TCGA转录组数据及临床数据下载及整理关于成长的成语
⼀、TCGA转录组数据下载及整理
①进去先看cart是否为空，没有要清空。
②下载转录组数据
20210726163909.png
基因表达量包括LncRNA和mRNA，⽤矫正后的FPKM
下载3个⽂件
20210726164909.png
哪天入伏>家庭教育分享③下载数据处理
下载压缩包先以该压缩包名称解压，然后⽤perl将各个⽂件夹中的压缩包汇成到⼀个⽂件夹内，perl代码如下
将所有⽂件合并，正常样本在前⾯，肿瘤样品在后⾯
行为观察操作⽅法：将m eta da ta.c a rt⽂件和perl脚本放到上图每个样品基因表达量中，进⾏perl 运算，并⽤txt⽂件记录正常和肿瘤样品数⽬
![9[WXJLT]X2F@SWXZ4FZZOO.png
perl代码如下
u strict;
#
my $file=$ARGV[0];
#u Data::Dumper;
u JSON;
my $json = new JSON;
my $js;
my %hash=();
my @normalSamples=();
my @tumorSamples=();
open JFILE, "$file";
while(<JFILE>) {
$js .= "$_";土蜂蜜的价格
}
my $obj = $json->decode($js);
my @samp1e=(localtime(time));
for my $i(@{$obj})
{
my $file_name=$i->{'file_name'};
my $file_id=$i->{'file_id'};
my $entity_submitter_id=$i->{'associated_entities'}->[0]->{'entity_submitter_id'};
$file_name=~s/\.gz//g;
if(-f $file_name)
{蕊寒香冷
my @idArr=split(/\-/,$entity_submitter_id);
if($idArr[3]=~/^0/)
{
push(@tumorSamples,$entity_submitter_id);
}
姐姐的英语怎么写
el
{
push(@normalSamples,$entity_submitter_id);
}
open(RF,"$file_name") or die $!;
while(my $line=<RF>)
{
next if($line=~/^\n/);
next if($line=~/^\_/);
chomp($line);
my @arr=split(/\t/,$line);
${$hash{$arr[0]}}{$entity_submitter_id}=$arr[1];
}
clo(RF);
}
}
#print Dumper $obj
心率英文open(WF,"&") or die $!;
my $normalCount=$#normalSamples+1;
my $tumorCount=$#tumorSamples+1;
if($normalCount==0)
{
print WF "id";
}
