成都迪拉克科学计算软件有限责任公司
Dirac Scientific Computing LLC
Autodock使用手册
Autodock Ur Manual
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01 2007-06-28 Create Jie Xing
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Edition 07.06 Title Autodock Ur Manual Class Class Level C-Code Keywords Autodock，ADT Category Category here
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密级：普通 Autodock 使用手册© 成都迪拉克科学计算软件有限责任公司 2 of 13
我 们 使 复 杂 科 学 计 算 简 单 化
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A l l r i g h t s r e s e r v e d . P a s s i n g o n a n d c o p y i n g o f t h i s d o c u m e n t , u s e a n d c o m m u n i c a t i o n o f i t s c o n t e n t s n o t p e r m i t t e d w i t h o u t w r i t t e n a u t h o r i z a t i o n .
AutoDock 3.05
Autodock 是一个应用广泛的分子对接程序。AutoDock 应用半柔性对接方法，允许小分子的构像发生变化，以结合自由能作为评价对接结果的依据。自从AutoDock3.0版本以后，对能量的优化采用拉马克遗传算法(LAG)，LAG 将遗传算法与局部搜索方法相结合，以遗传算法迅速搜索势能面，用局部搜索方法对势能面进行精细的优化。
AutoDock 是一套用来自动分子对接的软件。它可以预测小分子（药物候选或反应物）是如何与已知3维结构受体结合的。AutoDock 包含两套程序：AutoDock 表现的是配基如何与栅格化的蛋白对接；AutoGrid 则用来与计算这些栅格。在进一步利用他们对接时，这些原子亲和力网可以被可视化。同时还开发了用户图形界面AutoDockTools（ADT）。 AutoDock 可应用于： X 射线晶体学
基于结构的药物设计 优化引导 可视化 组合库设计 蛋白质-蛋白质对接 化学机理研究
以下介绍的是AutoDockTools 的操作方法
Macromolecule 和配体的和配体的PDB PDB PDB文件文件
Macromolecule
Macromolecule 的PDB 文件可直接从PDB ( sb/)下载 取得PDB 文件后, 用文字编辑器(ex: WordPad)开启PDB 档, 将cofactor, 水… 等HETATM 开头的文字(如下图)整列删除
Ligand
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Turning Complex Scientific Computing into Trivial
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1. 到PubChem (http: //bi.v/) 搜寻chemical compound 在Compound Summary 最下面的SDF 格式, 点
Display
全选, 复制之后, 贴到PRODRG2 Server (davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/) 点Run PRODRG 后, 将”The PDB file (all hydrogens)”那一栏的文字全选, 复制, 贴到文字编辑器, 存成 ligand.pdb(ex: apa.pdb)就可以得到PDB 文件了。
2. 或是直接在PRODRG2 Server 用Draw Molecule With JME 功能直接画出结构, 点Run PRODRG 获得PDB 文件。
通过ADT 来使用AutoDock
运行ADT
在命令行下直接执行“adt“
[rbang@test2 ~]$ adt
编辑macromolecule 文件
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1. File→Read Molecule
2. Remove water (如果已经用文字编辑器将水删除, 可直接跳至下一步骤
Add Hydrogene→Selecte→Select From String
Residue 输入: HOH*
Atom 输入: *
Add → Dismiss, 结束此对话框
Edit→Delete→Delete AtomSet→ Continue, 将水删除
3. Add Hydrogen
Edit→Hydrogens→Add
选“Polar Only“ “noBondOrder” “yes”
OK
准备Ligand文件
1. Ligand→(AD3)
2. Display→Show/Hide Molecule
把macromolecule 隐藏, 回到主视窗按“N“ 放大
Ligand
3. Ligand→Torsion Tree→Detect Root
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程序判定的root
会以一个绿球表示
4. Ligand→Torsion Tree→Choo Torsions
开启“Torsion Count“对话框, 可以选择哪些键结是“rotatable“或是“non-rotatable“
