信号指的是来⾃设备外部需要通过这台设备进⾏处理的电⼦信号,噪声是指经过该设备后产⽣的原信号中并不存在的⽆规则的额外信号(或信息),并且该种信号并不随原信号的变化⽽变化(百度百科)。这是在其他领域的定义,当然,作为⽣物信息学研究者来说,这个定义并没有什么⽣物学价值,接下来我们运⽤SNR来解决⼀点我们⽣物学的问题。
现在单细胞技术处于⼀个很⽕的阶段,相信很多⼈都有很多单细胞的分析数据,当然分析⽅法也有很多,⼤家值得借鉴的分析⽅法更是让⼈“眼花缭乱”,这次我们就来运⽤信噪⽐来解决我们的⽣物学问题,运⽤到这个⽅法的⽂章是《Obesity remodels activity and transcriptional
state of a lateral hypothalamic brake on feeding》,⼤家感兴趣可查阅⼀下,这⾥我们直接来到信噪⽐(SNR)的分析部分。
⾸先第⼀步我们要知道信噪⽐是⽐较信号和噪⾳之间的⽐值,⽤在⽣物学上就是⽐较处理组和对照组之间的“信噪⽐”,我们来看⽂章中运⽤到的步骤:
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Comparisons of gene expression levels between groups were performed on inver hyperbolic sine (asinh) transformed data。For gene x,
asinh fold-change (asinhFC) was defined as:
公式.png
北京大兴也就是说先对数据进⾏asinh处理,运⽤反双曲正弦转化后的数据(数据的前处理,注意这⾥是FC的转化,纯数据只需要进⾏ln即可),Signal-to-noi ratio (SNR) was defined as:
殇宠夏天造句公式.png
SNR的定义就是处理后的数据,分母是处理组减去对照组的平均值,然后求和,分⼦的对照组处理后的数据,从这个公式上可以看出,SNR值越⼤,信噪⽐越⼤,分母越⼩,也就是处理组的数据与对照组之间的差异变动越⼩,两组之间的差异越稳定,差异贡献度越稳定,反义亦然。
这个⽅法⼤家可以借鉴⼀下, 看看两组之间的差异基因SNR的分布,从⽽对差异基因有了更深⼊的认识。。

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标签:数据   信号   处理   分析
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