微笑英文皮层厚度和表面积（surface area）
——Freesurfer分析方法
预备阶段：
1打开终端，输入指令，打开tsch
tcsh
tenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
tenv TUTORIAL_DATA /media/8498B05D98B05002/DATA/fs-cyh
tenv SUBJECTS_DIR $TUTORIAL_DATA
cd $SUBJECTS_DIR
2Recon-all
recon-all \
-i <one slice in the anatomical dicom ries> \
-s <subject id that you make up> \
beginning -sd <directory to put the subject folder in> \
-all
recon-all -i 66540045 -s study -all
文件 文件夹名
配准
tkregister2 --mgz --s study1 --fstal --surf orig
查看看分割结果
tkmedit - -surfs -ag
看膨胀结果
tksurfer cyh lh inflated
在Freesurfer中，经过recon-all指令预处理，一些统计数据已经产生。他们保存在每个被试的stas/子文件夹下。有subcortical gmentation (ag)皮层下组织分割的，还有 cortical parcellation (aparc)皮层分割的结果。
一、单被试分析
是不同皮层区域的统计信息，这些信息存储在和中。
出局的英文cd $SUBJECTS_DIR/cyh/stats
（1）通过上面的命令行可以得到Structure Nameems什么意思, Number of Vertices, Surface Area, Gray Matter Volume, Average Thickness,Thickness StDev, Integrated Rectified Mean Curvature, Integrated Rectified Gaussian Curvature, Folding Index 金融英语听力and Intrinsic Curvature Indexfor each entry in the table.
（2）要得到某个指定区域的统计信息，可参照
Q. I am trying to measure the cortical thickness of specific ROI, how can I do this?
A: You can save the ROI to a label file and then u:
∙mris_anatomical_stats -l <label file>
（3）要计算全脑平均厚度，参照
Q. I am trying to measure the global mean cortical thickness (i.e combined across hemispheres), how would I do this?
A: One suggestion is to u the surface area of each hemisphere as the weighting factor. In which ca the global mean thickness including both hemispheres would be given by:
bh.thickness = ( (lh.thickness * lh.surfarea) + (rh.thickness * rh.surfarea) ) / (lh.surfarea + rh.surfarea)
If you u the values in the ?h.aparc.stats, it already factors out the 'unknown' region, so you don't have to do it yourlf.
datace皮层下组织的统计数据
cd $SUBJECTS_DIR/004/stats
less ag.stats
通过这个命令可以得到：Segmentation Id,你也一样英语怎么说 Number of Voxels, Volume, Structure Name, Intensity normMean, Intensity normStdDev, Intensity normMin, Intensity normMax, and Intensity normRange for each entry in the table.
二、组分析
下列命令是将要分析的多个被试的数据整合到一个表中以便于查阅。
1将被试文件夹设定为当前路径
tenv SUBJECTS_DIR $TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial
cd $SUBJECTS_DIR
2. Table of gmentation volumes（以六个被试为例）
用六个被试的数据创制一个Table of gmentation volumes
agstats2table --subjects 004 021 040 067 080 092 \
cpu是什么意思
--gno 11 17 18 \
其中11,17,18分别是 left caudate, left hippocampus 和 left amygdala的数字代码。如果要做包含全部标签的表格，可以省去--gno 11 17 18 ，如果要制其他区域的表格，可在附录查找相应区域的代码。
这一指令运行好会输出一个名为 的文件。这个文件包含了上面所有被试的相应结构的信息。这些信息可以导入电子表格软件作进一步分析。用ls命令可以看到这个 文件。用下面命令可查看其内容。
要将这个导入表格，运行下面指令：
注意： gnumeric命令只在linux上有效。苹果用户用不同的指令。
3. Table of gmentation mean intensities平均密度表
该部分旨在说明如何改变测量的对象。
agstats2table \
--subjects 004 021 040 067 080 092 \
--gno 11 17 18 \
i d --meas mean \
Things to do:
1.You can load the table into a spreadsheet as explained in the previous ction.
2.Refer to the file for the gmentation labels and the corresponding subcortical structures.
less $FREESURFER_
For tutorial purpos, click here to view the contents of the file.
4．Table of white matter parcellation volumes白质表
学习怎样获得不同的结构的信息
agstats2table \翻译英语单词
--subjects 004 021 040 067 080 092 \
--gno 3007 3021 3022 4022 \
--stats wmparc.stats \
Things to do:
1.You can load the table into a spreadsheet.
2.Refer to the file for the gmentation labels and the corresponding subcortical structures.
less $FREESURFER_
For tutorial purpos, click here to view the contents of the file
5.不同皮层区域表面积
This ction explains how to create a table of the surface area of each cortical parcellation in the Desikan atlas (surface area is the default measure)
aparcstats2table --hemi lh \
--subjects cyh \
6.每个皮层区域的平均厚度
The purpo of this ction is to show how to change the summary measure and the parcellation atlas.
aparcstats2table --hemi lh \
--subjects 004 021 040 067 080 092 \
--meas thickness \
--parc aparc.a2009s \
Cortical Thickness of a Volume-defined ROI
This page describes the workflow to extract freesurfer cortical thickness values for a region-of-interest (ROI) defined in volume space.
