Rhizosphere 、Rhizoplane 到底谁才是根际,根际土该如何取?
师弟(男):师兄师兄,根际土该怎么取?
本葱:查文献!
师妹(女):师兄,根际土该怎么取?
本葱:你这个问题问得好,来来来,师兄跟你讲……
根际(Rhizosphere )是指受植物根系活动的影响,在物理、化学和生物性质上不同于土体的那部分微域土区。根际的范围很小,一般指离根轴表面数毫米之内。
说到根际(Rhizosphere )不得不提Bulk 、Rhizoplane 、Endosphere ,尤其是Rhizosphere 与Bulk 、Rhizosphere 与Rhizoplane 经常傻傻分不清。
在文章“Structure,variation, and asmbly of the root-associated microbiomes of rice ”中给出的解释是比较经典的,如下图:
Bulk (编号B ):大田土(微生物)、非根际(微生物)。清炖羊排的家常做法
Rhizosphere (编号S ):根际(微生物),来自根际土。
查看报告Rhizoplane (编号P ):根表(微生物),紧密附着根表面、部分来自根皮。Endosphere (编号E ):内生(微生物)。
转藏到我的图书馆2018-09-06 阅 1400 转 12
文中给出的方法:
Rhizosphere(编号S):文中将根表约1mm土壤视为根际土,根放入PBS中充分搅动,洗下、收集浊液,不离心,同一天内取部分浊液用作提DNA。本文为手工搅动,(也有放入摇
床中搅动的)。本文是在同一天完成DNA提取所以没有离心,若要保存,可高速离心后收集
土壤进行保存。
Rhizoplane(编号P):将上述根再次放入PBS中+超声震荡1次(30s 50-60Hz)。由于此部分微生物较少,提取后作者对DNA进行了浓缩。
Endosphere(编号E):额外两次超声震荡,玻珠击打均质后,用于提取DNA。
*注:一般地,内生微生物DNA提取方法:”表面消毒+效果检测“+研磨→DNA提取。万科物业公司简介
表面消毒:次氯酸、乙醇等,根据植物组织而异,就如叶片、根、种子的消毒力度是不一样的。目的,去除根表微生物。转运竹怎么养
效果检测不可忽略。检测表面消毒效果,是否完全去除根表的微生物,这是保证测序结果是内生菌的
前提。方法:只要能证明根表无微生物即可。如,取消毒过程中最后一次无菌水进行培养,看是否有微生物生长;或是用PCR定量的方法等。
师妹(女):谢谢师兄^^
本葱:等下,先别走~多了解些才能掌握根际土取样的“度”
(师弟在远远地偷听)
窗帘店装修针对最受关注的根际土(Rhizosphere),有大量的文章介绍样品采集方法:
Comparative 16S rDNA and 16S rRNA quence analysis indicates that Actinobacteria mig ht be a dominant part of the metabolically active bacteria in heavy metalcontaminated bulk a nd rhizosphere soil
2003,Environment Microbiology,被引:179(被引为文章被引,并不代表此方法被引,下同)
遏蓝菜(Thlaspi caerulescens)
抖落Bulk Soil,将仍粘附(adhering)在根表面的土壤视为根际土(rhizosphere)。将其放入50ml无
菌0. 9% NaCl溶液适度搅动(moderate agitation)5min,然后8000g离心10min收集土壤。(该文引Marilley et a l., 1998)。
Bulk and Rhizosphere Soil Bacterial Communities Studied by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis: Plant-Dependent Enrichment and Seasonal Shifts Revealed
2001,Applied And Environment Microbiology,被引:922
草莓、油菜、土豆
剧烈震荡(shaken vigorously)去除松散的土,然后将其放入9mL无菌水中,Seward Stomacher®400混合器最大转速处理1min,低速离心(2min,500g)取上清,将沉淀用相同方法洗两次,合并三次上清,高速离心(30min,10000g)沉淀微生物细胞。
*(本葱)注:此法随搅拌力度的不同,可能会得到不同数量的内生菌。
Bacterial diversity in rhizosphere soil from Antarctic vascular plants of Admiralty Bay, maritime Antarctica 2010,The ISME Journal,被引:152
维管植物:Deschampsia antarctica Desv(Poaceae) and Colobanthus quitensis (Kunth) BartI (Caryophylla ceae)
新闻稿开头将5g根放入50ml 0.85%NaCl溶液中摇动1h,10min 9000g离心取沉淀。
Distinct Microbial Communities within the Endosphere and Rhizosphere of Populus deltoides Roots acros s Contrasting Soil Types
2011,Applied And Environment Microbiology,被引:154
杨树
无菌水洗5次,收集土壤。
Microbial 16S gene-bad composition of a sorghum cropped rhizosphere soil under different fertilization managements
2015,Biology and fertility of soils,被引:5
高粱
轻轻抖动去除Bulk Soil,紧附在根上的土用无菌水冲洗。
……
忧的成语此外,若是要求不严,有些研究也把根系抖落下来的土视为根际土,但或许称其为root-zone soil较为合适。
综上,研究目的及样品的差异可能导致方法上略有不同,大体思路是:
1去除(抖落)根周松散的土→2缓冲液震荡洗下根际土(紧密粘附)→3高速离心收集沉淀→4保存
第1步,应尽量保证完整的根组织,并去除多余的土。
第2步,为防止在震荡过程中对微生物和根组织细胞的破坏,此处建议使用缓冲液,如PBS或生理盐水,若震荡时间较短、强度较低或是其他特殊要求不能用缓冲液,也有用无菌水处理的。震荡时有手动的,也有用摇床等震荡的,时间和强度根据洗涤的难易程度和根组织而异。
第3步,如果无需保存且立即使用,建议不必离心,直接以浊液为样品;但若需保存,可高速离心后收集土壤沉淀。若沉淀较少,也可用提取水体DNA的方法,经0.22μm孔膜过滤收集土壤及微生物细胞。
钢铁是怎样炼成的好句摘抄第4步,低温保存-80℃。
参考前人的方法是为了站在“科学”的肩膀上,但不假思索的参考可能会站在错误的方向!本葱没有讨厌师弟(男),只是更喜欢师妹(女)~