⽼司机带你解锁ImageJ的各种技术姿势
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下图是ImageJ官⽹的界⾯，在Download下根据⾃⼰系统选择对应的软件下载，ImageJ可以适⽤于Mac OS X，Linux以及Windows系统（不受电脑系统限制）。⽣物医学中计数⾮常常见，下⾯我们来⼀起玩转mageJ计数。
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⼿动计数恐怖短篇小说
使⽤Multi-Point⼯具进⾏计数
打开ImageJ软件，File，Open打开待分析图⽚：
点击point⼯具，右击，选择Multi-Point⼯具，⼿动点击进⾏计数：
点击Analyze–>Measure，可以看见此时计数数量为23个，保存图⽚即可。
Cell Counter进⾏细胞计数
中国小头蛇
点击Plugins–>Analyze–>Cell Counter，界⾯如下：
点击Initialize，可以对不同类型的细胞进⾏计数：
可以看见Type1、Type2、Type3计数结果分别为2、1、2个。本⽅法可以同时对不同类型的细胞进⾏计数。点击Cell Counter中的Results就可以看见不同类型细胞的数量。Cell Counter与Multi-Point⼿动计数⽅法相⽐可对不同细胞类型计数。
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爱的深沉常规⾃动计数过程
打开ImageJ软件，File –>Open打开需要分析的图⽚：
运动场上
Image –> Type -> 8-bit (改为灰度图像)
Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值，红⾊代表选中，使所有细胞核均被选中，Dapi图中阈值为11-255 –> Apply
注：荧光图⽚背景为⿊⾊，需要勾选下⾯的Dark background，表⽰背景为⿊⾊
Apply以后图⽚为：
侧田身高对于⾖⼦图⽚，阈值范围为37-255->Apply
爱好的定义
Apply后得到图⽚为：
从上⾯Apply后的图⽚可以看到很多细胞连在⼀起，细胞计数时需要将其分开。
Process -> Binary -> watershed (分⽔岭分割⽅法，将连在⼀起的细胞分开)
得到分割效果如下：
Analyze -> Analyze particles 界⾯如下：
Size(pixel^2)：默认为0-Infinity（⽆穷⼤），意思是需要计算的细胞数的细胞⼤⼩在哪个区间，⽐如在此Dapi的细胞⼤⼩选择为 500-Infinity，将不是计数⽬标的杂志点过滤掉，在此我们需要根据⽬的细胞的⼤⼩来试⼏个最⼩值就能得到准确的细胞计数结果。
Circularity：表⽰圆形度，越接近1越接近圆形，我们不需要更改。1828年
Show：我习惯性的选择outlines显⽰计数的细胞轮廓和计得细胞数编号，还有其他选择。Nothing，图象和叠加图都不会显⽰；Bare outlines只显⽰细胞轮廓，不显⽰编号。
Ellips：使结果轮廓均匹配为最佳椭圆形。
Masks：填充粒⼦为8-bit⿊⽩图像。
Count Masks：填充粒⼦轮廓为16-bit图。
Overlay Outlines：重叠图像⾥显⽰测量粒⼦轮廓。
Overlay Masks：在重叠图像⾥显⽰测量粒⼦轮廓，对于细胞计数来说⼀般Outlines即可。
下⾯勾选的是Display results，显⽰结果。
Clear Results：重复测量之前被测量的结果将被清除；
Summarize：对结果做总结；
Exculde on edges：排除边缘接触的细胞，不进⾏计数；
Include holes：内部孔洞会被包括在内；
Add to Manager：测量粒⼦添加到ROI管理器；
Record Starts：允许插件和宏函数重新创建粒⼦轮廓；
In Situ Show：原位显⽰，原始图像会被下拉菜单中指定的⼆值图像（⾮⿊即⽩）替代。得到结果如下：
⾖⼦得到结果如下：
应⽤实例：
>金融的作用
