关于SMART-q2建库过程中templateswitching(模板转换)
的反应机制的理解
财务基础知识
今天重读了⼀遍SMART-q2的原理,发现⾃⼰之前对于template switching的反应过程的理解似乎并不合适,因此便想把⾃⼰对于模板转换反应机制的理解写下来,以便和⼤家交流⼀下。
发大水是什么意思基本上所有看起来⾼⼤上的技术都是建⽴在许多不怎么⾼⼤上的技术之上的,例如SMART-q2扩增全长Cdna应该在SMART(switching mechanism at the 5' end of the RNA transcript)技术的基础上进⼀步发展实现的,当然并不否认SMART-q的发现团队还是做了很多其他改进的。由于本⽂只关注SMART-q2建库过程中的模板转换反应,因此这⾥⾸先从SMART技术谈起。广场英文
简单来说,SMART技术主要利⽤了⼀种逆转录酶(Moloney murine leukemia virus rever transcripta,莫罗尼⼩⿏⽩⾎病病毒逆转录酶MMLV-RT)的两个特性:本田广告
1、⾸先这种逆转录酶在合成到Cdna的3’端,也就是对应的Mrna的5’端的时候会随机的引⼊⼏个不依赖于模板的碱基,多数情况下是三个胞嘧啶,有点像是画蛇添⾜地样⼦,但是却给科学家们带来了便利。利⽤这个特点,我们可以通过设计⼀种template switching oligo(TSO)帮助逆转录酶完成模板转换(从模板Mrna转化为TSO)继续进⾏Cdna的合成,⽽后⽤RNA酶消化掉RNA只剩下Cdna进⾏与预扩增。毛姆经典语录
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2、当然最重要的还是以RNA为模板合成DNA的逆转录酶活性了。独化
下图是我⾃⼰画的模板转换反应的基本过程:夸女人漂亮的经典诗词