interact分类号：单位代码：10389
密级：(不填)学号：3160808029
硕士专业学位论文
甘蔗现代栽培杂种及其两个祖先种全长转录组比较研究和菠萝基因组数据库
普特网学位类别：农业硕士专业学位
专业领域：农业资源利用
研究方向：农作物基因组学
学生姓名：徐慧敏
指导教师：张积森教授
完成时间：二○一九年四月
Comparative Analysis of Transcriptomes of Sugarcane Cultivar hybrids and Two Saccharum Founding Species Obtained by Single-molecule Sequencing and Pineapple
Genomics Databa
By
Huimin Xu
Supervid by Prof. Jin Zhang
A Disrtation Submitted to
Fujian Agriculture and Forestry University
in Partial Fulfillment of the Requirements
gj
for
Master Degree of Science
College of Resource and Environment
Fujian Agriculture and Forestry University
thornFujian, P.R. China
Completion Date (March, 2019)
Commencement Date (June, 2019)
甘蔗现代栽培杂种及其两个祖先种全长转录组比较研究和菠萝基因组数据库
目录
目录................................................................................................................................ I 缩略词表（第一部分）.............................................................................................. I II 缩略词表（第二部分）.............................................................................................. I V 摘 要............................................................................................................................. V ABSTRACT ................................................................................................................. I X 第一部分 甘蔗现代栽培杂种及其两个祖先种全长转录组比较研究. (1)英语速成法
前言 (1)
1 甘蔗简介 (1)
1.1 甘蔗生物学特征及起源 (1)
1.2 甘蔗基因组研究进展 (2)
2 转录组测序技术的发展以及应用 (3)
2.1 转录组测序技术发展 (3)
2.2 Pacbio三代测序技术的发展 (5)
2.3 PacBio 三代全长转录组测序（Iso-Seq）的应用 (6)
2.4 选择性剪接在植物中的重要性及非生物逆境下响应 (11)
3 本研究的目的和意义 (12)
第一章甘蔗割手密种、高贵种及栽培杂种全长转录组特征分析 (13)
1 植物材料 (13)
2 实验方法 (14)
2.1 RNA提取 (14)
2.2 RNA-q库的构建及测序 (14)
2.3 PacBio库的构建及测序 (14)
2.4 RNA-q 数据分析 (14)
2.5 IsoSeq 数据质量控制 (15)
2.6 选择性剪切基因的鉴定 (15)
2.7 多聚腺苷酸化基因的鉴定 (16)
2.8 长链非编码RNA的鉴定 (16)
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2.9 转录本功能注释 (16)
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2.10 转录本蛋白功能结构域的得失鉴定 (16)
2.11 无义介导mRNA衰减（NMD）预测 (17)
3 结果与分析 (17)
3.1 由全长转录组测序得到高质量转录本序列 (17)
目录
3.2 选择性剪切的鉴定 (22)
3.3 无义介导mRNA衰减的选择性剪接事件 (35)
3.4 多聚腺苷酸化分析 (36)
3.5 长非编码RNA（LncRNA）的鉴定 (39)
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3.6 转录因子 (42)
4 讨论与小结 (44)
第二章甘蔗祖先种和栽培种之间转录组比较分析 (45)
1 实验材料 (45)
2 实验方法 (45)
3 结果与分析 (45)英语听力训练
3.1甘蔗祖先种高贵种与割手密之间选择性剪接保守性 (45)
3.2 现代栽培杂种与两个祖先种之间的转录本保守性 (46)
4 讨论与小结 (48)
第二部分 菠萝基因组数据库构建 (49)
1 综述 (49)
2 材料与方法 (50)
2.1 材料 (50)
2.2 基因功能注释 (50)
2.3 分子标记开发：SSR，SNP和IP分子标记 (51)
2.4 表达量数据挖掘 (52)
2.5 基因共表达分析 (52)
重要的英文2.6 比较基因组学分析 (53)
2.7 数据库架构和实现 (53)
3 结果与分析 (54)
3.1 数据库模块概览 (54)
3.2 搜索功能实现：搜索基因，基因表达和基因共表达 (54)
3.3比较基因组学分析与功能实现 (58)
3.4分子标记：SNP标记，SSR标记和IP标记 (63)
3.5 BLAST服务器和基因组可视化 (63)
3.6 数据下载，统计信息和用户手册 (65)
4 讨论与小结 (66)
参考文献 (67)
附录 (77)
攻读硕士期间的学术论文与研究成果 (83)
