DICOM医学影像文件格式解析

更新时间:2023-07-02 08:47:55 阅读: 评论:0

DICOM医学影像⽂件格式解析
DICOM医学影像⽂件格式解析
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1.DICOM
DICOM(DigitalImaging andCommunications inMedicine)是指医疗数字影像传输协定,是⽤于医学影像处理、储存、打印、传输的⼀组通⽤的标准协定。它包含了⽂件格式的定义以及⽹络通信协议。DICOM是以TCP/IP为基础的应⽤协定,并以TCP/IP联系各个系统。两个能接受DICOM格式的医疗仪器间,可通过DICOM格式的⽂件,来接收与交换影像及病⼈资料。
⽬前,DICOM被⼴泛应⽤于放射医疗,⼼⾎管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和⽛科等其它医学领域得到越来越深⼊⼴泛的应⽤。
⽬前采⽤的标准是DICOM3.0,每⼀张图像中都携带着⼤量的信息,这些信息具体可以分为以下四类:
(a)Patient
(b)Study
(c)Series
(d)Image
每⼀个DICOM Tag都是由两个⼗六进制数的组合来确定的,分别为Group和Element。如(0010,0010)这个Tag表⽰的是Patient’s Name,它存储着这张DICOM图像的患者姓名。
2.DICOM存储格式
DICOM⽂件的整体结构如下表所⽰,先是128字节的导⾔部分(没有实际信息),接着是四个字节组成的"DICM"字符串,然后是若⼲DataElement元素依次排列直⾄⽂件结束。
导⾔"DICM"DataElement
128 Byte  4 Byte n Byte n Byte n Byte
2.1 DataElement的三种结构
DataElement是存储⽂件信息的主体,DataElement的总体结构如下表所⽰:
Tag VR(值表⽰法)Len(数据长度)数据值(内容)
4 Byte  2 Byte  2 Byte Len Byte
Tag由2 Byte的组号(group)和2 Byte的元素号(element)组成,VR是DICOM特有的值表⽰法,关于值表⽰法的解释见下⽂
按照VR的类型以及是否显⽰VR,DataElement⼜分为三种具体的结构。
国际法案例显⽰VR:VR为OB OW OF UT SQ UN的元素结构
结构组号元素号VR预留值长度数据元素值
字节数2222(0x00,0x00)4由值长度确定显⽰VR:VR为普通类型时元素结构(少了预留那⼀⾏)
结构组号元素号VR值长度数据元素值
字节数2224由值长度确定隐式VR
结构组号元素号值长度数据元素值
字节数224由值长度确定
2.2 DataElement的Tag
DataElement的Tag⽤于标识Element的数据内容,⽐如病⼈信息、图像的格式等。
Tag总共有2000多个。
常⽤的主要组号:0002组描述设备通讯,0008组描述特征参数,0010组描述患者信息,0028组描述图像信息参数。
Dicom⽂件数据中所有dataElement从前到后
2.2.1 按tag格式⼜可简单分段
⽂件元Tag(组号+0000)
不受传输语法影响,总是以显⽰VR⽅式表⽰,⽤于定义了传输语法;
⽂件元Tag的dataElement,并没有多⼤的意义,它的值长度是整个组所有DataElement的字节长度,⼀个Dicom中可以只有⼀个⽂件元Tag,也可以有多个⽂件元Tag。
普通Tag
除了⽂件元Tag和像素Tag,其余的都是普通Tag数据。包括:图像宽,⾼,数据传输格式,病⼈姓名,
病⼈⽣⽇,病历医院,病历科室,病情的描述等等数据;
像素Tag(7fe0,0010)
表⽰DataElement存储的是病历的图像数据。
2.2.2 按Tag展⽰信息的类别
Patient Tag
Group Element Tag Description中⽂解释VR 00100010Patient’s Name患者姓名PN 00100020Patient ID患者ID LO 00100030Patient’s Birth Date患者出⽣⽇期DA 00100032Patient’s Birth Time患者出⽣时间TM 00100040Patient’s Sex患者性别CS 00101030Patient’s Weight患者体重DS 001021C0Pregnancy Status怀孕状态US
Study Tag
Group Element Tag Description中⽂解释VR
00080050Accession Number:A RIS generated number that identifies the order for
the Study.
检查号:RIS的⽣成序号,⽤以标识做检查的
次序.
SH
00200010Study ID检查ID.SH 0020000D Study Instance UID:Unique identifier for the Study.检查实例号:唯⼀标记不同检查的号码.UI 00080020Study Date:Date the Study started.检查⽇期:检查开始的⽇期.DA 00080030Study Time:Time the Study started.检查时间:检查开始的时间.TM 00080061Modalities in Study⼀个检查中含有的不同检查类型.CS 00080015Body Part Examined检查的部位.CS 00081030Study Description检查的描述.LO
00101010Patient’s Age做检查时刻的患者年龄,⽽不是此刻患者的真
实年龄.
AS Series Tag
Group Element Tag Description中⽂解释VR 00200011Series Number:A number that identifies this Series.序列号:识别不同检查的号码.IS 0020000E Series Instance UID:Unique identifier for the Series.序列实例号:唯⼀标记不同序列的号码.UI 00080060Modality检查模态(MRI/CT/CR/DR)CS 0008103E Series Description检查描述和说明LO 00080021Series Date检查⽇期DA 00080031Series Time检查时间TM
00200032Image Position (Patient):The x, y and z coordinates of
the upper left hand corner of the image, in mm.
图像位置:图像的左上⾓在空间坐标系中的x,y,z坐标,单位是
毫⽶. 如果在检查中,则指该序列中第⼀张影像左上⾓的坐标.
DS
00200037Image Orientation (Patient):The direction cosines of the
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first row and the first column with respect to the patient.图像⽅位:DS
00180050Slice Thickness:Nominal slice thickness, in mm.层厚.DS
00180088Spacing Between Slices层与层之间的间距,单位为mm DS
00201041Slice Location:Relative position of exposure
expresd in mm.实际的相对位置,单位为mm.DS
00180023MR Acquisition CS 00180015Body Part Examined⾝体部位.CS Group Element Tag Description中⽂解释VR Image Tag
Group Element Tag Description中⽂解释VR 00080008Image Type:Image identification characteristics.CS 00080018SOP Instance UID SOP实例UID.
00080023Content Date:The date the image pixel data creation started.影像拍摄的⽇期.DA 00080033Content Time影像拍摄的时间.TM 00200013Image/Instance Number:A number that identifies this image.图像码:辨识图像的号码.IS 00280002Samples Per Pixel:Number of samples (planes) in this image.图像上的采样率.US
00280004Photometric Interpretation:Specifies the intended interpretation of the
pixel data.
光度计的解释,对于CT图像,⽤两个枚举值
MONOCHROME1,MONOCHROME2.⽤来
判断图像是否是彩⾊的,MONOCHROME1/2
是灰度图,RGB则是真彩⾊图,还有其他.
CS
00280010Rows: Number of rows in the image.图像的总⾏数,⾏分辨率.US 00280011Columns: Number of columns in the image.图像的总列数,列分辨率.US
00280030Pixel Spacing:Physical distance in the patient between the center of
each pixel.像素间距.像素中⼼之间的物理间距.DS
00280100Bits Allocated:Number of bits allocated for each pixel sample. Each
sample shall have the same number of bits allocated.
分配的位数:存储每⼀个像素值时分配的位
数,每⼀个样本应该拥有相同的这个值.
US
00280101Bits Stored:Number of bits stored for each pixel sample. Each sample
shall have the same number of bits stored.
存储的位数:有12到16列举值.存储每⼀个像
素⽤的位数.每⼀个样本应该有相同值.
US
00280102High Bit:Most significant bit for pixel sample data. Each sample shall
have the same high bit.⾼位.US
00280103Pixel Reprentation:Data reprentation of the pixel samples. Each
sample shall have the same pixel reprentation.Enum:
0000H=unsigned integer,0001H=2’s complement.
像素数据的表现类型:这是⼀个枚举值,分别
为⼗六进制数0000和0001.0000H = ⽆符号整
数,0001H = 2的补码.
US
00281050Window Center窗位.DS 00281051Window Width窗宽.DS
00281052Rescale Intercept:The value b in relationship between stored values
(SV) and the output units.Output units = m*SV + b.Required if Modality
LUT Sequence (0028, 0030) is not prent.
截距:如果表明不同模态的LUT颜⾊对应表不
存在时,则使⽤⽅程Units = m*SV + b,计算真实
的像素值到呈现像素值。其中这个值为表达式
中的b。
DS
00281053Rescale Slope:m in the equation specified by Rescale Intercept
(0028,1052).Required if Rescale Intercept is prent.斜率.这个值为表达式中的m。DS
00281054Rescale Type:Specifies the output units of Rescale Slope (0028,1053)
and Rescale Intercept (0028,1052).Enum: US=Unspecified Requried if
Photometric Interpretation is MONOCHROME2, and Bits Stored is
greater than 1.This specifies an identity Modality LUT transformation.
输出值的单位.这是⼀个枚举值,LO
2.3 DataElement的VR
VR(Value Reprentation)值表⽰法是DICOM⽂件中特有的⼀种数据类型表⽰⽅式,规定了不同数据类型的含义及存储格,共有27种VR。在隐式VR的结构中会根据元素标识进⾏判断。Tag和VR是有对应关系的,每⼀种Tag其实是有⼀个固定的VR类型。
2.3.1 27种VR的含义及数据长度
VR含义允许的字符数据长
CS - Code String 代码字符串开头结尾可以有没有意义的空格的字符串,⽐如“CD123_4”
⼤写字母,0-9,空
格以及下划线字符
最多 16
个字符
握手者SH - Short String 短字符串短字符串,⽐如:电话号码,ID等
快捷方式
最多 16
个字符
LO - Long String 长字符串⼀个字符串,可能在开头、结尾填有空格。⽐如“Introduction to DICOM”
最多 64
个字符
ST - Short Text短⽂本可能包含⼀个或多个段落的字符串
最多
1024 个
字符
LT - Long Text短⽂本可能包含⼀个或多个锻炼的字符串,与LO相同,但可以更长
最多
10240 个
字符
UT - Unlimited
Text⽆限制⽂本包含⼀个或多个段落的字符串,与 LT 类似最多(2的32次⽅–2)个字符
AE - Application
Entity应⽤实体标识⼀个设备的名称的字符串,开头和结尾可以有⽆意义的字符。⽐如 “MyPC01”最多 16个字符
PN - Person Name病⼈姓名有插⼊符号()作为姓名分隔符的病⼈姓名。⽐如“SMITH JOHN” “Morrison- Jones Susan^^Ph.D,
Chief Executive Officer”
最多 64
个字符
UI - Unique
Identifier (UID)唯⼀标识符⼀个⽤作唯⼀标识各类项⽬的包含 UID 的字符串。⽐如“1.2.840.10008.1.1”0-9 和半⾓句号(.)
最多64
个字符
DA - Date⽇期格式为 YYYYMMDD 的字符串;YYYY 代表年;MM 代表⽉;DD 代表⽇。⽐
如“20050822”表⽰ 2005 年 8 ⽉ 22 ⽇
补白0-98个字符
TM - Time时间格式为 HHMMSS 的字符串。FRAC; HH 表⽰⼩时(范围“00”-“23”); MM 表⽰分钟(范
围“00”-“59”);⽽ FRAC 包含秒的⼩数部分,即百万分之⼀秒。⽐如“183200.00” 表⽰下
午 6:32
0-9 和半⾓句号(.)最多 16
个字符
DT - Date Time ⽇期时间格式为 YYYYMMDDHHMMSS. FFFFFF,串联的⽇期时间字符串。字符串的各部分从左
⾄右是:年 YYYY;⽉ MM;⽇ DD;⼩时 HH;分钟 MM;秒 SS;秒的⼩数 FFFFFF。
⽐如 20050812183000.00”表⽰ 2005 年 8 ⽉ 12 ⽇下午 18 点 30 分 00 秒
0-9,加号,减号和
半⾓句号
最多 26
个字符
AS - Age String 年龄字符串符合以下格式的字符串:nnnD, nnnW, nnnM, nnnY;其中 nnn 对于 D 来说表⽰天
数,对于W来说表⽰周数,对于M 来说表⽰⽉数,对于 Y 来说表⽰岁数。⽐如“018M”表
⽰他的年龄是 18 个⽉
0–9, D, W,M,
Y
4 个字符
IS - Integer String 整型字符串表⽰⼀个整型数字的字符串。⽐如“-1234567”
0-9,加号(+),减号
(-)
最多 12
个字符
DS - Decimal
String ⼩数字符串表⽰定点⼩数和浮点⼩数。⽐如“12345.67”,“-5.0e3”
什么叫绘本0-9,加号(+),减号
(-),最多 16 个字符
E,e 和半⾓句号(.)
最多 16
个字符
SS - Signed
Short有符号短型符号型⼆进制整数,长度 16 ⽐特  2 个字符US - Unsigned
Short ⽆符号短型⽆符号⼆进制整数,长度 16 ⽐特  2 个字符SL - Signed
Long有符号长型有符号⼆进制整数  4 个字符UL - Unsigned
Long ⽆符号长型⽆符号⼆进制整数,长度 32 ⽐特  4 个字符AT - Attribute
Tag属性标签
16 ⽐特⽆符号整数的有序对,数据元素的标签  4 个字符FL - Floating
Single 单精度浮
单精度⼆进制浮点数字  4 个字符
FD - Floating
Point Double双
精度⼆进制浮点
数字
双精度⼆进制浮点数字8 个字符
OB - Other Byte
String其他字节字
符串
字节的字符串(“其他”表⽰没有在VR中定义的内容)
OW - Other Word景德镇旅游攻略
String其他单词字
符串
16 ⽐特(2 字节)单词字符串
OF - Other Float
String其他浮点字
成功地英语符串
32 ⽐特(4 个字节)浮点单词字符串
SQ - Sequence
Items条⽬序列条⽬的序列
UN – Unknown 未知字节的字符串,其中内容的编码⽅式是未知的
VR含义允许的字符数据长
度2.4 DataElement的数据长度
数据长度⽤两个字节存储了数据元素值的长度,所有DICOM数据元素都应该为偶数长度,若为奇数,追加空格或空NULL。当数据长度为0xFFFFFFFF时,数据⼀直到截⽌符为⽌。
3 未完待续
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